EMDB-24099: Map of commercially purchased Apoferritin after 2 freeze-thaw cycles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-24099

タイトル

Map of commercially purchased Apoferritin after 2 freeze-thaw cycles

マップデータ

試料

複合体: Apoferritin

生物種

Equus ferus (プシバルスキーウマ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Parvate AD / Moser TJ / Evans JE

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of commercially purchased Apoferritin after 2 freeze thaw cycles
著者: Parvate AD / Moser TJ / Evans JE

履歴

登録	2021年5月24日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年1月18日	-
マップ公開	2023年1月18日	-
更新	2023年1月18日	-
現状	2023年1月18日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_24099.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_24099.map.gz	229.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-24099-v30.xml emd-24099.xml	11 KB 11 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_24099.png	73.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24099	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_24099_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_24099_full_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示
XML形式データ	emd_24099_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	emd_24099_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24099	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	24145

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_24099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.34 Å/pix. x 400 pix. = 135.92 Å	0.34 Å/pix. x 400 pix. = 135.92 Å	0.34 Å/pix. x 400 pix. = 135.92 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.3398 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-1.176161 - 2.3693922
平均 (標準偏差)	-0.00030434242 (±0.08017933)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : Apoferritin

全体	名称: Apoferritin
要素	複合体: Apoferritin

-
超分子 #1: Apoferritin

超分子	名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Commercially purchased fully assembled protein complex
由来(天然)	生物種: Equus ferus (プシバルスキーウマ)
分子量	理論値: 444 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	10 mg/mL
緩衝液	pH: 7 詳細: Solutions made fresh and filtered with 0.22 micron filter for sterility.
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 2 s blot.
詳細	Sample was monodisperse and suspended in TBS. Sample underwent 2 rounds of freeze thaw prior to plunge freezing

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	位相板: OTHER / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1944 / 平均露光時間: 1.56 sec. / 平均電子線量: 50.13 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: -1.3 µm / 最小デフォーカス（公称値）: -0.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細	Images collected in super resolution
粒子像選択	選択した数: 722538
最終再構成	使用したクラス数: 20 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 539507
初期角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類	クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 200 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 300)

-
原子モデル構築 1

精密化	プロトコル: AB INITIO MODEL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Apoferritin

-
超分子 #1: Apoferritin

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

-
原子モデル構築 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-試料の構成要素

-全体 : Apoferritin

-超分子 #1: Apoferritin

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

-原子モデル構築 1

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Apoferritin

-
超分子 #1: Apoferritin

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

-
原子モデル構築 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)