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万見
- EMDB-24536: MTBS-1 of KLP1 on C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24536
タイトルMTBS-1 of KLP1 on C2
マップデータ
試料
  • 複合体: C1 microtubule and its associated projection of central pair
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.44 Å
データ登録者Han L / Zhang K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of an active central apparatus.
著者: Long Han / Qinhui Rao / Renbin Yang / Yue Wang / Pengxin Chai / Yong Xiong / Kai Zhang /
要旨: Accurately regulated ciliary beating in time and space is critical for diverse cellular activities, which impact the survival and development of nearly all eukaryotic species. An essential beating ...Accurately regulated ciliary beating in time and space is critical for diverse cellular activities, which impact the survival and development of nearly all eukaryotic species. An essential beating regulator is the conserved central apparatus (CA) of motile cilia, composed of a pair of microtubules (C1 and C2) associated with hundreds of protein subunits per repeating unit. It is largely unclear how the CA plays its regulatory roles in ciliary motility. Here, we present high-resolution structures of Chlamydomonas reinhardtii CA by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and its dynamic conformational behavior at multiple scales. The structures show how functionally related projection proteins of CA are clustered onto a spring-shaped scaffold of armadillo-repeat proteins, facilitated by elongated rachis-like proteins. The two halves of the CA are brought together by elastic chain-like bridge proteins to achieve coordinated activities. We captured an array of kinesin-like protein (KLP1) in two different stepping states, which are actively correlated with beating wave propagation of cilia. These findings establish a structural framework for understanding the role of the CA in cilia.
履歴
登録2021年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2022年6月8日-
現状2022年6月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 1106.557 Å		4.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 1106.557 Å		4.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 1106.557 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32249 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.1868792 - 4.3239594
平均 (標準偏差)-0.041788295 (±0.20647533)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1106.5575 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C1 microtubule and its associated projection of central pair

全体名称: C1 microtubule and its associated projection of central pair
要素
  • 複合体: C1 microtubule and its associated projection of central pair

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超分子 #1: C1 microtubule and its associated projection of central pair

超分子名称: C1 microtubule and its associated projection of central pair
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#52
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 38.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 65000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0012 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40834
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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