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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2524 | |||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of the contractile Type Six Secretion System VipA/B complex | |||||||||
マップデータ | Helical reconstruction of contracted VipA/B type six secretion tubule | |||||||||
試料 |
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キーワード | Type Six secretion system / tail sheath structure / Vibro cholerae / VipA/B / gp18 / helical | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kube S / Kapitein N / Zimniak T / Herzog F / Mogk A / Wendler P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014 タイトル: Structure of the VipA/B type VI secretion complex suggests a contraction-state-specific recycling mechanism. 著者: Sebastian Kube / Nicole Kapitein / Tomasz Zimniak / Franz Herzog / Axel Mogk / Petra Wendler / 要旨: The bacterial type VI secretion system is a multicomponent molecular machine directed against eukaryotic host cells and competing bacteria. An intracellular contractile tubular structure that bears ...The bacterial type VI secretion system is a multicomponent molecular machine directed against eukaryotic host cells and competing bacteria. An intracellular contractile tubular structure that bears functional homology with bacteriophage tails is pivotal for ejection of pathogenic effectors. Here, we present the 6 Å cryoelectron microscopy structure of the contracted Vibrio cholerae tubule consisting of the proteins VipA and VipB. We localized VipA and VipB in the protomer and identified structural homology between the C-terminal segment of VipB and the tail-sheath protein of T4 phages. We propose that homologous segments in VipB and T4 phages mediate tubule contraction. We show that in type VI secretion, contraction leads to exposure of the ClpV recognition motif, which is embedded in the type VI-specific four-helix-bundle N-domain of VipB. Disaggregation of the tubules by the AAA+ protein ClpV and recycling of the VipA/B subunits are thereby limited to the contracted state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2524.map.gz | 19 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2524-v30.xml emd-2524.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2524.png | 185.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2524 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2524 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2524_validation.pdf.gz | 252.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2524_full_validation.pdf.gz | 251.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2524_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2524 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2524 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical reconstruction of contracted VipA/B type six secretion tubule | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0698 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : VipA/B tubular complex in contracted state
全体 | 名称: VipA/B tubular complex in contracted state |
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要素 |
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-超分子 #1000: VipA/B tubular complex in contracted state
超分子 | 名称: VipA/B tubular complex in contracted state / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample forms tubular complexes of varying length / 集合状態: VipA and VipB form heterodimer / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: VipA
分子 | 名称: VipA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TssB / 集合状態: heterodimer with VipB in helical array / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 18.5 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 組換株: XL1 Blue / 組換プラスミド: pQE31 |
配列 | UniProtKB: Type VI secretion system contractile sheath small subunit GO: biological_process, molecular_function, cellular_component InterPro: Type VI secretion system sheath protein TssB1 |
-分子 #2: VipB
分子 | 名称: VipB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TssC / 集合状態: heterodimer with VipA in helical array / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 55.6 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 組換株: XL1 Blue / 組換プラスミド: PQE31 |
配列 | UniProtKB: Type VI secretion system contractile sheath large subunit GO: biological_process, molecular_function, cellular_component InterPro: Type VI secretion system TssC-like |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Quantifoil R3/3 wit carbon support film, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot for 3.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2013年1月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 12271 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 145821 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Image were processed after an adapted protocol by Clare & Orlova, 2012 (JSB) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 22.2 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 29.44 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER, IHRSR 詳細: dataset was symmetrized before final reconstruction as described in Clare & Orlova, 2012 (JSB) |
CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 角度割当 | 詳細: theta 20 degrees, phi 60 degrees |