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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM 3D map of S. cerevisiae clamp loader RFC bound to DNA | ||||||||||||
![]() | 3D cryoEM map of yeast RFC-DNA1 complex | ||||||||||||
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![]() | DNA replication / DNA damage repair / RFC loader / PCNA clamp / DNA polymerase processivity factor / DNA binding protein-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA clamp unloader activity / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH ...DNA clamp unloader activity / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / DNA damage checkpoint signaling / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) / ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | ||||||||||||
![]() | Zheng F / Georgescu R | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal that RFC recognizes both the 3'- and 5'-DNA ends to load PCNA onto gaps for DNA repair. 著者: Fengwei Zheng / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Huilin Li / Michael E O'Donnell / ![]() 要旨: RFC uses ATP to assemble PCNA onto primed sites for replicative DNA polymerases δ and ε. The RFC pentamer forms a central chamber that binds 3' ss/ds DNA junctions to load PCNA onto DNA during ...RFC uses ATP to assemble PCNA onto primed sites for replicative DNA polymerases δ and ε. The RFC pentamer forms a central chamber that binds 3' ss/ds DNA junctions to load PCNA onto DNA during replication. We show here five structures that identify a second DNA binding site in RFC that binds a 5' duplex. This 5' DNA site is located between the N-terminal BRCT domain and AAA+ module of the large Rfc1 subunit. Our structures reveal ideal binding to a 7-nt gap, which includes 2 bp unwound by the clamp loader. Biochemical studies show enhanced binding to 5 and 10 nt gaps, consistent with the structural results. Because both 3' and 5' ends are present at a ssDNA gap, we propose that the 5' site facilitates RFC's PCNA loading activity at a DNA damage-induced gap to recruit gap-filling polymerases. These findings are consistent with genetic studies showing that base excision repair of gaps greater than 1 base requires PCNA and involves the 5' DNA binding domain of Rfc1. We further observe that a 5' end facilitates PCNA loading at an RPA coated 30-nt gap, suggesting a potential role of the RFC 5'-DNA site in lagging strand DNA synthesis. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 42 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D cryoEM map of yeast RFC-DNA1 complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : RFC-PCNA-DNA1-DNA2
+超分子 #1: RFC-PCNA-DNA1-DNA2
+超分子 #2: dsDNA
+超分子 #3: Proteins
+分子 #1: Replication factor C subunit 1
+分子 #2: Replication factor C subunit 4
+分子 #3: Replication factor C subunit 3
+分子 #4: Replication factor C subunit 2
+分子 #5: Replication factor C subunit 5
+分子 #6: Template strand
+分子 #7: Primer strand
+分子 #8: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 334876 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |