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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24281 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 5 prime exon-free pre-2S intermediate of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct | ||||||||||||||||||
マップデータ | 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribozyme / Group I intron / catalytic RNA / RNA | ||||||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Thelot F / Liu D | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022 タイトル: Sub-3-Å cryo-EM structure of RNA enabled by engineered homomeric self-assembly. 著者: Di Liu / François A Thélot / Joseph A Piccirilli / Maofu Liao / Peng Yin / 要旨: High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural ...High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural determination of RNA-only structures using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This strategy-ROCK (RNA oligomerization-enabled cryo-EM via installing kissing loops)-involves installing kissing-loop sequences onto the functionally nonessential stems of RNAs for homomeric self-assembly into closed rings with multiplied molecular weights and mitigated structural flexibility. ROCK enables cryo-EM reconstruction of the Tetrahymena group I intron at 2.98-Å resolution overall (2.85 Å for the core), allowing de novo model building of the complete RNA, including the previously unknown peripheral domains. ROCK is further applied to two smaller RNAs-the Azoarcus group I intron and the FMN riboswitch, revealing the conformational change of the former and the bound ligand in the latter. ROCK holds promise to greatly facilitate the use of cryo-EM in RNA structural studies. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24281.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24281-v30.xml emd-24281.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24281.png | 106.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24281.cif.gz | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24281 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24281 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24281_validation.pdf.gz | 470.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24281_full_validation.pdf.gz | 469.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24281_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24281_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24281 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24281 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intr...
全体 | 名称: 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct |
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要素 |
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-超分子 #1: 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intr...
超分子 | 名称: 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / Synthetically produced: Yes |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Group I intron, 5 prime fragment
分子 | 名称: Group I intron, 5 prime fragment / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 121.342711 KDa |
配列 | 文字列: GGCCGGGUGG AGGGAAAAGU UAUCAGGCAU GCACCUGGUA GCUAGUCUUU AAACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGGC AAGACCGUC AAAUUGCGGG AAAGGGGUCA ACAGCCGUUC AGUACCAAGU CUCAGGGGAA ACUUUGAGAU GGCCUUGCAA A GGGUAUGG ...文字列: GGCCGGGUGG AGGGAAAAGU UAUCAGGCAU GCACCUGGUA GCUAGUCUUU AAACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGGC AAGACCGUC AAAUUGCGGG AAAGGGGUCA ACAGCCGUUC AGUACCAAGU CUCAGGGGAA ACUUUGAGAU GGCCUUGCAA A GGGUAUGG UAAUAAGCUG ACGGACAUGG UCCUAACCAC GCAGCCAAGU CCUAAGUCAA GGAUGGUUCU UGAUAUGGAU GC AGUUCAC AGACUAAAUG UCGGUCGGGG AAGAGAACCA UCCUCUUCUC AUAAGAUAUA GUCGGACCUC UCCUUAAUGG GAG CUAGCG GAUGAAGUGA UGCAACACUG GAGCCGCUGG GAACUAAUUU GUAUGCGAA GENBANK: GENBANK: V01416.1 |
-分子 #2: Group I intron, 3 prime fragment plus 3 prime exon
分子 | 名称: Group I intron, 3 prime fragment plus 3 prime exon / タイプ: other / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 11.803012 KDa |
配列 | 文字列: AGUAUAUUGA UUAGUUUUGG AGUACUC(DG)(DA)C CCGGCCA GENBANK: GENBANK: V01416.1 |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 20 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82575 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |