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- EMDB-24666: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Micr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24666
タイトルCryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules
マップデータCryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to taxol-stabilized microtubules
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules
    • 複合体: Taxol-stabilized microtubules
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: yeast kinesin-8/ Kip3
      • タンパク質・ペプチド: yeast kinesin-8/ Kip3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードkinesin-8 / microtubules / complex / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hernandez-Lopez RA / Leschziner AE
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Multimodal tubulin binding by the yeast kinesin-8, Kip3, underlies its motility and depolymerization
著者: Arellano-Santoyo H / Hernandez-Lopez RA / Stokasimov E / Wang RYR / Pellman D / Leschziner AE
履歴
登録2021年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to taxol-stabilized microtubules
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-9.617456000000001 - 12.935623
平均 (標準偏差)0.008799192 (±0.40784258)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Micr...

全体名称: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules
    • 複合体: Taxol-stabilized microtubules
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: yeast kinesin-8/ Kip3
      • タンパク質・ペプチド: yeast kinesin-8/ Kip3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Micr...

超分子名称: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Taxol-stabilized microtubules

超分子名称: Taxol-stabilized microtubules / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #3: yeast kinesin-8/ Kip3

超分子名称: yeast kinesin-8/ Kip3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Tubulin alpha-1A chain

分子名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 50.107238 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRGHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: yeast kinesin-8/ Kip3

分子名称: yeast kinesin-8/ Kip3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.900332 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVPETRQSS IVVAIRVRPF TSMEKTRLVI RKIVDCVDDR MLIFDPADRN SNATNKFSSQ RRRHGGEIKF VFDKLFDETS SQARVYKET TSPLLDSVLD GFNSTVFAYG ATGCGKTYTV SGTPSQPGII FLAMEELFNK ITDLKDEKDF EISLSYLEIY N ERIRDLLK ...文字列:
MNVPETRQSS IVVAIRVRPF TSMEKTRLVI RKIVDCVDDR MLIFDPADRN SNATNKFSSQ RRRHGGEIKF VFDKLFDETS SQARVYKET TSPLLDSVLD GFNSTVFAYG ATGCGKTYTV SGTPSQPGII FLAMEELFNK ITDLKDEKDF EISLSYLEIY N ERIRDLLK PETPSKRLVI REDTQNHIKV ANLSYHHPNT VEDVMDLVVQ GNINRTTSPT EANEVSSRSH AVLQIHIMQT NK LVDLTSQ HTFATLSIID LAGSERAAAT RNRGIRLHEG ANINRSLLAL GNCINALCLN DGSRSCHIPY RDSKLTRLLK FSL GGNCKT VMIVCISPSS SHYDETLNTL KYANRAKEI

+
分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 18 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 9 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

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分子 #8: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 9 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: cryoEM buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT supplemented with 2mM AMPPNP)
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Highly purified, glycerol-free tubulin (Cytoskeleton, Inc.) was resuspended in BRB80 buffer (80 mM PIPES-KOH, pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) to a concentration of 10 mg/mL. To prepare Taxol-stabilized microtubules, tubulin was polymerized with a stepwise addition of Taxol as follows: 20 uL of tubulin stock was thawed quickly and placed on ice. 10 uL of BRB80 supplemented with 3 mM GTP were added and the mixture was transferred to a 37 C water bath. After 15, 30, and 45 minutes, additions of 0.5, 0.5, and 1.0 uL of 2 mM Taxol were added by gentle swirling. The mixture was then incubated for an additional 1 h at 37C. Purified Kip3 438 protein was buffer exchanged to cryoEM buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT supplemented with 2 mM AMPPNP) and desalted using a ZEBA spin desalting column. The protein was recovered by centrifugation at 15,000 rcf for 2 min. A final spin at 30,000 x g in a TLA 100 rotor (Beckman) for 10 min at 4 C was carried out to remove big aggregates.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Images were recorded using a semi-automated acquisition program Serial EM with a defocus range from 1.5 to 3.5 um.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1194 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Final accumulated electron doses were 40 electrons/A2. Images were collected in super-resolution mode. The total exposure time was 4 seconds, fractionated into 20 subframes, each with an exposure time of 0.2 s.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.55 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.76 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C14 (14回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
詳細: Pseudo-helical symmetry was applied during the reconstruction step
使用した粒子像数: 14934
Segment selection選択した数: 67040 / ソフトウェア - 名称: Appion
詳細: Inspection, defocus estimation, microtubule picking, and stack creation were performed within the Appion processing environment (Lander et al., 2009). Images were selected for processing on ...詳細: Inspection, defocus estimation, microtubule picking, and stack creation were performed within the Appion processing environment (Lander et al., 2009). Images were selected for processing on the basis of high decoration, straight MTs, and the absence of crystalline ice.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3jat

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jat

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4frz

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Multiple rounds of refinement were carried out against one half map (training map), and the other half map (validation map) was used to monitor overfitting based on the procedure described in Wang et al. elife, 2016. It is to note that the molecular interactions of ligand-protein were restrained to the initial poses adapted from the high-resolution structures during structure refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 100
当てはまり具合の基準: Overall correlation of the residues to the map
得られたモデル

PDB-7rs5:
Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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