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万見
- EMDB-24676: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24676
タイトルAMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
マップデータAMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
試料
  • 複合体: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
    • タンパク質・ペプチド: AMC016 gp120
    • タンパク質・ペプチド: AMC016 gp41
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Bader DLV / Cottrell CA / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31 AI131873 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: The Glycan Hole Area of HIV-1 Envelope Trimers Contributes Prominently to the Induction of Autologous Neutralization.
著者: Anna Schorcht / Christopher A Cottrell / Pavel Pugach / Rajesh P Ringe / Alvin X Han / Joel D Allen / Tom L G M van den Kerkhof / Gemma E Seabright / Edith E Schermer / Thomas J Ketas / ...著者: Anna Schorcht / Christopher A Cottrell / Pavel Pugach / Rajesh P Ringe / Alvin X Han / Joel D Allen / Tom L G M van den Kerkhof / Gemma E Seabright / Edith E Schermer / Thomas J Ketas / Judith A Burger / Jelle van Schooten / Celia C LaBranche / Gabriel Ozorowski / Natalia de Val / Daniel L V Bader / Hanneke Schuitemaker / Colin A Russell / David C Montefiori / Marit J van Gils / Max Crispin / P J Klasse / Andrew B Ward / John P Moore / Rogier W Sanders /
要旨: The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) trimeric envelope glycoprotein (Env) is heavily glycosylated, creating a dense glycan shield that protects the underlying peptidic surface from ...The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) trimeric envelope glycoprotein (Env) is heavily glycosylated, creating a dense glycan shield that protects the underlying peptidic surface from antibody recognition. The absence of conserved glycans, due to missing potential N-linked glycosylation sites (PNGS), can result in strain-specific, autologous neutralizing antibody (NAb) responses. Here, we sought to gain a deeper understanding of the autologous neutralization by introducing holes in the otherwise dense glycan shields of the AMC011 and AMC016 SOSIP trimers. Specifically, when we knocked out the N130 and N289 glycans, which are absent from the well-characterized B41 SOSIP trimer, we observed stronger autologous NAb responses. We also analyzed the highly variable NAb responses induced in rabbits by diverse SOSIP trimers from subtypes A, B, and C. Statistical analysis, using linear regression, revealed that the cumulative area exposed on a trimer by glycan holes correlates with the magnitude of the autologous NAb response. Forty years after the first description of HIV-1, the search for a protective vaccine is still ongoing. The sole target for antibodies that can neutralize the virus are the trimeric envelope glycoproteins (Envs) located on the viral surface. The glycoprotein surface is covered with glycans that shield off the underlying protein components from recognition by the immune system. However, the Env trimers of some viral strains have holes in the glycan shield. Immunized animals developed antibodies against such glycan holes. These antibodies are generally strain specific. Here, we sought to gain a deeper understanding of what drives these specific immune responses. First, we show that strain-specific neutralizing antibody responses can be increased by creating artificial holes in the glycan shield. Second, when studying a diverse set of Env trimers with different characteristics, we found that the surface area of the glycan holes contributes prominently to the induction of strain-specific neutralizing antibodies.
履歴
登録2021年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2022年1月26日-
現状2022年1月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rso
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rso
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.4492644 - 2.7076387
平均 (標準偏差)0.0014382759 (±0.065816134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.4492.7080.001

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添付データ

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ハーフマップ: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

ファイルemd_24676_half_map_1.map
注釈AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

ファイルemd_24676_half_map_2.map
注釈AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

全体名称: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
要素
  • 複合体: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab
    • タンパク質・ペプチド: AMC016 gp120
    • タンパク質・ペプチド: AMC016 gp41
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

超分子名称: AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: AMC016 gp120

分子名称: AMC016 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.890215 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AEEELWVTVY YGVPVWKEAT TTLFCASDAK AYDTEVRNVW ATHACVPTDP SPQEVVLANV TENFNMWKNN MVEQMHEDII SLWDQSLKP CVKLTPLCVT LNCTDLGNAT DAINRNTTDA PNSTLRTMEE KGEIKNCSFN ITTSVRDKMQ KEYATFYKLD I VPIDNDNN ...文字列:
AEEELWVTVY YGVPVWKEAT TTLFCASDAK AYDTEVRNVW ATHACVPTDP SPQEVVLANV TENFNMWKNN MVEQMHEDII SLWDQSLKP CVKLTPLCVT LNCTDLGNAT DAINRNTTDA PNSTLRTMEE KGEIKNCSFN ITTSVRDKMQ KEYATFYKLD I VPIDNDNN SYRLINCNTS VITQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCN NKTFNGTGPC TNVSTVQCTH GIRPVVSTQL LL NGSLAEE EIVIRSENFT DNAKTIIVQL NESVEINCTR PNNNTRKSIH IGPGRWFYTT GQIIGNIRQA HCNISRAKWN NTL HKIVKK LREQFRNKTI VFKQSSGGDP EIVMHSFNCG GEFFYCNSTQ LFNSTWYGNE SSDNPGVEGN ITLPCRIKQI INLW QEVGK AMYAPPIGGQ IRCSSNITGL LLTRDGGNNN ITTEIFRPGG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTKCK RRVVQ RRRR RR

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分子 #2: AMC016 gp41

分子名称: AMC016 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.311746 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGTIGAMFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARQLLSGIVQ QQSNLLRAPE AQQHLLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLKDQ QLLGIWGCS GKLICCTAVP WNASWSNKSL DNIWNNMTWM EWEKEISNYT NLIYNLIEES QNQQEKNEQE LLELD

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分子 #3: PGV04 Fab heavy chain

分子名称: PGV04 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.759861 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGSG VKKPGASVRV SCWTSEDIFE RTELIHWVRQ APGQGLEWIG WVKTVTGAVN FGSPDFRQRV SLTRDRDLFT AHMDIRGLT QGDTATYFCA RQKFYTGGQG WYFDLWGRGT LIVVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
QVQLVQSGSG VKKPGASVRV SCWTSEDIFE RTELIHWVRQ APGQGLEWIG WVKTVTGAVN FGSPDFRQRV SLTRDRDLFT AHMDIRGLT QGDTATYFCA RQKFYTGGQG WYFDLWGRGT LIVVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC D

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分子 #4: PGV04 kappa chain

分子名称: PGV04 kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.073822 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGETAS LSCTAASYGH MTWYQKKPGQ PPKLLIFATS KRASGIPDRF SGSQFGKQYT LTITRMEPED FARYYCQQL EFFGQGTRLE IRRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGETAS LSCTAASYGH MTWYQKKPGQ PPKLLIFATS KRASGIPDRF SGSQFGKQYT LTITRMEPED FARYYCQQL EFFGQGTRLE IRRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 45 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3801 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 77068
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7rso:
AMC016 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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