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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23997 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian Transport Protein Particle Complex (TRAPP) III | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 constitutive secretory pathway / regulation of kinetochore assembly / positive regulation of protein localization to kinetochore / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / metaphase chromosome alignment / autophagy of peroxisome / regulation of protein complex stability / protein localization to phagophore assembly site / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...constitutive secretory pathway / regulation of kinetochore assembly / positive regulation of protein localization to kinetochore / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / metaphase chromosome alignment / autophagy of peroxisome / regulation of protein complex stability / protein localization to phagophore assembly site / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / phagophore assembly site / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / kinetochore / cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Harris NJ / Dalwadi U / Yip CK / Burke JE / Jenkins ML | |||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 4件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Biochemical Insight into Novel Rab-GEF Activity of the Mammalian TRAPPIII Complex. 著者: Noah J Harris / Meredith L Jenkins / Udit Dalwadi / Kaelin D Fleming / Sung-Eun Nam / Matthew A H Parson / Calvin K Yip / John E Burke / 要旨: Transport Protein Particle complexes (TRAPP) are evolutionarily conserved regulators of membrane trafficking, with this mediated by their guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity towards Rab ...Transport Protein Particle complexes (TRAPP) are evolutionarily conserved regulators of membrane trafficking, with this mediated by their guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity towards Rab GTPases. In metazoans evidence suggests that two different TRAPP complexes exist, TRAPPII and TRAPPIII. These two complexes share a common core of subunits, with complex specific subunits (TRAPPC9 and TRAPPC10 in TRAPPII and TRAPPC8, TRAPPC11, TRAPPC12, TRAPPC13 in TRAPPIII). TRAPPII and TRAPPIII have distinct specificity for GEF activity towards Rabs, with TRAPPIII acting on Rab1, and TRAPPII acting on Rab1 and Rab11. The molecular basis for how these complex specific subunits alter GEF activity towards Rab GTPases is unknown. Here we have used a combination of biochemical assays, hydrogen deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) and electron microscopy to examine the regulation of TRAPPII and TRAPPIIII complexes in solution and on membranes. GEF assays revealed that TRAPPIII has GEF activity against Rab1 and Rab43, with no detectable activity against the other 18 Rabs tested. The TRAPPIII complex had significant differences in protein dynamics at the Rab binding site compared to TRAPPII, potentially indicating an important role of accessory subunits in altering the active site of TRAPP complexes. Both the TRAPPII and TRAPPIII complexes had enhanced GEF activity on lipid membranes, with HDX-MS revealing numerous conformational changes that accompany membrane association. HDX-MS also identified a membrane binding site in TRAPPC8. Collectively, our results provide insight into the functions of TRAPP complexes and how they can achieve Rab specificity. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23997.map.gz | 50.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23997-v30.xml emd-23997.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23997_fsc.xml | 4.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23997.png | 68.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23997 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23997 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23997_validation.pdf.gz | 324.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23997_full_validation.pdf.gz | 324.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23997_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23997_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23997 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23997 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)
全体 | 名称: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III) |
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要素 |
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-超分子 #1: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)
超分子 | 名称: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Mammalian TRAPP III purified from Sf9 insect cells |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed | ||||||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate 詳細: Negative stained EM samples prepared by adsorbing sample on grid for 15s, followed by blotting of sample, 2 washes with water, 1 wash with stain and a final 30s soak in stain. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa 詳細: Glow discharged using a Pelco EasiGlow. 15mA current. | ||||||||||||
詳細 | TRAPP III Complex was purified to homogeneity using affinity chromatography followed by size exclusion chromatography. Samples were kept at 4 degrees and shipped on wet ice for single particle EM analysis. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS L120C |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.27 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2 詳細: Images were manually collected every 200nm on a grid square after a 30s delay for stage stabilization. Focus was calibrated every 10 images using thin rings in the power spectra. |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company |