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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24394 | |||||||||
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タイトル | Unsharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with Domains 1 and 2 of LDLRAD3 receptor | |||||||||
マップデータ | Unsharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with Domains 1 and 2 of LDLRAD3 receptor | |||||||||
試料 |
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キーワード | VEEV / viral envelope / host receptor / low-density lipoprotein receptor type-A module / LDLRAD3 / encephalitic alphavirus / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / membrane => GO:0016020 / amyloid-beta binding / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell ...regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / membrane => GO:0016020 / amyloid-beta binding / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Basore K / Nelson CA / Fremont DH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structure of Venezuelan equine encephalitis virus in complex with the LDLRAD3 receptor. 著者: Katherine Basore / Hongming Ma / Natasha M Kafai / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Michael S Diamond / Daved H Fremont / 要旨: LDLRAD3 is a recently defined attachment and entry receptor for Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a New World alphavirus that causes severe neurological disease in humans. Here we present ...LDLRAD3 is a recently defined attachment and entry receptor for Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a New World alphavirus that causes severe neurological disease in humans. Here we present near-atomic-resolution cryo-electron microscopy reconstructions of VEEV virus-like particles alone and in a complex with the ectodomains of LDLRAD3. Domain 1 of LDLRAD3 is a low-density lipoprotein receptor type-A module that binds to VEEV by wedging into a cleft created by two adjacent E2-E1 heterodimers in one trimeric spike, and engages domains A and B of E2 and the fusion loop in E1. Atomic modelling of this interface is supported by mutagenesis and anti-VEEV antibody binding competition assays. Notably, VEEV engages LDLRAD3 in a manner that is similar to the way that arthritogenic alphaviruses bind to the structurally unrelated MXRA8 receptor, but with a much smaller interface. These studies further elucidate the structural basis of alphavirus-receptor interactions, which could inform the development of therapies to mitigate infection and disease against multiple members of this family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24394.map.gz | 1.3 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24394-v30.xml emd-24394.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24394_fsc.xml | 26.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24394.png | 221.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24394 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24394_validation.pdf.gz | 696.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24394_full_validation.pdf.gz | 696.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24394_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24394_validation.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24394 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with Domains 1 and 2 of LDLRAD3 receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domains 1 and ...
全体 | 名称: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domains 1 and 2 of the LDLRAD3 receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domains 1 and ...
超分子 | 名称: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domains 1 and 2 of the LDLRAD3 receptor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #2: Venezuelan equine encephalitis VLP
超分子 | 名称: Venezuelan equine encephalitis VLP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Virus like particle produce in HEK293F cells by recombinant expression of structural proteins. |
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由来(天然) | 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) |
-超分子 #3: LDLRAD3 receptor domains 1 and 2
超分子 | 名称: LDLRAD3 receptor domains 1 and 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 詳細: Receptor fragment produced asserted Fc fusion in Expi293F cells and released by HRV 3C Cleavage. |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: E1 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E1 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) 株: TC-83 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST ...文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST AWTPFDRKIV QYAGEIYNYD FPEYGAGQPG AFGDIQSRTV SSSDLYANTN LVLQRPKAGA IHVPYTQAPS GF EQWKKDK APSLKFTAPF GCEIYTNPIR AENCAVGSIP LAFDIPDALF TRVSETPTLS AAECTLNECV YSSDFGGIAT VKY SASKSG KCAVHVPSGT ATLKEAAVEL TEQGSATIHF STANIHPEFR LQICTSYVTC KGDCHPPKDH IVTHPQYHAQ TFTA AVSKT AWTWLTSLLG GSAVIIIIGL VLATIVAMYV LTNQKHN |
-分子 #2: E2 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E2 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) 株: TC-83 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH ...文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH LPGSEVDSSL VSLSGSSVTV TPPDGTSALV ECECGGTKIS ETINKTKQFS QCTKKEQCRA YRLQNDKWVY NS DKLPKAA GATLKGKLHV PFLLADGKCT VPLAPEPMIT FGFRSVSLKL HPKNPTYLIT RQLADEPHYT HELISEPAVR NFT VTEKGW EFVWGNHPPK RFWAQETAPG NPHGLPHEVI THYYHRYPMS TILGLSICAA IATVSVAAST WLFCRSRVAC LTPY RLTPN ARIPFCLAVL CCARTARA |
-分子 #3: Capsid
分子 | 名称: Capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) 株: TC-83 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: KRQRMVMKLE SDKTFPIMLE GKINGYACVV GGKLFRPMHV EGKIDNDVLA ALKTKKASKY DLEYADVPQN MRADTFKYTH EKPQGYYSW HHGAVQYENG RFTVPKGVGA KGDSGRPILD NQGRVVAIVL GGVNEGSRTA LSVVMWNEKG VTVKYTPENC E QW |
-分子 #4: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
分子 | 名称: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QLLPGNNFTN ECNIPGNFMC SNGRCIPGAW QCDGLPDCFD KSDEKECPKA KSKCGPTFFP CASGIHCIIG RFRCNGFEDC PDGSDEENCT ANPLLL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |