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万見
- EMDB-24489: The C1b projection within the ciliary central apparatus from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24489
タイトルThe C1b projection within the ciliary central apparatus from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap413 mutant axonemes
マップデータfap413 mutant C1b projection
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The C1b projection within the the ciliary central apparatus from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonemes
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Cai K / Nicastro D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083122 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR140082 米国
引用ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2021
タイトル: Structural organization of the C1b projection within the ciliary central apparatus.
著者: Kai Cai / Yanhe Zhao / Lei Zhao / Nhan Phan / Yuqing Hou / Xi Cheng / George B Witman / Daniela Nicastro /
要旨: Motile cilia have a '9+2' structure containing nine doublet microtubules and a central apparatus (CA) composed of two singlet microtubules with associated projections. The CA plays crucial roles in ...Motile cilia have a '9+2' structure containing nine doublet microtubules and a central apparatus (CA) composed of two singlet microtubules with associated projections. The CA plays crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA assembly or function usually result in motility-impaired or paralyzed cilia, which in humans causes disease. Despite their importance, the protein composition and functions of most CA projections remain largely unknown. Here, we combined genetic, proteomic and cryo-electron tomographic approaches to compare the CA of wild-type Chlamydomonas reinhardtii with those of three CA mutants. Our results show that two proteins, FAP42 and FAP246, are localized to the L-shaped C1b projection of the CA, where they interact with the candidate CA protein FAP413. FAP42 is a large protein that forms the peripheral 'beam' of the C1b projection, and the FAP246-FAP413 subcomplex serves as the 'bracket' between the beam (FAP42) and the C1b 'pillar' that attaches the projection to the C1 microtubule. The FAP246-FAP413-FAP42 complex is essential for stable assembly of the C1b, C1f and C2b projections, and loss of these proteins leads to ciliary motility defects.
履歴
登録2021年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月3日-
マップ公開2021年11月3日-
更新2021年11月24日-
現状2021年11月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈fap413 mutant C1b projection
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.15 Å/pix.
x 92 pix.
= 289.892 Å		3.15 Å/pix.
x 86 pix.
= 270.986 Å		3.15 Å/pix.
x 88 pix.
= 277.288 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.151 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 123
最小 - 最大115.6481 - 135.80162
平均 (標準偏差)126.8058 (±2.0756114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-93-101-179
サイズ868892
Spacing888692
セルA: 277.288 Å / B: 270.986 Å / C: 289.892 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.1513.1513.151
M x/y/z888692
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z277.288270.986289.892
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-101-93-179
NC/NR/NS888692
D min/max/mean115.648135.802126.806

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The C1b projection within the the ciliary central apparatus from ...

全体名称: The C1b projection within the the ciliary central apparatus from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonemes
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The C1b projection within the the ciliary central apparatus from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonemes

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超分子 #1: The C1b projection within the the ciliary central apparatus from ...

超分子名称: The C1b projection within the the ciliary central apparatus from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonemes
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 1401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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