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- EMDB-25116: Structure of hemolysin A secretion system HlyB/D complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25116
タイトルStructure of hemolysin A secretion system HlyB/D complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Membrane protein complex of HlyB and HlyD
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
  • タンパク質・ペプチド: Membrane fusion protein (MFP) family protein,Hemolysin secretion protein D, chromosomal
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
キーワードhydrolase / transport / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / protein secretion / ABC-type transporter activity / peptidase activity / killing of cells of another organism / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Secretion protein HlyD, conserved site / Type I secretion membrane fusion protein, HlyD family / HlyD family secretion proteins signature. / HlyD family secretion protein / : / ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. ...Secretion protein HlyD, conserved site / Type I secretion membrane fusion protein, HlyD family / HlyD family secretion proteins signature. / HlyD family secretion protein / : / ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane fusion protein (MFP) family protein / Hemolysin secretion protein D, chromosomal / Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌) / Escherichia coli CFT073 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao H / Chen J
資金援助 フランス, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP) フランス
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: The hemolysin A secretion system is a multi-engine pump containing three ABC transporters.
著者: Hongtu Zhao / James Lee / Jue Chen /
要旨: Type 1 secretion systems (T1SSs) are widespread in pathogenic Gram-negative bacteria, extruding protein substrates following synthesis of the entire polypeptide. The Escherichia coli hemolysin A ...Type 1 secretion systems (T1SSs) are widespread in pathogenic Gram-negative bacteria, extruding protein substrates following synthesis of the entire polypeptide. The Escherichia coli hemolysin A secretion system has long been considered a prototype in structural and mechanistic studies of T1SSs. Three membrane proteins-an inner membrane ABC transporter HlyB, an adaptor protein HlyD, and an outer membrane porin TolC-are required for secretion. However, the stoichiometry and structure of the complex are unknown. Here, cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures determined in two conformations reveal that the inner membrane complex is a hetero-dodecameric assembly comprising three HlyB homodimers and six HlyD subunits. Functional studies indicate that oligomerization of HlyB and HlyD is essential for protein secretion and that polypeptides translocate through a canonical ABC transporter pathway in HlyB. Our data suggest that T1SSs entail three ABC transporters, one that functions as a protein channel and two that allosterically power the translocation process.
履歴
登録2021年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25116.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å

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投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.3838627 - 4.4336143
平均 (標準偏差)-0.0011432696 (±0.10447862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Membrane protein complex of HlyB and HlyD

全体名称: Membrane protein complex of HlyB and HlyD
要素
  • 複合体: Membrane protein complex of HlyB and HlyD
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
  • タンパク質・ペプチド: Membrane fusion protein (MFP) family protein,Hemolysin secretion protein D, chromosomal
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate

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超分子 #1: Membrane protein complex of HlyB and HlyD

超分子名称: Membrane protein complex of HlyB and HlyD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
分子量理論値: 810 KDa

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分子 #1: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB

分子名称: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC
分子量理論値: 79.621492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSCHKIDYG LYALEILAQY HNVSVNPEEI KHRFDTDGTG LGLTSWLLAA KSLELKVKQV KKTIDRLNFI SLPALVWRED GRHFILTKV SKEANRYLIF DLEQRNPRVL EQSEFEALYQ GHIILIASRS SVTGKLAKFD FTWFIPAIIK YRKIFIETLV V SVFLQLFA ...文字列:
MDSCHKIDYG LYALEILAQY HNVSVNPEEI KHRFDTDGTG LGLTSWLLAA KSLELKVKQV KKTIDRLNFI SLPALVWRED GRHFILTKV SKEANRYLIF DLEQRNPRVL EQSEFEALYQ GHIILIASRS SVTGKLAKFD FTWFIPAIIK YRKIFIETLV V SVFLQLFA LITPLFFQVV MDKVLVHRGF STLNVITVAL SVVVVFEIIL SGLRTYIFAH STSRIDVELG AKLFRHLLAL PI SYFESRR VGDTVARVRE LDQIRNFLTG QALTSVLDLL FSFIFFAVMW YYSPKLTLVI LFSLPCYAAW SVFISPILRR RLD DKFSRN ADNQSFLVES VTAINTIKAM AVSPQMTNIW DKQLAGYVAA GFKVTVLATI GQQGIQLIQK TVMIINLWLG AHLV ISGDL SIGQLIAFNM LAGQIVAPVI RLAQIWQDFQ QVGISVTRLG DVLNSPTESY HGKLALPEIN GNITFRNIRF RYKPD SPVI LDNINLSIKQ GEVIGIVGRS GSGKSTLTKL IQRFYIPENG QVLIDGHDLA LADPNWLRRQ VGVVLQDNVL LNRSII DNI SLANPGMSVE KVIYAAKLAG AHDFISELRE GYNTIVGEQG AGLSGGQRQR IAIARALVNN PKILIFDEAT SALDYES EH IIMRNMHKIC KGRTVIIIAH RLSTVKNADR IIVMEKGKIV EQGKHKELLS EPESLYSYLY QLQSD

UniProtKB: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB

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分子 #2: Membrane fusion protein (MFP) family protein,Hemolysin secretion ...

分子名称: Membrane fusion protein (MFP) family protein,Hemolysin secretion protein D, chromosomal
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC
分子量理論値: 40.748895 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKTWLMGFSE FLLRYKLVWS ETWKIRKQLD TPVREKDENE FLPAHLELIE TPVSRRPRLV AYFIMGFLVI AVILSVLGQV EIVATANGK LTLSGRSKEI KPIENSIVKE IIVKEGESVR KGDVLLKLTA LGAEADTLKT QSSLLQTRLE QTRYQILSRS I ELNKLPEL ...文字列:
MKTWLMGFSE FLLRYKLVWS ETWKIRKQLD TPVREKDENE FLPAHLELIE TPVSRRPRLV AYFIMGFLVI AVILSVLGQV EIVATANGK LTLSGRSKEI KPIENSIVKE IIVKEGESVR KGDVLLKLTA LGAEADTLKT QSSLLQTRLE QTRYQILSRS I ELNKLPEL KLPDEPYFQN VSEEEVLRLT SLIKEQFSTW QNQKYQKELN LDKKRAERLT ILARINRYEN LSRVEKSRLD DF DDTLEVT ALVQNKDIGF INVGQNAIIK VEAFPYTRYG YLVGKVKNIN LDAIEDQKLG LVFNVIVSVE ENDLSTGNKH IPL SSGMAV TAEIKTGMRS VISYLLSPLE ESVTESLHER

UniProtKB: Membrane fusion protein (MFP) family protein, Hemolysin secretion protein D, chromosomal

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分子 #3: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 37 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136123
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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