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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24257 | ||||||||||||
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タイトル | Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting novel and conserved epitopes-CovS with NB34 | ||||||||||||
マップデータ | CryoEM map of CovS with NB34 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Lama glama (ラマ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sun D / Zhang C / Shi Y | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021 タイトル: Potent neutralizing nanobodies resist convergent circulating variants of SARS-CoV-2 by targeting novel and conserved epitopes. 著者: Dapeng Sun / Zhe Sang / Yong Joon Kim / Yufei Xiang / Tomer Cohen / Anna K Belford / Alexis Huet / James F Conway / Ji Sun / Derek J Taylor / Dina Schneidman-Duhovny / Cheng Zhang / Wei Huang / Yi Shi / 要旨: There is an urgent need to develop effective interventions resistant to the evolving variants of SARS-CoV-2. Nanobodies (Nbs) are stable and cost-effective agents that can be delivered by novel ...There is an urgent need to develop effective interventions resistant to the evolving variants of SARS-CoV-2. Nanobodies (Nbs) are stable and cost-effective agents that can be delivered by novel aerosolization route to treat SARS-CoV-2 infections efficiently. However, it remains unknown if they possess broadly neutralizing activities against the prevalent circulating strains. We found that potent neutralizing Nbs are highly resistant to the convergent variants of concern that evade a large panel of neutralizing antibodies (Abs) and significantly reduce the activities of convalescent or vaccine-elicited sera. Subsequent determination of 9 high-resolution structures involving 6 potent neutralizing Nbs by cryoelectron microscopy reveals conserved and novel epitopes on virus spike inaccessible to Abs. Systematic structural comparison of neutralizing Abs and Nbs provides critical insights into how Nbs uniquely target the spike to achieve high-affinity and broadly neutralizing activity against the evolving virus. Our study will inform the rational design of novel pan-coronavirus vaccines and therapeutics. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24257.map.gz | 254.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24257-v30.xml emd-24257.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24257.png | 69.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24257 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24257_validation.pdf.gz | 578 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24257_full_validation.pdf.gz | 577.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24257_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24257_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24257 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of CovS with NB34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS Cov 2 Spike S with Nanobody Nb34
全体 | 名称: SARS Cov 2 Spike S with Nanobody Nb34 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS Cov 2 Spike S with Nanobody Nb34
超分子 | 名称: SARS Cov 2 Spike S with Nanobody Nb34 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: SARS Cov 2 Spike S
超分子 | 名称: SARS Cov 2 Spike S / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) 組換プラスミド: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 |
-超分子 #3: Nanobody Nb34
超分子 | 名称: Nanobody Nb34 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) |
-分子 #1: Nb34 nanobody
分子 | 名称: Nb34 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 16.951646 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASMTGGQQM GRDPNSDVQL VESGGGLVQA GGSLRLSCAA SGFTFSNYVM YWGRQAPGKG REWVSGIDSD GSDTAYASSV KGRFTISRD NAKNTLYLQM NNLKPEDTAL YYCVKSKDPY GSPWTRSEFD DYWGQGTQVT VSSKLAAALE HHHHHH |
-分子 #2: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Pre-fusion stabilized HexaPro construct, including six proline substitutions and furin cleavage site RRAR 682-685 mutated to GSAS コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 152.31275 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSSA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV VVLSHHFGKE LRPSQAEFG TATMFVFLVL LPLVSSQCVN LTTRTQLPPA YTNSFTRGVY YPDKVFRSSV LHSTQDLFLP FFSNVTWFHA I HVSGTNGT ...文字列: MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSSA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV VVLSHHFGKE LRPSQAEFG TATMFVFLVL LPLVSSQCVN LTTRTQLPPA YTNSFTRGVY YPDKVFRSSV LHSTQDLFLP FFSNVTWFHA I HVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQS LLIVNNATNV VIKVCEFQFC NDPFLGVYYH KN NKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN FKNLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPINLVRD LPQGFSALEP LVD LPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSGWTAGAAA YYVGYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTV EKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLN DLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDI STE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP LQSYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTG TG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQ L TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEHVNNS YECDIPIGAG ICASYQTQTN SPGSASSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSP IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD E MIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQI PFPMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTPSALG KL QDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATK MSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRN FYEPQ IITTDNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNE VAKN LNESLIDLQE LGKYEQGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGRSLE VLFQGPGHHH HHHHHSAWSH PQFEKG GGS GGGGSGGSAW SHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60614 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |