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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24148 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongation complex | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongation complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | elongation / pausing / sigma 70 / transcription complex / DNA scrunching / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Molodtsov V / Su M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural and mechanistic basis of σ-dependent transcriptional pausing. 著者: Chirangini Pukhrambam / Vadim Molodtsov / Mahdi Kooshkbaghi / Ammar Tareen / Hoa Vu / Kyle S Skalenko / Min Su / Zhou Yin / Jared T Winkelman / Justin B Kinney / Richard H Ebright / Bryce E Nickels / 要旨: In σ-dependent transcriptional pausing, the transcription initiation factor σ, translocating with RNA polymerase (RNAP), makes sequence-specific protein–DNA interactions with a promoter-like ...In σ-dependent transcriptional pausing, the transcription initiation factor σ, translocating with RNA polymerase (RNAP), makes sequence-specific protein–DNA interactions with a promoter-like sequence element in the transcribed region, inducing pausing. It has been proposed that, in σ-dependent pausing, the RNAP active center can access off-pathway “backtracked” states that are substrates for the transcript-cleavage factors of the Gre family and on-pathway “scrunched” states that mediate pause escape. Here, using site-specific protein–DNA photocrosslinking to define positions of the RNAP trailing and leading edges and of σ relative to DNA at the λPR′ promoter, we show directly that σ-dependent pausing in the absence of GreB in vitro predominantly involves a state backtracked by 2–4 bp, and σ-dependent pausing in the presence of GreB in vitro and in vivo predominantly involves a state scrunched by 2–3 bp. Analogous experiments with a library of 47 (∼16,000) transcribed-region sequences show that the state scrunched by 2–3 bp—and only that state—is associated with the consensus sequence, T−3N−2Y−1G+1, (where −1 corresponds to the position of the RNA 3′ end), which is identical to the consensus for pausing in initial transcription and which is related to the consensus for pausing in transcription elongation. Experiments with heteroduplex templates show that sequence information at position T−3 resides in the DNA nontemplate strand. A cryoelectron microscopy structure of a complex engaged in σ-dependent pausing reveals positions of DNA scrunching on the DNA nontemplate and template strands and suggests that position T−3 of the consensus sequence exerts its effects by facilitating scrunching. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24148.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24148-v30.xml emd-24148.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24148.png | 43.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24148.cif.gz | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24148 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24148_validation.pdf.gz | 542.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24148_full_validation.pdf.gz | 542.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24148_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24148_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24148 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7n4eMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongation complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongati...
+超分子 #1: Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongati...
+分子 #1: DNA (61-MER)
+分子 #2: DNA (61-MER)
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #7: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #8: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3'
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 543980 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |