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- EMDB-24580: Human ASIC1a-Nb.C1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24580
タイトルHuman ASIC1a-Nb.C1 complex
マップデータASIC1a-Nb.C1 complex
試料
  • 複合体: Human ASIC1a in complex with Nb.C1
    • タンパク質・ペプチド: Nanobodies Nb.C1
    • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion-gated channel activity / sensory perception of sour taste / pH-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / response to acidic pH / sodium ion transport / protein homotrimerization ...monoatomic ion-gated channel activity / sensory perception of sour taste / pH-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / response to acidic pH / sodium ion transport / protein homotrimerization / associative learning / sodium ion transmembrane transport / behavioral fear response / response to amphetamine / regulation of membrane potential / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / memory / presynapse / Golgi apparatus / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Wu Y / Chen Z / Sigworth FJ / Canessa CM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R21 MH10107466402 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure and analysis of nanobody binding to the human ASIC1a ion channel.
著者: Yangyu Wu / Zhuyuan Chen / Fred J Sigworth / Cecilia M Canessa /
要旨: ASIC1a is a proton-gated sodium channel involved in modulation of pain, fear, addiction, and ischemia-induced neuronal injury. We report isolation and characterization of alpaca-derived nanobodies ...ASIC1a is a proton-gated sodium channel involved in modulation of pain, fear, addiction, and ischemia-induced neuronal injury. We report isolation and characterization of alpaca-derived nanobodies (Nbs) that specifically target human ASIC1a. Cryo-electron microscopy of the human ASIC1a channel at pH 7.4 in complex with one of these, Nb.C1, yielded a structure at 2.9 Å resolution. It is revealed that Nb.C1 binds to a site overlapping with that of the Texas coral snake toxin (MitTx1) and the black mamba venom Mambalgin-1; however, the Nb.C1-binding site does not overlap with that of the inhibitory tarantula toxin psalmotoxin-1 (PcTx1). Fusion of Nb.C1 with PcTx1 in a single polypeptide markedly enhances the potency of PcTx1, whereas competition of Nb.C1 and MitTx1 for binding reduces channel activation by the toxin. Thus, Nb.C1 is a molecular tool for biochemical and structural studies of hASIC1a; a potential antidote to the pain-inducing component of coral snake bite; and a candidate to potentiate PcTx1-mediated inhibition of hASIC1a in vivo for therapeutic applications.
履歴
登録2021年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rnn
  • 表面レベル: 0.00995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rnn
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ASIC1a-Nb.C1 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00995 / ムービー #1: 0.00995
最小 - 最大-0.0207817 - 0.048160475
平均 (標準偏差)0.00013074193 (±0.00136802)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ594743
NX/NY/NZ375263
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0210.0480.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human ASIC1a in complex with Nb.C1

全体名称: Human ASIC1a in complex with Nb.C1
要素
  • 複合体: Human ASIC1a in complex with Nb.C1
    • タンパク質・ペプチド: Nanobodies Nb.C1
    • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human ASIC1a in complex with Nb.C1

超分子名称: Human ASIC1a in complex with Nb.C1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nanobodies Nb.C1

分子名称: Nanobodies Nb.C1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 12.76221 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPRGSLRL SCAASGFTFS RAAMSWYRQA PGKEREMVST IGSFGVSTNY SDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LHMNSLKPE DTAVYYCNAR YRSSYPWGQG TQVTVSS

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分子 #2: Acid-sensing ion channel 1

分子名称: Acid-sensing ion channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.001309 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELKAEEEEV GGVQPVSIQA FASSSTLHGL AHIFSYERLS LKRALWALCF LGSLAVLLCV CTERVQYYFH YHHVTKLDEV AASQLTFPA VTFCNLNEFR FSQVSKNDLY HAGELLALLN NRYEIPDTQM ADEKQLEILQ DKANFRSFKP KPFNMREFYD R AGHDIRDM ...文字列:
MELKAEEEEV GGVQPVSIQA FASSSTLHGL AHIFSYERLS LKRALWALCF LGSLAVLLCV CTERVQYYFH YHHVTKLDEV AASQLTFPA VTFCNLNEFR FSQVSKNDLY HAGELLALLN NRYEIPDTQM ADEKQLEILQ DKANFRSFKP KPFNMREFYD R AGHDIRDM LLSCHFRGEV CSAEDFKVVF TRYGKCYTFN SGRDGRPRLK TMKGGTGNGL EIMLDIQQDE YLPVWGETDE TS FEAGIKV QIHSQDEPPF IDQLGFGVAP GFQTFVACQE QRLIYLPPPW GTCKAVTMDS DLDFFDSYSI TACRIDCETR YLV ENCNCR MVHMPGDAPY CTPEQYKECA DPALDFLVEK DQEYCVCEMP CNLTRYGKEL SMVKIPSKAS AKYLAKKYNK SEQY IGENI LVLDIFFEVL NYETIEQKKA YEIAGLLGDI GGQMGLFIGA SILTVLELFD YAYEVIKHKL CRRGKCQKEA KRSSA DKGV ALSLDDVKRH NPCEGLRGHP AGMTYAANIL PHHPARGTFE DFTC

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMCaCl2Calcium Chloride
0.5 mg/mLC24H46O11DDM

詳細: Solutions were filtered with 0.22um to avoid contamination.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 3s before plunging.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Preliminary grid screening was performed manually
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7318 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected images were high-pass filtered and normalized.
粒子像選択選択した数: 1287029 / 詳細: Template (emd_7009) based particle picking.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 84500
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 84500 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6vtl

chain_id: A

5ivo

chain_id: A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 200 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7rnn:
Human ASIC1a-Nb.C1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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