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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26114 | |||||||||
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タイトル | BamABCDE bound to substrate EspP | |||||||||
マップデータ | BAM-MBP-76EspP high resolution | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Doyle MT / Jimah JR / Dowdy T / Ohlemacher SI / Larion M / Hinshaw JE / Bernstein HD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures reveal multiple stages of bacterial outer membrane protein folding. 著者: Matthew Thomas Doyle / John R Jimah / Tyrone Dowdy / Shannon I Ohlemacher / Mioara Larion / Jenny E Hinshaw / Harris D Bernstein / 要旨: Transmembrane β barrel proteins are folded into the outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria by the β barrel assembly machinery (BAM) via a poorly understood process that occurs without known ...Transmembrane β barrel proteins are folded into the outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria by the β barrel assembly machinery (BAM) via a poorly understood process that occurs without known external energy sources. Here, we used single-particle cryo-EM to visualize the folding dynamics of a model β barrel protein (EspP) by BAM. We found that BAM binds the highly conserved "β signal" motif of EspP to correctly orient β strands in the OM during folding. We also found that the folding of EspP proceeds via "hybrid-barrel" intermediates in which membrane integrated β sheets are attached to the essential BAM subunit, BamA. The structures show an unprecedented deflection of the membrane surrounding the EspP intermediates and suggest that β sheets progressively fold toward BamA to form a β barrel. Along with in vivo experiments that tracked β barrel folding while the OM tension was modified, our results support a model in which BAM harnesses OM elasticity to accelerate β barrel folding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26114.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26114-v30.xml emd-26114.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26114_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26114.png | 66.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26114 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26114 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26114_validation.pdf.gz | 340.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26114_full_validation.pdf.gz | 339.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26114_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26114_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26114 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26114 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ttcMC 7tszC 7tt0C 7tt1C 7tt2C 7tt3C 7tt4C 7tt5C 7tt6C 7tt7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | BAM-MBP-76EspP high resolution | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07382 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BamABCDE bound to substrate EspP
全体 | 名称: BamABCDE bound to substrate EspP |
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要素 |
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-超分子 #1: BamABCDE bound to substrate EspP
超分子 | 名称: BamABCDE bound to substrate EspP / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) |
-分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamB
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 39.882375 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: CSLFNSEEDV VKMSPLPTVE NQFTPTTAWS TSVGSGIGNF YSNLHPALAD NVVYAADRAG LVKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEP ALLSGGVTVS GGHVYIGSEK AQVYALNTSD GTVAWQTKVA GEALSRPVVS DGLVLIHTSN GQLQALNEAD G AVKWTVNL ...文字列: CSLFNSEEDV VKMSPLPTVE NQFTPTTAWS TSVGSGIGNF YSNLHPALAD NVVYAADRAG LVKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEP ALLSGGVTVS GGHVYIGSEK AQVYALNTSD GTVAWQTKVA GEALSRPVVS DGLVLIHTSN GQLQALNEAD G AVKWTVNL DMPSLSLRGE SAPTTAFGAA VVGGDNGRVS AVLMEQGQMI WQQRISQATG STEIDRLSDV DTTPVVVNGV VF ALAYNGN LTALDLRSGQ IMWKRELGSV NDFIVDGNRI YLVDQNDRVM ALTIDGGVTL WTQSDLLHRL LTSPVLYNGN LVV GDSEGY LHWINVEDGR FVAQQKVDSS GFQTEPVAAD GKLLIQAKDG TVYSITR |
-分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamA
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 89.750094 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: AHHHHHHHHG GEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV RVGESLDRTT IADIEKGLED FYYSVGKYSA SVKAVVTPLP RNRVDLKLVF Q EGVSAEIQ ...文字列: AHHHHHHHHG GEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV RVGESLDRTT IADIEKGLED FYYSVGKYSA SVKAVVTPLP RNRVDLKLVF Q EGVSAEIQ QINIVGNHAF TTDELISHFQ LRDEVPWWNV VGDRKYQKQK LAGDLETLRS YYLDRGYARF NIDSTQVSLT PD KKGIYVT VNITEGDQYK LSGVEVSGNL AGHSAEIEQL TKIEPGELYN GTKVTKMEDD IKKLLGRYGY AYPRVQSMPE IND ADKTVK LRVNVDAGNR FYVRKIRFEG NDTSKDAVLR REMRQMEGAW LGSDLVDQGK ERLNRLGFFE TVDTDTQRVP GSPD QVDVV YKVKERNTGC FNFGIGYGTE SGVSFQAGVQ QDNWLGTGYA VGINGTKNDY QTYAELSVTN PYFTVDGVSL GGRLF YNDF QADDADLSDY TNKSYGTDVT LGFPINEYNS LRAGLGYVHN SLSNMQPQVA MWRYLYSMGE HPSTSDQDNS FKTDDF TFN YGWTYNKLDR GYFPTDGSRV NLTGKVTIPG SDNEYYKVTL DTATYVPIDD DHKWVVLGRT RWGYGDGLGG KEMPFYE NF YAGGSSTVRG FQSNTIGPKA VYFPHQASNY DPDYDYECAT QDGAKDLCKS DDAVGGNAMA VASLEFITPT PFISDKYA N SVRTSFFWDM GTVWDTNWDS SQYSGYPDYS DPSNIRMSAG IALQWMSPLG PLVFSYAQPF KKYDGDKAEQ FQFNIGKTW |
-分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamE
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 10.391554 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: CSTLERVVYR PDINQGNYLT ANDVSKIRVG MTQQQVAYAL GTPLMSDPFG TNTWFYVFRQ QPGHEGVTQQ TLTLTFNSSG VLTNIDNKP ALSGN |
-分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25.816818 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: CSGSKEEVPD NPPNEIYATA QQKLQDGNWR QAITQLEALD NRYPFGPYSQ QVQLDLIYAY YKNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYV MYMRGLTNMA LDDSALQGFF GVDRSDRDPQ HARAAFSDFS KLVRGYPNSQ YTTDATKRLV FLKDRLAKYE Y SVAEYYTE ...文字列: CSGSKEEVPD NPPNEIYATA QQKLQDGNWR QAITQLEALD NRYPFGPYSQ QVQLDLIYAY YKNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYV MYMRGLTNMA LDDSALQGFF GVDRSDRDPQ HARAAFSDFS KLVRGYPNSQ YTTDATKRLV FLKDRLAKYE Y SVAEYYTE RGAWVAVVNR VEGMLRDYPD TQATRDALPL MENAYRQMQM NAQAEKVAKI IAANSSNT |
-分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamC
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 34.40125 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: CSSDSRYKRQ VSGDEAYLEA APLAELHAPA GMILPVTSGD YAIPVTNGSG AVGKALDIRP PAQPLALVSG ARTQFTGDTA SLLVENGRG NTLWPQVVSV LQAKNYTITQ RDDAGQTLTT DWVQWNRLDE DEQYRGRYQI SVKPQGYQQA VTVKLLNLEQ A GKPVADAA ...文字列: CSSDSRYKRQ VSGDEAYLEA APLAELHAPA GMILPVTSGD YAIPVTNGSG AVGKALDIRP PAQPLALVSG ARTQFTGDTA SLLVENGRG NTLWPQVVSV LQAKNYTITQ RDDAGQTLTT DWVQWNRLDE DEQYRGRYQI SVKPQGYQQA VTVKLLNLEQ A GKPVADAA SMQRYSTEMM NVISAGLDKS ATDAANAAQN RASTTMDVQS AADDTGLPML VVRGPFNVVW QRLPAALEKV GM KVTDSTR SQGNMAVTYK PLSDSDWQEL GASDPGLASG DYKLQVGDLD NRSSLQFIDP KGHTLTQSQN DALVAVFQAA FSK |
-分子 #6: Serine protease EspP
分子 | 名称: Serine protease EspP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 30.379613 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: NLNKRMGDLR DINGEAGAWA RIMSGTGSAS GGFSDNYTHV QVGVDKKHEL DGLDLFTGFT VTHTDSSASA DVFSGKTKSV GAGLYASAM FDSGAYIDLI GKYVHHDNEY TATFAGLGTR DYSTHSWYAG AEAGYRYHVT EDAWIEPQAE LVYGSVSGKQ F AWKDQGMH ...文字列: NLNKRMGDLR DINGEAGAWA RIMSGTGSAS GGFSDNYTHV QVGVDKKHEL DGLDLFTGFT VTHTDSSASA DVFSGKTKSV GAGLYASAM FDSGAYIDLI GKYVHHDNEY TATFAGLGTR DYSTHSWYAG AEAGYRYHVT EDAWIEPQAE LVYGSVSGKQ F AWKDQGMH LSMKDKDYNP LIGRTGVDVG KSFSGKDWKV TARAGLGYQF DLLANGETVL RDASGEKRIK GEKDSRMLMS VG LNAEIRD NVRFGLEFEK SAFGKYNVDN AVNANFRYCF |
-分子 #7: 2,3-dideoxy-6-O-[2-deoxy-4-O-phosphono-2-(tetradecanoylamino)-alp...
分子 | 名称: 2,3-dideoxy-6-O-[2-deoxy-4-O-phosphono-2-(tetradecanoylamino)-alpha-L-gulopyranosyl]-1-O-phosphono-beta-D-threo-hexopyranose タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: K33 |
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分子量 | 理論値: 679.628 Da |
Chemical component information | ChemComp-K33: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |