+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24992 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab7 (Donor 269) | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bangaru S / Antanasijevic A / Ward A | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural mapping of antibody landscapes to human betacoronavirus spike proteins. 著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de ...著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de la Peña / James E Crowe / Andrew B Ward / 要旨: Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV- ...Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV-2) infections. We used electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to characterize the antibody specificities against β-CoV spike proteins in prepandemic (PP) sera or SARS-CoV-2 convalescent (SC) sera. We observed that most PP sera had antibodies specific to seasonal human CoVs (HCoVs) OC43 and HKU1 spike proteins while the SC sera showed reactivity across all human β-CoVs. Detailed molecular mapping of spike-antibody complexes revealed epitopes that were differentially targeted by preexisting antibodies and SC serum antibodies. Our studies provide an antigenic landscape to β-HCoV spikes in the general population serving as a basis for cross-reactive epitope analyses in SARS-CoV-2-infected individuals. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24992.map.gz | 140 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24992-v30.xml emd-24992.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24992_fsc.xml | 12.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24992.png | 108.2 KB | ||
マスクデータ | emd_24992_msk_1.map | 149.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_24992_half_map_1.map.gz emd_24992_half_map_2.map.gz | 118 MB 118 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24992 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24992_validation.pdf.gz | 951.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_24992_full_validation.pdf.gz | 950.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24992_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24992_validation.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24992 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sbyMC 7sb3C 7sb4C 7sb5C 7sbvC 7sbwC 7sbxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24992_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_24992_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_24992_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab7 (Donor 269)
全体 | 名称: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab7 (Donor 269) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab7 (Donor 269)
超分子 | 名称: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab7 (Donor 269) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F cells |
-分子 #1: Human polyclonal Fab model with polyalanine backbone - Heavy chain
分子 | 名称: Human polyclonal Fab model with polyalanine backbone - Heavy chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.741231 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #2: Spike protein
分子 | 名称: Spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) |
分子量 | 理論値: 151.119891 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFLILLISLP TAFAVIGDLK CPLDSRTGSL NNIDTGPPSI STATVDVTNG LGTYYVLDRV YLNTTLFLNG YYPTSGSTYR NMALKGTDK LSTLWFKPPF LSDFINGIFA KVKNTKVFKD GVMYSEFPAI TIGSTFVNTS YSVVVQPRTI NSTQDGVNKL Q GLLEVSVC ...文字列: MFLILLISLP TAFAVIGDLK CPLDSRTGSL NNIDTGPPSI STATVDVTNG LGTYYVLDRV YLNTTLFLNG YYPTSGSTYR NMALKGTDK LSTLWFKPPF LSDFINGIFA KVKNTKVFKD GVMYSEFPAI TIGSTFVNTS YSVVVQPRTI NSTQDGVNKL Q GLLEVSVC QYNMCEYPHT ICHPKLGNHF KELWHMDTGV VSCLYKRNFT YDVNATYLYF HFYQEGGTFY AYFTDTGVVT KF LFNVYLG MALSHYYVMP LTCISRRDIG FTLEYWVTPL TSRQYLLAFN QDGIIFNAVD CMSDFMSEIK CKTQSIAPPT GVY ELNGYT VQPIADVYRR KPDLPNCNIE AWLNDKSVPS PLNWERKTFS NCNFNMSSLM SFIQADSFTC NNIDAAKIYG MCFS SITID KFAIPNGRKV DLQLGNLGYL QSFNYRIDTT ATSCQLYYNL PAANVSVSRF NPSTWNKRFG FIENSVFKPQ PAGVL TNHD VVYAQHCFKA PKNFCPCKLN SSLCVGSGPG KNNGIGTCPA GTNYLTCHNL CNPDPITFTG PYKCPQTKSL VGIGEH CSG LAVKSDYCGG NPCTCQPQAF LGWSADSCLQ GDKCNIFANL ILHDVNSGLT CSTDLQKANT DIKLGVCVNY DLYGISG QG IFVEVNATYY NSWQNLLYDS NGNLYGFRDY ITNRTFMIRS CYSGRVSAAF HANSSEPALL FRNIKCNYVF NNSLIRQL Q PINYFDSYLG CVVNAYNSTA ISVQTCDLTV GSGYCVDYSK NRRSRRAITT GYRFTNFEPF TVNSVNDSLE PVGGLYEIQ IPSEFTIGNM EEFIQTSSPK VTIDCAAFVC GDYAACKSQL VEYGSFCDNI NAILTEVNEL LDTTQLQVAN SLMNGVTLST KLKDGVNFN VDDINFSSVL GCLGSECSKA SSRSAIEDLL FDKVKLSDVG FVAAYNNCTG GAEIRDLICV QSYKGIKVLP P LLSENQIS GYTLAATSAS LFPPWTAAAG VPFYLNVQYR INGLGVTMDV LSQNQKLIAN AFNNALDAIQ EGFDATNSAL VK IQAVVNA NAEALNNLLQ QLSNRFGAIS SSLQEILSRL DPPEAEAQID RLINGRLTAL NAYVSQQLSD STLVKFSAAQ AME KVNECV KSQSSRINFC GNGNHIISLV QNAPYGLYFI HFSYVPTKYV TAKVSPGLCI AGDRGIAPKS GYFVNVNNTW MYTG SGYYY PEPITENNVV VMSTCAVNYT KAPYVMLNTS TPNLPDFREE LDQWFKNQTS VAPDLSLDYI NVTFLDLQVE MNRLQ EAIK VLNGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSAW SHP QFEK |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 25 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: Sapienic acid
分子 | 名称: Sapienic acid / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: 8Z9 |
---|---|
分子量 | 理論値: 254.408 Da |
Chemical component information | ChemComp-8Z9: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素:
| ||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 4370 / 平均露光時間: 9.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |