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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2627 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of Lumbricus terrestris hemoglobin | |||||||||
マップデータ | single particle reconstruction of Lumbricus terrestris hemoglobin in oxygenated state | |||||||||
試料 |
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キーワード | Lumbricus terrestris / hemoglobin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lumbricus terrestris (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen WT / Chen YC / Liou HH / Chao CY | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Structural basis for cooperative oxygen binding and bracelet-assisted assembly of Lumbricus terrestris hemoglobin. 著者: Wei-Ting Chen / Yu-Chuen Chen / Horng-Huei Liou / Chih-Yu Chao / 要旨: The iron-containing hemoglobins (Hbs) are essential proteins to serve as oxygen transporters in the blood. Among various kinds of Hbs, the earthworm Hbs are the champions in carrying oxygen due to ...The iron-containing hemoglobins (Hbs) are essential proteins to serve as oxygen transporters in the blood. Among various kinds of Hbs, the earthworm Hbs are the champions in carrying oxygen due to not only their large size but also the unusually high cooperativity of ligand binding. However, the cooperative oxygen binding mechanisms are still mostly unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structure of Lumbricus terrestris Hb in its native, oxygenated state at 9.1 Å resolution, showing remarkable differences from the carbon monoxide-binding X-ray structure. Our structural analysis first indicates that the cooperative ligand binding of L. terrestris Hb requires tertiary and quaternary transitions in the heme pocket and a global subunit movement facilitated by intra-ring and inter-ring contacts. Moreover, the additional sinusoidal bracelet provides the confirmation for the long-standing debate about the additional electron densities absent in the X-ray crystal structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2627.map.gz | 98.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2627-v30.xml emd-2627.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2627.tif | 735.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2627 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2627 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | single particle reconstruction of Lumbricus terrestris hemoglobin in oxygenated state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lumbricus terrestris hemoglobin
全体 | 名称: Lumbricus terrestris hemoglobin |
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要素 |
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-超分子 #1000: Lumbricus terrestris hemoglobin
超分子 | 名称: Lumbricus terrestris hemoglobin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 12 mer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 3.6 MDa |
-分子 #1: Lumbricus terrestris hemoglobin
分子 | 名称: Lumbricus terrestris hemoglobin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: 12 mer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 別称: common earthworm |
分子量 | 理論値: 3.6 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 10 mM CaCl2, 10 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Holy carbon on top of 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2012年10月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 250 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC / 使用した粒子像数: 4500 |