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- EMDB-25162: HtrA1:Fab15H6.v4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25162
タイトルHtrA1:Fab15H6.v4 complex
マップデータMain map with enforced C3 symmetry. Used for structure determination.
試料
  • 複合体: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope
    • タンパク質・ペプチド: Serine protease HTRA1
    • タンパク質・ペプチド: Fab15H6.v4 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab15H6.v4 Light Chain
機能・相同性
機能・相同性情報


chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / negative regulation of BMP signaling pathway / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / molecular function activator activity / placenta development ...chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / negative regulation of BMP signaling pathway / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / molecular function activator activity / placenta development / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / PDZ domain 6 / Kazal type serine protease inhibitors / PDZ domain / Peptidase S1C / Kazal domain superfamily ...Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / PDZ domain 6 / Kazal type serine protease inhibitors / PDZ domain / Peptidase S1C / Kazal domain superfamily / Trypsin-like peptidase domain / Kazal domain / Kazal domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Gerhardy S / Green E / Estevez A / Arthur CP / Ultsch M / Rohou A / Kirchhofer D
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Allosteric inhibition of HTRA1 activity by a conformational lock mechanism to treat age-related macular degeneration.
著者: Stefan Gerhardy / Mark Ultsch / Wanjian Tang / Evan Green / Jeffrey K Holden / Wei Li / Alberto Estevez / Chris Arthur / Irene Tom / Alexis Rohou / Daniel Kirchhofer /
要旨: The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric ...The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric inhibition mechanism of HTRA1 by a clinical Fab fragment, currently being evaluated for GA treatment. Using cryo-EM, X-ray crystallography and biochemical assays we identify the exposed LoopA of HTRA1 as the sole Fab epitope, which is approximately 30 Å away from the active site. The cryo-EM structure of the HTRA1:Fab complex in combination with molecular dynamics simulations revealed that Fab binding to LoopA locks HTRA1 in a non-competent conformational state, incapable of supporting catalysis. Moreover, grafting the HTRA1-LoopA epitope onto HTRA2 and HTRA3 transferred the allosteric inhibition mechanism. This suggests a conserved conformational lock mechanism across the HTRA family and a critical role of LoopA for catalysis, which was supported by the reduced activity of HTRA1-3 upon LoopA deletion or perturbation. This study reveals the long-range inhibition mechanism of the clinical Fab and identifies an essential function of the exposed LoopA for activity of HTRA family proteases.
履歴
登録2021年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2022年9月21日-
現状2022年9月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25162.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map with enforced C3 symmetry. Used for structure determination.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.64
最小 - 最大-4.0580316 - 6.4571915
平均 (標準偏差)0.0053271637 (±0.07798276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional map without enforced symmetry (C1).

ファイルemd_25162_additional_1.map
注釈Additional map without enforced symmetry (C1).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half-map 1/2 for C1 additional map

ファイルemd_25162_additional_2.map
注釈Half-map 1/2 for C1 additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half-map 2/2 for C1 additional map

ファイルemd_25162_additional_3.map
注釈Half-map 2/2 for C1 additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1/2 for C3 main map

ファイルemd_25162_half_map_1.map
注釈Half-map 1/2 for C3 main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2/2 for C3 main map

ファイルemd_25162_half_map_2.map
注釈Half-map 2/2 for C3 main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope

全体名称: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope
要素
  • 複合体: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope
    • タンパク質・ペプチド: Serine protease HTRA1
    • タンパク質・ペプチド: Fab15H6.v4 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab15H6.v4 Light Chain

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超分子 #1: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope

超分子名称: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: HtrA1PD bound by clinical Fab15H6.v4 at LoopA epitope
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Serine protease HTRA1

分子名称: Serine protease HTRA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.434699 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DPNSLRHKYN FIADVVEKIA PAVVHIELFR KLPFSKREVP VASGSGFIVS EDGLIVTNAH VVTNKHRVKV ELKNGATYEA KIKDVDEKA DIALIKIDHQ GKLPVLLLGR SSELRPGEFV VAIGSPFSLQ NTVTTGIVST TQRGGKELGL RNSDMDYIQT D AIINYGNS ...文字列:
DPNSLRHKYN FIADVVEKIA PAVVHIELFR KLPFSKREVP VASGSGFIVS EDGLIVTNAH VVTNKHRVKV ELKNGATYEA KIKDVDEKA DIALIKIDHQ GKLPVLLLGR SSELRPGEFV VAIGSPFSLQ NTVTTGIVST TQRGGKELGL RNSDMDYIQT D AIINYGNS GGPLVNLDGE VIGINTLKVT AGISFAIPSD KIKKFLTES

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分子 #2: Fab15H6.v4 Heavy Chain

分子名称: Fab15H6.v4 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.906205 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYKFT DSEMHWVRQA PGQGLEWIGG VDPETEGAAY NQKFKGRATI TRDTSTSTAY LELSSLRSE DTAVYYCTRG YDYDYALDYW GQGTLVTV

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分子 #3: Fab15H6.v4 Light Chain

分子名称: Fab15H6.v4 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.421634 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASSSVE FIHWYQQKPG KAPKPLISAT SNLASGVPSR FSGSGSGTDF TLTISSLQPE DFATYYCQQ WSSAPWTFGQ GTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium Chloride
50.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
0.25 PercentCHAPS3-((3-cholamidopropyl) dimethylammonio)-1-propanesulfonate
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.067 kPa
詳細: SAM: Grids were incubated in 4 mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethylenglycol (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, Inc., Bozeman, MT) for 24h and rinsed in EtOH before sample application
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 3.5s blot time.
詳細HtrA1PD:Fab15H6.v4 complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5345 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 566088
CTF補正ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. r1568)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3tjn


詳細: apo HtrA1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 184782
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3tjn


Chain - Chain ID: A
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7sjn:
HtrA1:Fab15H6.v4 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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