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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26192 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the basal state of the Artemis:DNA-PKcs complex (see COMPND 13/14) | |||||||||
マップデータ | 3.33A (FSC = 0.143) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of platelet formation / immature B cell differentiation / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex ...positive regulation of platelet formation / immature B cell differentiation / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / V(D)J recombination / regulation of smooth muscle cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of epithelial cell proliferation / telomere capping / 5'-3' exonuclease activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / U3 snoRNA binding / 5'-3' DNA exonuclease activity / response to ionizing radiation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / T cell lineage commitment / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / maturation of 5.8S rRNA / B cell lineage commitment / ectopic germ cell programmed cell death / somitogenesis / interstrand cross-link repair / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / activation of innate immune response / telomere maintenance / B cell differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of protein phosphorylation / protein-DNA complex / small-subunit processome / positive regulation of translation / response to gamma radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / peptidyl-threonine phosphorylation / protein destabilization / protein modification process / brain development / regulation of circadian rhythm / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to insulin stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / rhythmic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / T cell differentiation in thymus / double-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / endonuclease activity / adaptive immune response / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Watanabe G / Lieber MR / Williams DR | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Structural analysis of the basal state of the Artemis:DNA-PKcs complex. 著者: Go Watanabe / Michael R Lieber / Dewight R Williams / 要旨: Artemis nuclease and DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) are key components in nonhomologous DNA end joining (NHEJ), the major repair mechanism for double-strand DNA breaks. ...Artemis nuclease and DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) are key components in nonhomologous DNA end joining (NHEJ), the major repair mechanism for double-strand DNA breaks. Artemis activation by DNA-PKcs resolves hairpin DNA ends formed during V(D)J recombination. Artemis deficiency disrupts development of adaptive immunity and leads to radiosensitive T- B- severe combined immunodeficiency (RS-SCID). An activated state of Artemis in complex with DNA-PK was solved by cryo-EM recently, which showed Artemis bound to the DNA. Here, we report that the pre-activated form (basal state) of the Artemis:DNA-PKcs complex is stable on an agarose-acrylamide gel system, and suitable for cryo-EM structural analysis. Structures show that the Artemis catalytic domain is dynamically positioned externally to DNA-PKcs prior to ABCDE autophosphorylation and show how both the catalytic and regulatory domains of Artemis interact with the N-HEAT and FAT domains of DNA-PKcs. We define a mutually exclusive binding site for Artemis and XRCC4 on DNA-PKcs and show that an XRCC4 peptide disrupts the Artemis:DNA-PKcs complex. All of the findings are useful in explaining how a hypomorphic L3062R missense mutation of DNA-PKcs could lead to insufficient Artemis activation, hence RS-SCID. Our results provide various target site candidates to design disruptors for Artemis:DNA-PKcs complex formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26192.map.gz | 483.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26192-v30.xml emd-26192.xml | 27.3 KB 27.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26192_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26192.png | 120.9 KB | ||
マスクデータ | emd_26192_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26192_additional_1.map.gz emd_26192_additional_2.map.gz emd_26192_half_map_1.map.gz emd_26192_half_map_2.map.gz | 262.7 MB 7.6 MB 475.4 MB 475.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26192 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26192 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26192_validation.pdf.gz | 980.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26192_full_validation.pdf.gz | 980.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26192_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26192_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26192 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26192 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tyrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3.33A (FSC = 0.143) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26192_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Blurred map
ファイル | emd_26192_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Blurred map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Density modified map: 3.18A (FSC = 0.5)
ファイル | emd_26192_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Density modified map: 3.18A (FSC = 0.5) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_26192_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_26192_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : A complex of Artemis:DNA-PKcs
全体 | 名称: A complex of Artemis:DNA-PKcs |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of Artemis:DNA-PKcs
超分子 | 名称: A complex of Artemis:DNA-PKcs / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
分子 | 名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 469.673219 KDa |
配列 | 文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR AAKCKIPALD LLIKLLQTFR SSRLMDEFKI GELFSKFYGE L ALKKKIPD ...文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR AAKCKIPALD LLIKLLQTFR SSRLMDEFKI GELFSKFYGE L ALKKKIPD TVLEKVYELL GLLGEVHPSE MINNAENLFR AFLGELKTQM TSAVREPKLP VLAGCLKGLS SLLCNFTKSM EE DPQTSRE IFNFVLKAIR PQIDLKRYAV PSAGLRLFAL HASQFSTCLL DNYVSLFEVL LKWCAHTNVE LKKAALSALE SFL KQVSNM VAKNAEMHKN KLQYFMEQFY GIIRNVDSNN KELSIAIRGY GLFAGPCKVI NAKDVDFMYV ELIQRCKQMF LTQT DTGDD RVYQMPSFLQ SVASVLLYLD TVPEVYTPVL EHLVVMQIDS FPQYSPKMQL VCCRAIVKVF LALAAKGPVL RNCIS TVVH QGLIRICSKP VVLPKGPESE SEDHRASGEV RTGKWKVPTY KDYVDLFRHL LSSDQMMDSI LADEAFFSVN SSSESL NHL LYDEFVKSVL KIVEKLDLTL EIQTVGEQEN GDEAPGVWMI PTSDPAANLH PAKPKDFSAF INLVEFCREI LPEKQAE FF EPWVYSFSYE LILQSTRLPL ISGFYKLLSI TVRNAKKIKY FEGVSPKSLK HSPEDPEKYS CFALFVKFGK EVAVKMKQ Y KDELLASCLT FLLSLPHNII ELDVRAYVPA LQMAFKLGLS YTPLAEVGLN ALEEWSIYID RHVMQPYYKD ILPCLDGYL KTSALSDETK NNWEVSALSR AAQKGFNKVV LKHLKKTKNL SSNEAISLEE IRIRVVQMLG SLGGQINKNL LTVTSSDEMM KSYVAWDRE KRLSFAVPFR EMKPVIFLDV FLPRVTELAL TASDRQTKVA ACELLHSMVM FMLGKATQMP EGGQGAPPMY Q LYKRTFPV LLRLACDVDQ VTRQLYEPLV MQLIHWFTNN KKFESQDTVA LLEAILDGIV DPVDSTLRDF CGRCIREFLK WS IKQITPQ QQEKSPVNTK SLFKRLYSLA LHPNAFKRLG ASLAFNNIYR EFREEESLVE QFVFEALVIY MESLALAHAD EKS LGTIQQ CCDAIDHLCR IIEKKHVSLN KAKKRRLPRG FPPSASLCLL DLVKWLLAHC GRPQTECRHK SIELFYKFVP LLPG NRSPN LWLKDVLKEE GVSFLINTFE GGGCGQPSGI LAQPTLLYLR GPFSLQATLC WLDLLLAALE CYNTFIGERT VGALQ VLGT EAQSSLLKAV AFFLESIAMH DIIAAEKCFG TGAAGNRTSP QEGERYNYSK CTVVVRIMEF TTTLLNTSPE GWKLLK KDL CNTHLMRVLV QTLCEPASIG FNIGDVQVMA HLPDVCVNLM KALKMSPYKD ILETHLREKI TAQSIEELCA VNLYGPD AQ VDRSRLAAVV SACKQLHRAG LLHNILPSQS TDLHHSVGTE LLSLVYKGIA PGDERQCLPS LDLSCKQLAS GLLELAFA F GGLCERLVSL LLNPAVLSTA SLGSSQGSVI HFSHGEYFYS LFSETINTEL LKNLDLAVLE LMQSSVDNTK MVSAVLNGM LDQSFRERAN QKHQGLKLAT TILQHWKKCD SWWAKDSPLE TKMAVLALLA KILQIDSSVS FNTSHGSFPE VFTTYISLLA DTKLDLHLK GQAVTLLPFF TSLTGGSLEE LRRVLEQLIV AHFPMQSREF PPGTPRFNNY VDCMKKFLDA LELSQSPMLL E LMTEVLCR EQQHVMEELF QSSFRRIARR GSCVTQVGLL ESVYEMFRKD DPRLSFTRQS FVDRSLLTLL WHCSLDALRE FF STIVVDA IDVLKSRFTK LNESTFDTQI TKKMGYYKIL DVMYSRLPKD DVHAKESKIN QVFHGSCITE GNELTKTLIK LCY DAFTEN MAGENQLLER RRLYHCAAYN CAISVICCVF NELKFYQGFL FSEKPEKNLL IFENLIDLKR RYNFPVEVEV PMER KKKYI EIRKEAREAA NGDSDGPSYM SSLSYLADST LSEEMSQFDF STGVQSYSYS SQDPRPATGR FRRREQRDPT VHDDV LELE MDELNRHECM APLTALVKHM HRSLGPPQGE EDSVPRDLPS WMKFLHGKLG NPIVPLNIRL FLAKLVINTE EVFRPY AKH WLSPLLQLAA SENNGGEGIH YMVVEIVATI LSWTGLATPT GVPKDEVLAN RLLNFLMKHV FHPKRAVFRH NLEIIKT LV ECWKDCLSIP YRLIFEKFSG KDPNSKDNSV GIQLLGIVMA NDLPPYDPQC GIQSSEYFQA LVNNMSFVRY KEVYAAAA E VLGLILRYVM ERKNILEESL CELVAKQLKQ HQNTMEDKFI VCLNKVTKSF PPLADRFMNA VFFLLPKFHG VLKTLCLEV VLCRVEGMTE LYFQLKSKDF VQVMRHRDDE RQKVCLDIIY KMMPKLKPVE LRELLNPVVE FVSHPSTTCR EQMYNILMWI HDNYRDPES ETDNDSQEIF KLAKDVLIQG LIDENPGLQL IIRNFWSHET RLPSNTLDRL LALNSLYSPK IEVHFLSLAT N FLLEMTSM SPDYPNPMFE HPLSECEFQE YTIDSDWRFR STVLTPMFVE TQASQGTLQT RTQEGSLSAR WPVAGQIRAT QQ QHDFTLT QTADGRSSFD WLTGSSTDPL VDHTSPSSDS LLFAHKRSER LQRAPLKSVG PDFGKKRLGL PGDEVDNKVK GAA GRTDLL RLRRRFMRDQ EKLSLMYARK GVAEQKREKE IKSELKMKQD AQVVLYRSYR HGDLPDIQIK HSSLITPLQA VAQR DPIIA KQLFSSLFSG ILKEMDKFKT LSEKNNITQK LLQDFNRFLN TTFSFFPPFV SCIQDISCQH AALLSLDPAA VSAGC LASL QQPVGIRLLE EALLRLLPAE LPAKRVRGKA RLPPDVLRWV ELAKLYRSIG EYDVLRGIFT SEIGTKQITQ SALLAE ARS DYSEAAKQYD EALNKQDWVD GEPTEAEKDF WELASLDCYN HLAEWKSLEY CSTASIDSEN PPDLNKIWSE PFYQETY LP YMIRSKLKLL LQGEADQSLL TFIDKAMHGE LQKAILELHY SQELSLLYLL QDDVDRAKYY IQNGIQSFMQ NYSSIDVL L HQSRLTKLQS VQALTEIQEF ISFISKQGNL SSQVPLKRLL NTWTNRYPDA KMDPMNIWDD IITNRCFFLS KIEEKLTPL PEDNSMNVDQ DGDPSDRMEV QEQEEDISSL IRSCKFSMKM KMIDSARKQN NFSLAMKLLK ELHKESKTRD DWLVSWVQSY CRLSHCRSR SQGCSEQVLT VLKTVSLLDE NNVSSYLSKN ILAFRDQNIL LGTTYRIIAN ALSSEPACLA EIEEDKARRI L ELSGSSSE DSEKVIAGLY QRAFQHLSEA VQAAEEEAQP PSWSCGPAAG VIDAYMTLAD FCDQQLRKEE ENASVIDSAE LQ AYPALVV EKMLKALKLN SNEARLKFPR LLQIIERYPE ETLSLMTKEI SSVPCWQFIS WISHMVALLD KDQAVAVQHS VEE ITDNYP QAIVYPFIIS SESYSFKDTS TGHKNKEFVA RIKSKLDQGG VIQDFINALD QLSNPELLFK DWSNDVRAEL AKTP VNKKN IEKMYERMYA ALGDPKAPGL GAFRRKFIQT FGKEFDKHFG KGGSKLLRMK LSDFNDITNM LLLKMNKDSK PPGNL KECS PWMSDFKVEF LRNELEIPGQ YDGRGKPLPE YHVRIAGFDE RVTVMASLRR PKRIIIRGHD EREHPFLVKG GEDLRQ DQR VEQLFQVMNG ILAQDSACSQ RALQLRTYSV VPMTSRLGLI EWLENTVTLK DLLLNTMSQE EKAAYLSDPR APPCEYK DW LTKMSGKHDV GAYMLMYKGA NRTETVTSFR KRESKVPADL LKRAFVRMST SPEAFLALRS HFASSHALIC ISHWILGI G DRHLNNFMVA METGGVIGID FGHAFGSATQ FLPVPELMPF RLTRQFINLM LPMKETGLMY SIMVHALRAF RSDPGLLTN TMDVFVKEPS FDWKNFEQKM LKKGGSWIQE INVAEKNWYP RQKICYAKRK LAGANPAVIT CDELLLGHEK APAFRDYVAV ARGSKDHNI RAQEPESGLS EETQVKCLMD QATDPNILGR TWEGWEPWM |
-分子 #2: Protein artemis
分子 | 名称: Protein artemis / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Please use a 'blurred' map of the EMD-26192 entry to see the density of the Artemis catalytic region コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 80.493352 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSSFEGQMAE YPTISIDRFD RENLRARAYF LSHCHKDHMK GLRAPTLKRR LECSLKVYLY CSPVTKELLL TSPKYRFWKK RIISIEIET PTQISLVDEA SGEKEEIVVT LLPAGHCPGS VMFLFQGNNG TVLYTGDFRL AQGEAARMEL LHSGGRVKDI Q SVYLDTTF ...文字列: MSSFEGQMAE YPTISIDRFD RENLRARAYF LSHCHKDHMK GLRAPTLKRR LECSLKVYLY CSPVTKELLL TSPKYRFWKK RIISIEIET PTQISLVDEA SGEKEEIVVT LLPAGHCPGS VMFLFQGNNG TVLYTGDFRL AQGEAARMEL LHSGGRVKDI Q SVYLDTTF CDPRFYQIPS REECLSGVLE LVRSWITRSP YHVVWLNCKA AYGYEYLFTN LSEELGVQVH VNKLDMFRNM PE ILHHLTT DRNTQIHACR HPKAEEYFQW SKLPCGITSR NRIPLHIISI KPSTMWFGER SRKTNVIVRT GESSYRACFS FHS SYSEIK DFLSYLCPVN AYPNVIPVGT TMDKVVEILK PLCRSSQSTE PKYKPLGKLK RARTVHRDSE EEDDYLFDDP LPIP LRHKV PYPETFHPEV FSMTAVSEKQ PEKLRQTPGC CRAECMQSSR FTNFVDCEES NSESEEEVGI PASLQGDLGS VLHLQ KADG DVPQWEVFFK RNDEITDESL ENFPSSTVAG GSQSPKLFSD SDGESTHISS QNSSQSTHIT EQGSQGWDSQ SDTVLL SSQ ERNSGDITSL DKADYRPTIK ENIPASLMEQ NVICPKDTYS DLKSRDKDVT IVPSTGEPTT LSSETHIPEE KSLLNLS TN ADSQSSSDFE VPSTPEAELP KREHLQYLYE KLATGESIAV KKRKCSLLDT ENLYFQGHHH HHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 73 % / チャンバー内温度: 295 K 詳細: Plunge-freeze was performed using a home-made manual plunger at typical indoor humidity (Los Angeles, CA) and at room temperature.. | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 3.8 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 46296 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |