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- EMDB-25833: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25833
タイトルRabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in inactivated conformation (Dataset-B)
マップデータRabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in inactivated conformation (Dataset-B)
試料
  • 複合体: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: RyR1Ryanodine receptor 1
キーワードRyanodine Receptor (リアノジン受容体) / RyR1 / Intracellular Calcium channel / Ca2+ / Inactivation / Excitation-Contraction coupling / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / organelle membrane / toxic substance binding / 小胞体 / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / striated muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / 筋小胞体 / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / 筋鞘 / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Nayak AR / Samso M
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01 AR068431 米国
Other privateMDA 352845 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HSSN261200800001E 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM116790 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Ca inactivation of the mammalian ryanodine receptor type 1 in a lipidic environment revealed by cryo-EM.
著者: Ashok R Nayak / Montserrat Samsó /
要旨: Activation of the intracellular Ca channel ryanodine receptor (RyR) triggers a cytosolic Ca surge, while elevated cytosolic Ca inhibits the channel in a negative feedback mechanism. Cryogenic ...Activation of the intracellular Ca channel ryanodine receptor (RyR) triggers a cytosolic Ca surge, while elevated cytosolic Ca inhibits the channel in a negative feedback mechanism. Cryogenic electron microscopy of rabbit RyR1 embedded in nanodiscs under partially inactivating Ca conditions revealed an open and a closed-inactivated conformation. Ca binding to the high-affinity site engages the central and C-terminal domains into a block, which pries the S6 four-helix bundle open. Further rotation of this block pushes S6 toward the central axis, closing (inactivating) the channel. Main characteristics of the Ca-inactivated conformation are downward conformation of the cytoplasmic assembly and tightly knit subunit interface contributed by a fully occupied Ca activation site, two inter-subunit resolved lipids, and two salt bridges between the EF hand domain and the S2-S3 loop validated by disease-causing mutations. The structural insight illustrates the prior Ca activation prerequisite for Ca inactivation and provides for a seamless transition from inactivated to closed conformations.
履歴
登録2021年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25833.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in inactivated conformation (Dataset-B)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.07143278 - 0.1464874
平均 (標準偏差)0.001049067 (±0.0059402306)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 464.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0751.0751.075
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.400464.400464.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0710.1460.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_25833_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_25833_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ in nanodisc

全体名称: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ in nanodisc
要素
  • 複合体: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: RyR1Ryanodine receptor 1

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超分子 #1: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ in nanodisc

超分子名称: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ in nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein MSP1E3D1 and POPC.
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: New Zealand White / 器官: Skeletal Muscle / Organelle: Sarcoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Sarcoplasmic Reticulum membrane
分子量理論値: 2.26 MDa

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分子 #1: RyR1

分子名称: RyR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTL EQSLSVRALQ EMLANTVEAG VESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS C LTTSRSMT DKLAFDVGLQ EDATGEACWW TMHPASKQRS EGEKVRVGDD ...文字列:
MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTL EQSLSVRALQ EMLANTVEAG VESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS C LTTSRSMT DKLAFDVGLQ EDATGEACWW TMHPASKQRS EGEKVRVGDD LILVSVSSER YL HLSTASG ELQVDASFMQ TLWNMNPICS CCEEGYVTGG HVLRLFHGHM DECLTISAAD SDD QRRLVY YEGGAVCTHA RSLWRLEPLR ISWSGSHLRW GQPLRIRHVT TGRYLALTED QGLV VVDAC KAHTKATSFC FRVSKEKLDT APKRDVEGMG PPEIKYGESL CFVQHVASGL WLTYA APDP KALRLGVLKK KAILHQEGHM DDALFLTRCQ QEESQAARMI HSTAGLYNQF IKGLDS FSG KPRGSGPPAG PALPIEAVIL SLQDLIGYFE PPSEELQHEE KQSKLRSLRN RQSLFQE EG MLSLVLNCID RLNVYTTAAH FAEYAGEEAA ESWKEIVNLL YELLASLIRG NRANCALF S TNLDWVVSKL DRLEASSGIL EVLYCVLIES PEVLNIIQEN HIKSIISLLD KHGRNHKVL DVLCSLCVCN GVAVRSNQDL ITENLLPGRE LLLQTNLINY VTSIRPNIFV GRAEGSTQYG KWYFEVMVD EVVPFLTAQA THLRVGWALT EGYSPYPGGG EGWGGNGVGD DLYSYGFDGL H LWTGHVAR PVTSPGQHLL APEDVVSCCL DLSVPSISFR INGCPVQGVF EAFNLDGLFF PV VSFSAGV KVRFLLGGRH GEFKFLPPPG YAPCHEAVLP RERLRLEPIK EYRREGPRGP HLV GPSRCL SHTDFVPCPV DTVQIVLPPH LERIREKLAE NIHELWALTR IEQGWTYGPV RDDN KRLHP CLVNFHSLPE PERNYNLQMS GETLKTLLAL GCHVGMADEK AEDNLKKTKL PKTYM MSNG YKPAPLDLSH VRLTPAQTTL VDRLAENGHN VWARDRVAQG WSYSAVQDIP ARRNPR LVP YRLLDEATKR SNRDSLCQAV RTLLGYGYNI EPPDQEPSQV ENQSRWDRVR IFRAEKS YT VQSGRWYFEF EAVTTGEMRV GWARPELRPD VELGADELAY VFNGHRGQRW HLGSEPFG R PWQSGDVVGC MIDLTENTII FTLNGEVLMS DSGSETAFRE IEIGDGFLPV CSLGPGQVG HLNLGQDVSS LRFFAICGLQ EGFEPFAINM QRPVTTWFSK SLPQFEPVPP EHPHYEVARM DGTVDTPPC LRLAHRTWGS QNSLVEMLFL RLSLPVQFHQ HFRCTAGATP LAPPGLQPPA E DEARAAEP DPDYENLRRS AGGWGEAEGG KEGTAKEGTP GGTPQPGVEA QPVRAENEKD AT TEKNKKR GFLFKAKKAA MMTQPPATPA LPRLPHDVVP ADNRDDPEII LNTTTYYYSV RVF AGQEPS CVWVGWVTPD YHQHDMNFDL SKVRAVTVTM GDEQGNVHSS LKCSNCYMVW GGDF VSPGQ QGRISHTDLV IGCLVDLATG LMTFTANGKE SNTFFQVEPN TKLFPAVFVL PTHQN VIQF ELGKQKNIMP LSAAMFLSER KNPAPQCPPR LEVQMLMPVS WSRMPNHFLQ VETRRA GER LGWAVQCQDP LTMMALHIPE ENRCMDILEL SERLDLQRFH SHTLRLYRAV CALGNNR VA HALCSHVDQA QLLHALEDAH LPGPLRAGYY DLLISIHLES ACRSRRSMLS EYIVPLTP E TRAITLFPPG RKGGNARRHG LPGVGVTTSL RPPHHFSPPC FVAALPAAGV 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UniProtKB: Ryanodine receptor 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMMOPS (pH7.4)
635.0 mMPotassium ChlorideKCL
2.0 mMDithiothreitolジチオトレイトール
2.0 mMAMP-PCP
3.7 mMCalcium ChlorideCaCl2
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample was blotted for 1 second on both sides with Whatman hardened ashless filter paper with blot force 2..
詳細Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein MSP1E3D1 and POPC at a 1:2:50 molar ratio.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1346 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 35554
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22616

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 14669
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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