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万見
- EMDB-24238: Melbournevirus nucleosome like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24238
タイトルMelbournevirus nucleosome like particle
マップデータMelbournevirus nucleosome like particle
試料
  • 複合体: Melbournevirus nucleosome like particle
    • 複合体: Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doublet
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4-H3 doublet
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B-H2A doublet
    • 複合体: DNA 147-mer
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)
キーワードnucleosome / Virus / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / virion component / structural constituent of chromatin / nucleosome / host cell cytoplasm / protein heterodimerization activity / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Histone H2A / Histone 2A / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone doublet H2B-H2A / Histone doublet H4-H3
類似検索 - 構成要素
生物種Melbournevirus (ウイルス) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Liu Y / Toner CM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Virus-encoded histone doublets are essential and form nucleosome-like structures.
著者: Yang Liu / Hugo Bisio / Chelsea Marie Toner / Sandra Jeudy / Nadege Philippe / Keda Zhou / Samuel Bowerman / Alison White / Garrett Edwards / Chantal Abergel / Karolin Luger /
要旨: The organization of genomic DNA into defined nucleosomes has long been viewed as a hallmark of eukaryotes. This paradigm has been challenged by the identification of "minimalist" histones in archaea ...The organization of genomic DNA into defined nucleosomes has long been viewed as a hallmark of eukaryotes. This paradigm has been challenged by the identification of "minimalist" histones in archaea and more recently by the discovery of genes that encode fused remote homologs of the four eukaryotic histones in Marseilleviridae, a subfamily of giant viruses that infect amoebae. We demonstrate that viral doublet histones are essential for viral infectivity, localize to cytoplasmic viral factories after virus infection, and ultimately are found in the mature virions. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of viral nucleosome-like particles show strong similarities to eukaryotic nucleosomes despite the limited sequence identify. The unique connectors that link the histone chains contribute to the observed instability of viral nucleosomes, and some histone tails assume structural roles. Our results further expand the range of "organisms" that require nucleosomes and suggest a specialized function of histones in the biology of these unusual viruses.
履歴
登録2021年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月4日-
マップ公開2021年8月4日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n8n
  • 表面レベル: 0.116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24238.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Melbournevirus nucleosome like particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.64 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.64 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.116 / ムービー #1: 0.116
最小 - 最大-0.20754234 - 0.53330886
平均 (標準偏差)0.0019537504 (±0.017602345)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.640272.640272.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2080.5330.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24238_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Melbournevirus nucleosome like particle

全体名称: Melbournevirus nucleosome like particle
要素
  • 複合体: Melbournevirus nucleosome like particle
    • 複合体: Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doublet
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4-H3 doublet
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B-H2A doublet
    • 複合体: DNA 147-mer
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)

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超分子 #1: Melbournevirus nucleosome like particle

超分子名称: Melbournevirus nucleosome like particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 218 KDa

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超分子 #2: Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doublet

超分子名称: Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doublet / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Melbournevirus (ウイルス)

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超分子 #3: DNA 147-mer

超分子名称: DNA 147-mer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Histone H4-H3 doublet

分子名称: Histone H4-H3 doublet / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Melbournevirus (ウイルス)
分子量理論値: 26.73718 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSS KAGKKVKAQQ HGHLADHVSV GETQIPKAST QHLLRKAGSL SAAGDTEVPI RGFVHMKLH KLVQKSLLAM QLAKRKTIMK SDVKKAAELM HLPVFAIPTK DSGAKGSVFL SCRQKGAGSA GTGSETNSQE V RSQMKSTC ...文字列:
MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSS KAGKKVKAQQ HGHLADHVSV GETQIPKAST QHLLRKAGSL SAAGDTEVPI RGFVHMKLH KLVQKSLLAM QLAKRKTIMK SDVKKAAELM HLPVFAIPTK DSGAKGSVFL SCRQKGAGSA GTGSETNSQE V RSQMKSTC LIIPKERFRT MAKEISKKEG HDVHIAEAAL DMLQVIVESC TVRLLEKALV ITYSGKRTRV TSKDIETAFM LE HGPL

UniProtKB: Histone doublet H4-H3

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分子 #2: Histone H2B-H2A doublet

分子名称: Histone H2B-H2A doublet / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Melbournevirus (ウイルス)
分子量理論値: 32.05816 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSA TQKETTRKRD KSVNFRLGLR NMLAQIHPDI SVQTEALSEL SNIAVFLGKK ISHGAVTLL PEGTKTIKSS AVLLAAGDLY GKDLGRHAVG EMTKAVTRYG SAKESKEGSR SSKAKLQISV ARSERLLREH G GCSRVSEG ...文字列:
MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSA TQKETTRKRD KSVNFRLGLR NMLAQIHPDI SVQTEALSEL SNIAVFLGKK ISHGAVTLL PEGTKTIKSS AVLLAAGDLY GKDLGRHAVG EMTKAVTRYG SAKESKEGSR SSKAKLQISV ARSERLLREH G GCSRVSEG AAVALAAAIE YFMGEVLELA GNAARDSKKV RISVKHITLA IQNDAALFAV VGKGVFSGAG VSLISVPIPR KK ARKTTEK EASSPKKKAA PKKKKAASKQ KKSLSDKELA KLTKKELAKY EKEQGMSPGY

UniProtKB: Histone doublet H2B-H2A

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分子 #3: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 45.153781 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)

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分子 #4: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 45.594043 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34418
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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