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- EMDB-26065: nsEM maps of coxsackievirus A21 viral particle alone and in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26065
タイトルnsEM maps of coxsackievirus A21 viral particle alone and in complex with mouse polyclonal antibodies
マップデータnsEM map of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibodies (antigen-specific)
試料
  • 複合体: Immune complexes featuring coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles by themselves or in complex with mouse polyclonal antibodies (reconstructed by nsEM)
キーワードpolyclonal antibodies / immune complex / negative stain EM / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Antanasijevic A / Ward AB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022
タイトル: High-resolution structural analysis of enterovirus-reactive polyclonal antibodies in complex with whole virions.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Autumn J Schulze / Vijay S Reddy / Andrew B Ward /
要旨: Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 ...Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 serotypes have been described to date, vaccine only exists for EV-A71. Efforts toward rationally designed pan-NPEV vaccines would greatly benefit from structural biology methods for rapid and comprehensive evaluation of vaccine candidates and elicited antibody responses. Toward this goal, we introduced a cryo-electron-microscopy-based approach for structural analysis of virus- or vaccine-elicited polyclonal antibodies (pAbs) in complex with whole NPEV virions. We demonstrated the feasibility using coxsackievirus A21 and reconstructed five structurally distinct pAbs bound to the virus. The pAbs targeted two immunodominant epitopes, one overlapping with the receptor binding site. These results demonstrate that our method can be applied to map broad-spectrum polyclonal immune responses against intact virions and define potentially cross-reactive epitopes.
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26065.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nsEM map of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibodies (antigen-specific)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.01279412 - 0.027668145
平均 (標準偏差)0.0019828323 (±0.005118759)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 566.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: nsEM map of CV-A21 viral particle

ファイルemd_26065_additional_1.map
注釈nsEM map of CV-A21 viral particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: nsEM map of CV-A21 viral particle in complex...

ファイルemd_26065_additional_2.map
注釈nsEM map of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibodies (non-specific)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immune complexes featuring coxsackievirus A21 (CV-A21) viral part...

全体名称: Immune complexes featuring coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles by themselves or in complex with mouse polyclonal antibodies (reconstructed by nsEM)
要素
  • 複合体: Immune complexes featuring coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles by themselves or in complex with mouse polyclonal antibodies (reconstructed by nsEM)

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超分子 #1: Immune complexes featuring coxsackievirus A21 (CV-A21) viral part...

超分子名称: Immune complexes featuring coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles by themselves or in complex with mouse polyclonal antibodies (reconstructed by nsEM)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The 3 submitted maps feature nsEM reconstructions of: 1) CV-A21 in complex with mouse polyclonal antibodies (antigen-specific) 2) CV-A21 in complex with mouse polyclonal antibodies (non-specific) 3) CV-A21 alone
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium chloride

詳細: TBS, 0.2um filtered
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate / 詳細: The samples were stained with UF for 60s.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細The complex was generated by incubation of mouse polyclonal antibodies with recombinantly expressed CV-A21 virions and subsequent SEC purification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6224 / 詳細: DoG Picker in Appion
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low-pass filtered map of coxsackievirus particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 6224
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion, regularized likelihood
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion, regularized likelihood
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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