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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24713 | |||||||||
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タイトル | AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | AP2 / clathrin vesicle / endocytosis / lipid-binding / adaptor / membrane / transport / muniscin / regulator / SGIP1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane ...Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / membrane coat / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / coronary vasculature development / MHC class II antigen presentation / positive regulation of protein localization to membrane / neurotransmitter receptor internalization / signal sequence binding / aorta development / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / secretory granule / kidney development / intracellular protein transport / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / heart development / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / transmembrane transporter binding / postsynapse / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Baker RW / Hollopeter G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structural basis of an endocytic checkpoint that primes the AP2 clathrin adaptor for cargo internalization. 著者: Edward A Partlow / Kevin S Cannon / Gunther Hollopeter / Richard W Baker / 要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main route of internalization from the plasma membrane. It is known that the heterotetrameric AP2 clathrin adaptor must open to simultaneously engage ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main route of internalization from the plasma membrane. It is known that the heterotetrameric AP2 clathrin adaptor must open to simultaneously engage membrane and endocytic cargo, yet it is unclear how transmembrane cargos are captured to catalyze CME. Using cryogenic-electron microscopy, we discover a new way in which mouse AP2 can reorganize to expose membrane- and cargo-binding pockets, which is not observed in clathrin-coated structures. Instead, it is stimulated by endocytic pioneer proteins called muniscins, which do not enter vesicles. Muniscin-engaged AP2 is primed to rearrange into the vesicle-competent conformation on binding the tyrosine cargo internalization motif (YxxΦ). We propose adaptor priming as a checkpoint to ensure cargo internalization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24713.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24713-v30.xml emd-24713.xml | 27.9 KB 27.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24713_fsc.xml | 18.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24713.png | 63.1 KB | ||
マスクデータ | emd_24713_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-24713.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_24713_additional_1.map.gz emd_24713_additional_2.map.gz emd_24713_additional_3.map.gz emd_24713_half_map_1.map.gz emd_24713_half_map_2.map.gz | 120.6 MB 4.5 MB 4.8 MB 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24713 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24713_validation.pdf.gz | 764.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24713_full_validation.pdf.gz | 764.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24713_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24713_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24713 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24713_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_24713_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_24713_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_24713_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24713_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24713_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin
全体 | 名称: AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin |
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要素 |
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-超分子 #1: AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin
超分子 | 名称: AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2
分子 | 名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Purified as a GST fusion and tag removed with PreScission Protease コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 70.57332 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ...文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ALCLLRLYRT SPDLVPMGDW TSRVVHLLND QHLGVVTAAT SLITTLAQKN PEEFKTSVSL AVSRLSRIVT SA STDLQDY TYYFVPAPWL SVKLLRLLQC YPPPEDPAVR GRLTECLETI LNKAQEPPKS KKVQHSNAKN AVLFEAISLI IHH DSEPNL LVRACNQLGQ FLQHRETNLR YLALESMCTL ASSEFSHEAV KTHIETVINA LKTERDVSVR QRAVDLLYAM CDRS NAQQI VAEMLSYLET ADYSIREEIV LKVAILAEKY AVDYTWYVDT ILNLIRIAGD YVSEEVWYRV IQIVINRDDV QGYAA KTVF EALQAPACHE NLVKVGGYIL GEFGNLIAGD PRSSPLIQFN LLHSKFHLCS VPTRALLLST YIKFVNLFPE VKATIQ DVL RSDSQLKNAD VELQQRAVEY LRLSTVASTD ILATVLEEMP PFPERESSIL AKLKKKKGGS GLEVLFQ UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha-2 |
-分子 #2: AP-2 complex subunit beta
分子 | 名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 66.953195 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL ...文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL IADSNPMVVA NAVAALSEIS ESHPNSNLLD LNPQNINKLL TALNECTEWG QIFILDCLSN YNPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFL ELLPKDSDYY NMLLKKLAPP LVTLLSGEPE VQYVALRNIN LIVQKRPEIL KQE IKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELKEYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIR DIFRKYPNKY ESIIATLCEN LDSLDEPDAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD ESTQV QLTL LTAIVKLFLK KPSETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VTAKEVVLSE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICHIGSLASV YHKPPNAFVE GSHGIHRK UniProtKB: AP-2 complex subunit beta |
-分子 #3: AP-2 complex subunit mu
分子 | 名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 49.726641 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY ...文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY RRNELFLDVL ESVNLLMSPQ GQVLSAHVSG RVVMKSYLSG MPECKFGMND KIVIEKQGKG TADETSKSGK QS IAIDDCT FHQCVRLSKF DSERSISFIP PDGEFELMRY RTTKDIILPF RVIPLVREVG RTKLEVKVVI KSNFKPSLLA QKI EVRIPT PLNTSGVQVI CMKGKAKYKA SENAIVWKIK RMAGMKESQI SAEIELLPTN DKKKWARPPI SMNFEVPFAP SGLK VRYLK VFEPKLNYSD HDVIKWVRYI GRSGIYETRC UniProtKB: AP-2 complex subunit mu |
-分子 #4: AP-2 complex subunit sigma
分子 | 名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 17.038688 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample. | ||||||||||||
詳細 | Heparin and SGIP APA peptide added at a 2-fold excess 20 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.05% beta-OG |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 36000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |