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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24706 | |||||||||
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タイトル | High resolution map of molecular chaperone Artemin | |||||||||
マップデータ | Unsharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Artemia franciscana (甲殻類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Parvate AD / Powell SM / Brookreason JT / Novikova IV / Evans JE | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the diapause chaperone artemin. 著者: Amar D Parvate / Samantha M Powell / Jory T Brookreson / Trevor H Moser / Irina V Novikova / Mowei Zhou / James E Evans / 要旨: The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high- ...The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high-resolution structure of artemin exists. Here we report the full-length structure of artemin at 2.04 Å resolution. The cryo-EM map contains density for an intramolecular disulfide bond between Cys22-Cys61 and resolves the entire C-terminus extending into the core of the assembled protein cage but in a different configuration than previously hypothesized with molecular modeling. We also provide data supporting the role of C-terminal helix F towards stabilizing the dimer form that is believed to be important for its chaperoning activity. We were able to destabilize this effect by placing a tag at the C-terminus to fully pack the internal cavity and cause limited steric hindrance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24706.map.gz | 436.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24706-v30.xml emd-24706.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24706_fsc.xml | 25.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24706.png | 46.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24706 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rvbMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.3398 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 24mer Artemin complex
全体 | 名称: 24mer Artemin complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 24mer Artemin complex
超分子 | 名称: 24mer Artemin complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Artemia franciscana (甲殻類) |
分子量 | 理論値: 624 MDa |
-分子 #1: Ferritin
分子 | 名称: Ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: Artemia franciscana (甲殻類) |
分子量 | 理論値: 26.144912 KDa |
組換発現 | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) |
配列 | 文字列: MATEGARNIG QSAPEGKVQM DCPSRHNFDP ECEKAFVEHI HLELASSYHA WSMWAFYARD CKAAVGMTRL CEWASHVSAQ RARRMAAYV LTRGGHVDYK EIPAPKKQGW DNFEDAFSHC VANKKRILTS LQSLYQCCQS KDAHCSNFIQ TDMMDEVIAW N KFLSDCLS ...文字列: MATEGARNIG QSAPEGKVQM DCPSRHNFDP ECEKAFVEHI HLELASSYHA WSMWAFYARD CKAAVGMTRL CEWASHVSAQ RARRMAAYV LTRGGHVDYK EIPAPKKQGW DNFEDAFSHC VANKKRILTS LQSLYQCCQS KDAHCSNFIQ TDMMDEVIAW N KFLSDCLS NLHCIGSQGM GPWVFDRWLA RIVMSKFKHP KIPSLSTSDL ESNIPNELFD AEGDMVRAIK KL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2595 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7rvb: |