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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24649 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 222 | |||||||||
![]() | Local refinement of PDI 222 Fab variable domains in complex with SARS-CoV-2 RBD | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
![]() | Pymm P / Glukhova A / Black KA / Tham WH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Landscape of human antibody recognition of the SARS-CoV-2 receptor binding domain. 著者: Adam K Wheatley / Phillip Pymm / Robyn Esterbauer / Melanie H Dietrich / Wen Shi Lee / Damien Drew / Hannah G Kelly / Li-Jin Chan / Francesca L Mordant / Katrina A Black / Amy Adair / Hyon- ...著者: Adam K Wheatley / Phillip Pymm / Robyn Esterbauer / Melanie H Dietrich / Wen Shi Lee / Damien Drew / Hannah G Kelly / Li-Jin Chan / Francesca L Mordant / Katrina A Black / Amy Adair / Hyon-Xhi Tan / Jennifer A Juno / Kathleen M Wragg / Thakshila Amarasena / Ester Lopez / Kevin J Selva / Ebene R Haycroft / James P Cooney / Hariprasad Venugopal / Li Lynn Tan / Matthew T O Neill / Cody C Allison / Deborah Cromer / Miles P Davenport / Richard A Bowen / Amy W Chung / Marc Pellegrini / Mark T Liddament / Alisa Glukhova / Kanta Subbarao / Stephen J Kent / Wai-Hong Tham / ![]() ![]() 要旨: Potent neutralizing monoclonal antibodies are one of the few agents currently available to treat COVID-19. SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that carry multiple mutations in the viral spike ...Potent neutralizing monoclonal antibodies are one of the few agents currently available to treat COVID-19. SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that carry multiple mutations in the viral spike protein can exhibit neutralization resistance, potentially affecting the effectiveness of some antibody-based therapeutics. Here, the generation of a diverse panel of 91 human, neutralizing monoclonal antibodies provides an in-depth structural and phenotypic definition of receptor binding domain (RBD) antigenic sites on the viral spike. These RBD antibodies ameliorate SARS-CoV-2 infection in mice and hamster models in a dose-dependent manner and in proportion to in vitro, neutralizing potency. Assessing the effect of mutations in the spike protein on antibody recognition and neutralization highlights both potent single antibodies and stereotypic classes of antibodies that are unaffected by currently circulating VOCs, such as B.1.351 and P.1. These neutralizing monoclonal antibodies and others that bind analogous epitopes represent potentially useful future anti-SARS-CoV-2 therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 32.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 337.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 337.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rr0MC ![]() 7mzfC ![]() 7mzgC ![]() 7mzhC ![]() 7mziC ![]() 7mzjC ![]() 7mzkC ![]() 7mzlC ![]() 7mzmC ![]() 7mznC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Local refinement of PDI 222 Fab variable domains in complex with SARS-CoV-2 RBD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 receptor binding domain- Fab PDI 222 complex
全体 | 名称: SARS-CoV-2 receptor binding domain- Fab PDI 222 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 receptor binding domain- Fab PDI 222 complex
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 receptor binding domain- Fab PDI 222 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 47 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 receptor binding domain
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 receptor binding domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Fab PDI 222
超分子 | 名称: Fab PDI 222 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.772391 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN ...文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGP |
-分子 #2: PDI 222 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: PDI 222 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.401109 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFS SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNANY APRFQERVTI TRDMSTNTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP NCSRTLCYDG FNMWGQGTMV TV |
-分子 #3: PDI 222 Fab Light Chain
分子 | 名称: PDI 222 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.72991 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGS LSLSPGERAT LSCRASQSVR SSYLGWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSET DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYDSSPWTF GQGTKVEI |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |