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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus monocaudavirus SMV1, symmetry 3 | |||||||||
![]() | sym3 | |||||||||
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![]() | helical symmetry / archaeal virus / lemon-shaped virus / spindle-shaped virus / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | membrane / Hypothetical membrane protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
![]() | Wang F / Cvirkaite-Krupovic V | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Spindle-shaped archaeal viruses evolved from rod-shaped ancestors to package a larger genome. 著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Matthijn Vos / Leticia C Beltran / Mark A B Kreutzberger / Jean-Marie Winter / Zhangli Su / Jun Liu / Stefan Schouten / Mart Krupovic / Edward H Egelman / ![]() ![]() ![]() 要旨: Spindle- or lemon-shaped viruses infect archaea in diverse environments. Due to the highly pleomorphic nature of these virions, which can be found with cylindrical tails emanating from the spindle- ...Spindle- or lemon-shaped viruses infect archaea in diverse environments. Due to the highly pleomorphic nature of these virions, which can be found with cylindrical tails emanating from the spindle-shaped body, structural studies of these capsids have been challenging. We have determined the atomic structure of the capsid of Sulfolobus monocaudavirus 1, a virus that infects hosts living in nearly boiling acid. A highly hydrophobic protein, likely integrated into the host membrane before the virions assemble, forms 7 strands that slide past each other in both the tails and the spindle body. We observe the discrete steps that occur as the tail tubes expand, and these are due to highly conserved quasiequivalent interactions with neighboring subunits maintained despite significant diameter changes. Our results show how helical assemblies can vary their diameters, becoming nearly spherical to package a larger genome and suggest how all spindle-shaped viruses have evolved from archaeal rod-like viruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 94.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 92.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ro4MC ![]() 7ro2C ![]() 7ro3C ![]() 7ro5C ![]() 7ro6C ![]() 7robC ![]() 7rocC ![]() 7rodC ![]() 7roeC ![]() 7rogC ![]() 7rohC ![]() 7roiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sym3 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Sulfolobus monocaudavirus SMV1
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Sulfolobus monocaudavirus SMV1
超分子 | 名称: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1351702 / 生物種: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: major capsid protein
分子 | 名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.179297 KDa |
配列 | 文字列: MSVSVVVPSA KATGAGGKKA KTFKVIKVST PKVNNVHVPK IKKATRIHDP GAISGSLAKV TFGTNGFDIP TIAIALLIVG VIIGLSGLI LSIFATATAS AISNPSPGTL AYNLTHPLIN GMVSFFSFFP TLYVLLGVTG IVLIAAGIIS IIMEKFKT UniProtKB: Hypothetical membrane protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 0.7 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -155.5 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59521 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |