[日本語] English
万見
- EMDB-2448: Cryo-EM structure of T. thermophilus 30S Translation Initiation c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2448
タイトルCryo-EM structure of T. thermophilus 30S Translation Initiation complex
マップデータBacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2.
試料
  • 試料: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2.
  • 複合体: 30S
  • タンパク質・ペプチド: Translation Initiation Factor 1
  • タンパク質・ペプチド: Translation Initiation Factor 2
  • RNA: mRNA
  • RNA: fMet-tRNA
キーワードTranslation Initiation complex / 30S / IF2 / IF1 / fMet-tRNA / mRNA / IF2 atomic model
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / ribosome binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily ...Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-2 / Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Simonetti A / Marzi S / Billas IML / Tsai A / Fabbretti A / Myasnikov A / Roblin P / Vaiana AC / Hazemann I / Eiler D ...Simonetti A / Marzi S / Billas IML / Tsai A / Fabbretti A / Myasnikov A / Roblin P / Vaiana AC / Hazemann I / Eiler D / Steitz TA / Puglisi JD / Gualerzi GO / Klaholz BP
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Involvement of protein IF2 N domain in ribosomal subunit joining revealed from architecture and function of the full-length initiation factor.
著者: Angelita Simonetti / Stefano Marzi / Isabelle M L Billas / Albert Tsai / Attilio Fabbretti / Alexander G Myasnikov / Pierre Roblin / Andrea C Vaiana / Isabelle Hazemann / Daniel Eiler / ...著者: Angelita Simonetti / Stefano Marzi / Isabelle M L Billas / Albert Tsai / Attilio Fabbretti / Alexander G Myasnikov / Pierre Roblin / Andrea C Vaiana / Isabelle Hazemann / Daniel Eiler / Thomas A Steitz / Joseph D Puglisi / Claudio O Gualerzi / Bruno P Klaholz /
要旨: Translation initiation factor 2 (IF2) promotes 30S initiation complex (IC) formation and 50S subunit joining, which produces the 70S IC. The architecture of full-length IF2, determined by small angle ...Translation initiation factor 2 (IF2) promotes 30S initiation complex (IC) formation and 50S subunit joining, which produces the 70S IC. The architecture of full-length IF2, determined by small angle X-ray diffraction and cryo electron microscopy, reveals a more extended conformation of IF2 in solution and on the ribosome than in the crystal. The N-terminal domain is only partially visible in the 30S IC, but in the 70S IC, it stabilizes interactions between IF2 and the L7/L12 stalk of the 50S, and on its deletion, proper N-formyl-methionyl(fMet)-tRNA(fMet) positioning and efficient transpeptidation are affected. Accordingly, fast kinetics and single-molecule fluorescence data indicate that the N terminus promotes 70S IC formation by stabilizing the productive sampling of the 50S subunit during 30S IC joining. Together, our data highlight the dynamics of IF2-dependent ribosomal subunit joining and the role played by the N terminus of IF2 in this process.
履歴
登録2013年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月4日-
マップ公開2014年7月9日-
更新2014年7月9日-
現状2014年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j4j
  • 表面レベル: 0.169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j4j
  • 表面レベル: 0.169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j4j
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2448-30S...

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 33.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.169 / ムービー #1: 0.169
最小 - 最大-0.76591331 - 3.60590792
平均 (標準偏差)0.0375132 (±0.22922359)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-103-104-104
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 378.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.821.821.82
M x/y/z208208208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.560378.560378.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-104-103-104
NC/NR/NS208208208
D min/max/mean-0.7663.6060.038

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus...

全体名称: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2.
要素
  • 試料: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2.
  • 複合体: 30S
  • タンパク質・ペプチド: Translation Initiation Factor 1
  • タンパク質・ペプチド: Translation Initiation Factor 2
  • RNA: mRNA
  • RNA: fMet-tRNA

-
超分子 #1000: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus...

超分子名称: Bacterial 30S Translation Initiation complex from T. thermophilus containing 30S, IF1, IF2, mRNA and fMet-tRNA. The structure have been used for modeling full atom IF2.
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 5
分子量理論値: 900 KDa

-
超分子 #1: 30S

超分子名称: 30S / タイプ: complex / ID: 1
詳細: Thermus thermophilus 30S subunit purified from tight couple 70S ribosome
組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S, PSR16s
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量実験値: 850 KDa

-
分子 #1: Translation Initiation Factor 1

分子名称: Translation Initiation Factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IF1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 8.234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET
配列UniProtKB: Translation initiation factor IF-1

-
分子 #2: Translation Initiation Factor 2

分子名称: Translation Initiation Factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IF2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 63.178 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET
配列UniProtKB: Translation initiation factor IF-2

-
分子 #3: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 詳細: model mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
GGCAAGGAGG UAAAAAUGAA AAAAAAA

-
分子 #4: fMet-tRNA

分子名称: fMet-tRNA / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: fMet-tRNA charged with Met and formylated / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Hepes (pH 7.5), 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 8 mM MgAc2 and 1 mM DTT
グリッド詳細: QuantiFoil Grid 2/2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 78 K / 最高: 96 K / 平均: 88 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2011年10月9日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.82 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 150 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 82417 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Particle selection was done semiautomatically with the BOXER routine of the EMAN2 software package followed by visual inspection. Defocus value estimation and contrast transfer function (CTF) correction by phase flipping were done using the program CTFIT from the EMAN2. Sample homogeneity was tested through 3D resampling and classification (3D-SC) using the IMAGIC suite, and structure determination and refinement were done using the EMAN2 software package.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC / 使用した粒子像数: 13000

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j4j

ソフトウェア名称: DIREX
詳細flexible fitting, dynamic elastic network
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j4j:
Model of full-length T. thermophilus Translation Initiation Factor 2 refined against its cryo-EM density from a 30S Initiation Complex map

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る