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万見
- EMDB-26107: BamABCDE bound to substrate EspP class 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26107
タイトルBamABCDE bound to substrate EspP class 4
マップデータBAM-MBP-76EspP class 4
試料
  • 複合体: BamABCDE bound to substrate EspP class 4
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Serine protease EspP chimera
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
キーワードmembrane protein folding / membrane dynamics / outer membrane protein / BAM / beta-barrel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / protein insertion into membrane / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / protein insertion into membrane / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / DNA damage response / cell surface / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / Omp85 superfamily domain / beta-propeller repeat / Pectin lyase fold/virulence factor / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamA / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Serine protease EspP / Outer membrane protein assembly factor BamC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Doyle MT / Jimah JR
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1ZIADK052037 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1ZIADK060100 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures reveal multiple stages of bacterial outer membrane protein folding.
著者: Matthew Thomas Doyle / John R Jimah / Tyrone Dowdy / Shannon I Ohlemacher / Mioara Larion / Jenny E Hinshaw / Harris D Bernstein /
要旨: Transmembrane β barrel proteins are folded into the outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria by the β barrel assembly machinery (BAM) via a poorly understood process that occurs without known ...Transmembrane β barrel proteins are folded into the outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria by the β barrel assembly machinery (BAM) via a poorly understood process that occurs without known external energy sources. Here, we used single-particle cryo-EM to visualize the folding dynamics of a model β barrel protein (EspP) by BAM. We found that BAM binds the highly conserved "β signal" motif of EspP to correctly orient β strands in the OM during folding. We also found that the folding of EspP proceeds via "hybrid-barrel" intermediates in which membrane integrated β sheets are attached to the essential BAM subunit, BamA. The structures show an unprecedented deflection of the membrane surrounding the EspP intermediates and suggest that β sheets progressively fold toward BamA to form a β barrel. Along with in vivo experiments that tracked β barrel folding while the OM tension was modified, our results support a model in which BAM harnesses OM elasticity to accelerate β barrel folding.
履歴
登録2022年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26107.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26107.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BAM-MBP-76EspP class 4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 257.717 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 257.717 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 257.717 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07382 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.113
最小 - 最大-2.1351426 - 2.7339728
平均 (標準偏差)0.007101305 (±0.05597144)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 257.7168 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BamABCDE bound to substrate EspP class 4

全体名称: BamABCDE bound to substrate EspP class 4
要素
  • 複合体: BamABCDE bound to substrate EspP class 4
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Serine protease EspP chimera
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC

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超分子 #1: BamABCDE bound to substrate EspP class 4

超分子名称: BamABCDE bound to substrate EspP class 4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Serine protease ...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Serine protease EspP chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 83.429984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG GAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK T WEEIPALD ...文字列:
AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG GAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK T WEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF TWPLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLIKNKHMNA DT DYSIAEA AFNKGETAMT INGPWAWSNI DTSKVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEFLENYLL TDE GLEAVN KDKPLGAVAL KSYEEELAKD PRIAATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDEALKDA QTNS GSNIE LVSAPKDTNE NVFKASKQTI GFSDVTPVIT TRETGENLYF QGGDDKITWS LTGYNTVANK EATRNAAALF SVDYK AFLN EVNNLNKRMG DLRDINGEAG AWARIMSGTG SASGGFSDNY THVQVGVDKK HELDGLDLFT GFTVTHTDSS ASADVF SGK TKSVGAGLYA SAMFDSGAYI DLIGKYVHHD NEYTATFAGL GTRDYSTHSW YAGAEAGYRY HVTEDAWIEP QAELVYG SV SGKQFAWKDQ GMHLSMKDKD YNPLIGRTGV DVGKSFSGKD WKVTARAGLG YQFDLLANGE TVLRDASGEK RIKGEKDS R MLMSVGLNAE IRDNVRFGLE FEKSAFGKYN VDNAVNANFR YCF

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Serine protease EspP

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 89.750094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AHHHHHHHHG GEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV RVGESLDRTT IADIEKGLED FYYSVGKYSA SVKAVVTPLP RNRVDLKLVF Q EGVSAEIQ ...文字列:
AHHHHHHHHG GEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV RVGESLDRTT IADIEKGLED FYYSVGKYSA SVKAVVTPLP RNRVDLKLVF Q EGVSAEIQ QINIVGNHAF TTDELISHFQ LRDEVPWWNV VGDRKYQKQK LAGDLETLRS YYLDRGYARF NIDSTQVSLT PD KKGIYVT VNITEGDQYK LSGVEVSGNL AGHSAEIEQL TKIEPGELYN GTKVTKMEDD IKKLLGRYGY AYPRVQSMPE IND ADKTVK LRVNVDAGNR FYVRKIRFEG NDTSKDAVLR REMRQMEGAW LGSDLVDQGK ERLNRLGFFE TVDTDTQRVP GSPD QVDVV YKVKERNTGC FNFGIGYGTE SGVSFQAGVQ QDNWLGTGYA VGINGTKNDY QTYAELSVTN PYFTVDGVSL GGRLF YNDF QADDADLSDY TNKSYGTDVT LGFPINEYNS LRAGLGYVHN SLSNMQPQVA MWRYLYSMGE HPSTSDQDNS FKTDDF TFN YGWTYNKLDR GYFPTDGSRV NLTGKVTIPG SDNEYYKVTL DTATYVPIDD DHKWVVLGRT RWGYGDGLGG KEMPFYE NF YAGGSSTVRG FQSNTIGPKA VYFPHQASNY DPDYDYECAT QDGAKDLCKS DDAVGGNAMA VASLEFITPT PFISDKYA N SVRTSFFWDM GTVWDTNWDS SQYSGYPDYS DPSNIRMSAG IALQWMSPLG PLVFSYAQPF KKYDGDKAEQ FQFNIGKTW

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamA

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分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamB

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 39.882375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: CSLFNSEEDV VKMSPLPTVE NQFTPTTAWS TSVGSGIGNF YSNLHPALAD NVVYAADRAG LVKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEP ALLSGGVTVS GGHVYIGSEK AQVYALNTSD GTVAWQTKVA GEALSRPVVS DGLVLIHTSN GQLQALNEAD G AVKWTVNL ...文字列:
CSLFNSEEDV VKMSPLPTVE NQFTPTTAWS TSVGSGIGNF YSNLHPALAD NVVYAADRAG LVKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEP ALLSGGVTVS GGHVYIGSEK AQVYALNTSD GTVAWQTKVA GEALSRPVVS DGLVLIHTSN GQLQALNEAD G AVKWTVNL DMPSLSLRGE SAPTTAFGAA VVGGDNGRVS AVLMEQGQMI WQQRISQATG STEIDRLSDV DTTPVVVNGV VF ALAYNGN LTALDLRSGQ IMWKRELGSV NDFIVDGNRI YLVDQNDRVM ALTIDGGVTL WTQSDLLHRL LTSPVLYNGN LVV GDSEGY LHWINVEDGR FVAQQKVDSS GFQTEPVAAD GKLLIQAKDG TVYSITR

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamB

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分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamE

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.391554 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
CSTLERVVYR PDINQGNYLT ANDVSKIRVG MTQQQVAYAL GTPLMSDPFG TNTWFYVFRQ QPGHEGVTQQ TLTLTFNSSG VLTNIDNKP ALSGN

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamE

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分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamD

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.816818 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: CSGSKEEVPD NPPNEIYATA QQKLQDGNWR QAITQLEALD NRYPFGPYSQ QVQLDLIYAY YKNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYV MYMRGLTNMA LDDSALQGFF GVDRSDRDPQ HARAAFSDFS KLVRGYPNSQ YTTDATKRLV FLKDRLAKYE Y SVAEYYTE ...文字列:
CSGSKEEVPD NPPNEIYATA QQKLQDGNWR QAITQLEALD NRYPFGPYSQ QVQLDLIYAY YKNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYV MYMRGLTNMA LDDSALQGFF GVDRSDRDPQ HARAAFSDFS KLVRGYPNSQ YTTDATKRLV FLKDRLAKYE Y SVAEYYTE RGAWVAVVNR VEGMLRDYPD TQATRDALPL MENAYRQMQM NAQAEKVAKI IAANSSNT

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamD

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分子 #6: Outer membrane protein assembly factor BamC

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 34.40125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: CSSDSRYKRQ VSGDEAYLEA APLAELHAPA GMILPVTSGD YAIPVTNGSG AVGKALDIRP PAQPLALVSG ARTQFTGDTA SLLVENGRG NTLWPQVVSV LQAKNYTITQ RDDAGQTLTT DWVQWNRLDE DEQYRGRYQI SVKPQGYQQA VTVKLLNLEQ A GKPVADAA ...文字列:
CSSDSRYKRQ VSGDEAYLEA APLAELHAPA GMILPVTSGD YAIPVTNGSG AVGKALDIRP PAQPLALVSG ARTQFTGDTA SLLVENGRG NTLWPQVVSV LQAKNYTITQ RDDAGQTLTT DWVQWNRLDE DEQYRGRYQI SVKPQGYQQA VTVKLLNLEQ A GKPVADAA SMQRYSTEMM NVISAGLDKS ATDAANAAQN RASTTMDVQS AADDTGLPML VVRGPFNVVW QRLPAALEKV GM KVTDSTR SQGNMAVTYK PLSDSDWQEL GASDPGLASG DYKLQVGDLD NRSSLQFIDP KGHTLTQSQN DALVAVFQAA FSK

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 148165
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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