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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25127 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Xenopus laevis CRL2Lrr1 (State 1) | ||||||||||||
マップデータ | It's a composite map made with State1-map1, State1-map2 and State1-map3. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cullin RING E3 ubiquitin ligase / DNA replication termination / LIGASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cullin-RING ubiquitin ligase complex / elongin complex / VCB complex / transcription elongation by RNA polymerase II / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhou H / Brown A | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structure of CRL2Lrr1, the E3 ubiquitin ligase that promotes DNA replication termination in vertebrates. 著者: Haixia Zhou / Manal S Zaher / Johannes C Walter / Alan Brown / 要旨: When vertebrate replisomes from neighboring origins converge, the Mcm7 subunit of the replicative helicase, CMG, is ubiquitylated by the E3 ubiquitin ligase, CRL2Lrr1. Polyubiquitylated CMG is then ...When vertebrate replisomes from neighboring origins converge, the Mcm7 subunit of the replicative helicase, CMG, is ubiquitylated by the E3 ubiquitin ligase, CRL2Lrr1. Polyubiquitylated CMG is then disassembled by the p97 ATPase, leading to replication termination. To avoid premature replisome disassembly, CRL2Lrr1 is only recruited to CMGs after they converge, but the underlying mechanism is unclear. Here, we use cryogenic electron microscopy to determine structures of recombinant Xenopus laevis CRL2Lrr1 with and without neddylation. The structures reveal that CRL2Lrr1 adopts an unusually open architecture, in which the putative substrate-recognition subunit, Lrr1, is located far from the catalytic module that catalyzes ubiquitin transfer. We further demonstrate that a predicted, flexible pleckstrin homology domain at the N-terminus of Lrr1 is essential to target CRL2Lrr1 to terminated CMGs. We propose a hypothetical model that explains how CRL2Lrr1's catalytic module is positioned next to the ubiquitylation site on Mcm7, and why CRL2Lrr1 binds CMG only after replisomes converge. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25127.map.gz | 113.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25127-v30.xml emd-25127.xml | 23.8 KB 23.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25127_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25127.png | 75.7 KB | ||
マスクデータ | emd_25127_msk_1.map emd_25127_msk_2.map emd_25127_msk_3.map | 125 MB 125 MB 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25127.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_25127_additional_1.map.gz emd_25127_additional_2.map.gz emd_25127_additional_3.map.gz | 4.4 MB 113.9 MB 3.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25127 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25127 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25127_validation.pdf.gz | 537.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25127_full_validation.pdf.gz | 536.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25127_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25127_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25127 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25127 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | It's a composite map made with State1-map1, State1-map2 and State1-map3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25127_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_25127_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #3
ファイル | emd_25127_msk_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_25127_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_25127_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_25127_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CRL2Lrr1
全体 | 名称: CRL2Lrr1 |
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要素 |
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-超分子 #1: CRL2Lrr1
超分子 | 名称: CRL2Lrr1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-分子 #1: CULLIN_2 domain-containing protein
分子 | 名称: CULLIN_2 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 87.244117 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLDYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHVQ QLHTRVLDSA EQVLVMYFR YWEEYSRGAD YMDCLYRYLN TQYIKKNKLT EADLQYGYGG VDMNEPLMEI GELALDLWRK LMIEPLQDTL L IMLLREIK ...文字列: MSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLDYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHVQ QLHTRVLDSA EQVLVMYFR YWEEYSRGAD YMDCLYRYLN TQYIKKNKLT EADLQYGYGG VDMNEPLMEI GELALDLWRK LMIEPLQDTL L IMLLREIK RDRCGEDPNQ KVIHGVINSF VHVEQYKKKF PLKFYQEIFE SPFLAETGEY YKQEASNLLQ ESNCSQYMEK IL GRLKDEE IRCRKYLHPS SYNKVIHECQ QRMVADHLQF LHAECHNIIR QERRNDMANM YTLLRAVSSG LPHMIQELQN HIH DEGLRA ISNLSQENMP TQFVESVLEV HSKFVQLVNC VLNGDQHFMS ALDKALTCVV NYREPKSVCK APELLAKYCD NMLK KSAKG MTENEVEDKL TSFITVFKYI DDKDVFQKFY ARMLAKRLIH GLSMSMDSEE TMINKLKQAC GYEFTSKLHR MYTDM SVSA DLNNKFNNFI KSQDTVIDLG ISFQIYVLQA GAWPLTQAPS STFAIPQELE KSVQMFELFY NQHFSGRKLT WLHYLC TGE VKMNYLCKPY VAMVTTYQMA VLLAFNNSEI ITYKELQDST QMNEKELTKT IKSLLDVKMI NHDSDKEDIE GESTFSL NM NFSSKRTKFK ITTPMQKDTP QEVEQTRSAV DEDRKMYLQA AIVRIMKARK VLRHNALIQE VISQSRARFN PSISMIKK C IEVLIDKQYI ERSQASADEY SYVA UniProtKB: CULLIN_2 domain-containing protein |
-分子 #2: Tceb2-prov protein
分子 | 名称: Tceb2-prov protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 13.325927 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDVFLMIRHH KTTIFTDAKE NTTVYELKRI VEGILKRPPE DQKLYKDDQL LDDNKTLGDC GFTSQTARPQ APATVGLAFR SSGDSFEPL RVEPFSSPPE LPDVMKPQET SGSANEQAVQ UniProtKB: Elongin B L homeolog |
-分子 #3: Elongin-C
分子 | 名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 12.485135 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDGEEKTYGG CEGPDAMYVK LISSDGHEFI VKREHALTSG TIKAMLSGPG QFAENETNEV NFREIPSHVL SKVCMYFTYK VRYTNSSTE IPEFPIAPEI ALELLMAANF LDC UniProtKB: Elongin-C |
-分子 #4: Lrr1
分子 | 名称: Lrr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 46.882258 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKLQCEVEVI NRMLPTFGLK NRGKGTRAVL SVGRQEGKRG AAYLMICTLK DKSGSRYKLE NNIEQLFTRF VGEGKATLRL KEPALDICL SKAEICGLRN FISTVGLANK GTDIGTVSLP RLTPAKTSEI EKPRSKLFIT TKKDYPITKS FPYSLEHLQV S YCKLARVD ...文字列: MKLQCEVEVI NRMLPTFGLK NRGKGTRAVL SVGRQEGKRG AAYLMICTLK DKSGSRYKLE NNIEQLFTRF VGEGKATLRL KEPALDICL SKAEICGLRN FISTVGLANK GTDIGTVSLP RLTPAKTSEI EKPRSKLFIT TKKDYPITKS FPYSLEHLQV S YCKLARVD MRMLCLKKLQ KLDLSNNHIK KLPKTIGDLV CLQELILNHN FLESFEVVLC STTLRDTLKS LDLSANKLKA LP VQICNFK ELVSLKLDEN ELLQLPFPIG QLSKLRFLSA TKNNLQCLPN TFKKLTLENL DLFGNPFMQA TPLVPDIQLK IPL PLLETA ARATLKYRIP YGPHLIPATL CQDLSLAKTC DCGLPCLNSF IQTIVLMNLH QVSQTVVLVD TMGGTDGPIV CYFC SLTCY SQFLDKYLQS TRV UniProtKB: Leucine rich repeat protein 1 L homeolog isoform X1 |
-分子 #5: RING-type domain-containing protein
分子 | 名称: RING-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 12.277985 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAAAMDVDTP SGANNSAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYVG UniProtKB: RING-type domain-containing protein |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: TCEP is freshly added. | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 6 seconds with the force 12. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-7shk: |