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- EMDB-23818: Cryo-EM 3D map of the S. cerevisiae origin recognition complex bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23818
タイトルCryo-EM 3D map of the S. cerevisiae origin recognition complex bound to Cdc6 and ARS1 origin DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 6
    • DNA: ARS1 DNA(85-mer)
    • DNA: ARS1 DNA(85-mer)
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex ...CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / nucleosome binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / chromosome / chromosome, telomeric region / cell division / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, fungi / Cell division protein Cdc6/18 / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / AAA domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 ...Origin recognition complex, subunit 6, fungi / Cell division protein Cdc6/18 / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / AAA domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 6 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 6 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Feng X / Li H
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM45436 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S001387.1 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N000323/1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The structure of ORC-Cdc6 on an origin DNA reveals the mechanism of ORC activation by the replication initiator Cdc6.
著者: Xiang Feng / Yasunori Noguchi / Marta Barbon / Bruce Stillman / Christian Speck / Huilin Li /
要旨: The Origin Recognition Complex (ORC) binds to sites in chromosomes to specify the location of origins of DNA replication. The S. cerevisiae ORC binds to specific DNA sequences throughout the cell ...The Origin Recognition Complex (ORC) binds to sites in chromosomes to specify the location of origins of DNA replication. The S. cerevisiae ORC binds to specific DNA sequences throughout the cell cycle but becomes active only when it binds to the replication initiator Cdc6. It has been unclear at the molecular level how Cdc6 activates ORC, converting it to an active recruiter of the Mcm2-7 hexamer, the core of the replicative helicase. Here we report the cryo-EM structure at 3.3 Å resolution of the yeast ORC-Cdc6 bound to an 85-bp ARS1 origin DNA. The structure reveals that Cdc6 contributes to origin DNA recognition via its winged helix domain (WHD) and its initiator-specific motif. Cdc6 binding rearranges a short α-helix in the Orc1 AAA+ domain and the Orc2 WHD, leading to the activation of the Cdc6 ATPase and the formation of the three sites for the recruitment of Mcm2-7, none of which are present in ORC alone. The results illuminate the molecular mechanism of a critical biochemical step in the licensing of eukaryotic replication origins.
履歴
登録2021年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2021年8月4日-
現状2021年8月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mca
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.0791229 - 0.1127703
平均 (標準偏差)0.00031491992 (±0.003283984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 231.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8280.8280.828
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.840231.840231.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0790.1130.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_23818_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_23818_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA

全体名称: Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA
要素
  • 複合体: Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 6
    • DNA: ARS1 DNA(85-mer)
    • DNA: ARS1 DNA(85-mer)

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超分子 #1: Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA

超分子名称: Complex of origin replication complex with Cdc6 and ARS1 origin DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換細胞: Hi-5 cell / 組換プラスミド: pAcUW51
分子量理論値: 470 KDa

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分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVY MIQELRLNTL NNVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY N KLFSETAN KNELYLTAEL AELQLFNFIR VANVMDGSKW EVLKGNVDPE ...文字列:
MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVY MIQELRLNTL NNVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY N KLFSETAN KNELYLTAEL AELQLFNFIR VANVMDGSKW EVLKGNVDPE RDFTVRYICE PT GEKFVDI NIEDVKAYIK KVEPREAQEY LKDLTLPSKK KEIKRGPQKK DKATQTAQIS DAE TRATDI TDNEDGNEDE SSDYESPSDI DVSEDMDSGE ISADELEEEE DEEEDEDEEE KEAR HTNSP RKRGRKIKLG KDDIDASVQP PPKKRGRKPK DPSKPRQMLL ISSCRANNTP VIRKF TKKN VARAKKKYTP FSKRFKSIAA IPDLTSLPEF YGNSSELMAS RFENKLKTTQ KHQIVE TIF SKVKKQLNSS YVKEEILKSA NFQDYLPARE NEFASIYLSA YSAIESDSAT TIYVAGT PG VGKTLTVREV VKELLSSSAQ REIPDFLYVE INGLKMVKPT DCYETLWNKV SGERLTWA A SMESLEFYFK RVPKNKKKTI VVLLDELDAM VTKSQDIMYN FFNWTTYENA KLIVIAVAN TMDLPERQLG NKITSRIGFT RIMFTGYTHE ELKNIIDLRL KGLNDSFFYV DTKTGNAILI DAAGNDTTV KQTLPEDVRK VRLRMSADAI EIASRKVASV SGDARRALKV CKRAAEIAEK H YMAKHGYG YDGKTVIEDE NEEQIYDDED KDLIESNKAK DDNDDDDDND GVQTVHITHV MK ALNETLN SHVITFMTRL SFTAKLFIYA LLNLMKKNGS QEQELGDIVD EIKLLIEVNG SNK FVMEIA KTLFQQGSDN ISEQLRIISW DFVLNQLLDA GILFKQTMKN DRICCVKLNI SVEE AKRAM NEDETLRNL

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分子 #2: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPK TPSKAPRKRG RPRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE S KTSNNKQV MEKTGIKEKR EREKIQVATT TYEDNVTPQT DDNFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPK TPSKAPRKRG RPRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE S KTSNNKQV MEKTGIKEKR EREKIQVATT TYEDNVTPQT DDNFVSNSPE PPEPATPSKK SL TTNHDFT SPLKQIIMNN LKEYKDSTSP GKLTLSRNFT PTPVPKNKKL YQTSETKSAS SFL DTFEGY FDQRKIVRTN AKSRHTMSMA PDVTREEFSL VSNFFNENFQ KRPRQKLFEI QKKM FPQYW FELTQGFSLL FYGVGSKRNF LEEFAIDYLS PKIAYSQLAY ENELQQNKPV NSIPC LILN GYNPSCNYRD VFKEITDLLV PAELTRSETK YWGNHVILQI QKMIDFYKNQ PLDIKL ILV VHNLDGPSIR KNTFQTMLSF LSVIRQIAIV ASTDHIYAPL LWDNMKAQNY NFVFHDI SN FEPSTVESTF QDVMKMGKSD TSSGAEGAKY VLQSLTVNSK KMYKLLIETQ MQNMGNLS A NTGPKRGTQR TGVELKLFNH LCAADFIASN EIALRSMLRE FIEHKMANIT KNNSGMEII WVPYTYAELE KLLKTVLNTL

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分子 #3: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFH DQVDHIIDNI EADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK D ESSRYNVL IELTPKESPN VRMMLRRSMY KLYSAADAEE HPTIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFH DQVDHIIDNI EADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK D ESSRYNVL IELTPKESPN VRMMLRRSMY KLYSAADAEE HPTIKYEDIN DEDGDFTEQN ND VSYDLSL VENFKRLFGK DLAMVFNFKD VDSINFNTLD NFIILLKSAF KYDHVKISLI FNI NTNLSN IEKNLRQSTI RLLKRNYHKL DVSSNKGFKY GNQIFQSFLD TVDGKLNLSD RFVE FILSK MANNTNHNLQ LLTKMLDYSL MSYFFQNAFS VFIDPVNVDF LNDDYLKILS RCPTF MFFV EGLIKQHAPA DEILSLLTNK NRGLEEFFVE FLVRENPING HAKFVARFLE EELNIT NFN LIELYHNLLI GKLDSYLDRW SACKEYKDRL HFEPIDTIFQ ELFTLDNRSG LLTQSIF PS YKSNIEDNLL SWEQVLPSLD KENYDTLSGD LDKIMAPVLG QLFKLYREAN MTINIYDF Y IAFRETLPKE EILNFIRKDP SNTKLLELAE TPDAFDKVAL ILFMQAIFAF ENMGLIKFQ STKSYDLVEK CVWRGI

+
分子 #4: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEK IIFTYLQDCQ QEIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL Q QSYKEQFI TIRLNGFIHS EQTAINGIAT QLEQQLQKIH GSEEKIDDTS ...文字列:
MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEK IIFTYLQDCQ QEIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL Q QSYKEQFI TIRLNGFIHS EQTAINGIAT QLEQQLQKIH GSEEKIDDTS LETISSGSLT EV FEKILLL LDSTTKTRNE DSGEVDRESI TKITVVFIFD EIDTFAGPVR QTLLYNLFDM VEH SRVPVC IFGCTTKLNI LEYLEKRVKS RFSQRVIYMP QIQNLDDMVD AVRNLLTVRS EISP WVSQW NETLEKELSD PRSNLNRHIR MNFETFRSLP TLKNSIIPLV ATSKNFGSLC TAIKS CSFL DIYNKNQLSN NLTGRLQSLS DLELAILISA ARVALRAKDG SFNFNLAYAE YEKMIK AIN SRIPTVAPTT NVGTGQSTFS IDNTIKLWLK KDVKNVWENL VQLDFFTEKS AVGLRDN AT AAFYASNYQF QGTMIPFDLR SYQMQIILQE LRRIIPKSNM YYSWTQL

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分子 #5: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVS WKPLLQAIAR TVQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY E SLQEKTCL FLILDGFDSL QDLDAALFNK YIKLNELLPK DSKINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVS WKPLLQAIAR TVQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY E SLQEKTCL FLILDGFDSL QDLDAALFNK YIKLNELLPK DSKINIKFIY TMLETSFLQR YS THCIPTV MFPRYNVDEV STILVMSRCG ELMEDSCLRK RIIEEQITDC TDDQFQNVAA NFI HLIVQA FHSYTGNDIF ALNDLIDFKW PKYVSRITKE NIFEPLALYK SAIKLFLSTD DNLS ENGQG ESAITTNRDD LENSQTYDLS IISKYLLIAS YICSYLEPRY DASIFSRKTR IIQGR AAYG RRKKKEVNPR YLQPSLFAIE RLLAIFQAIF PIQGKAESGS LSALREESLM KANIEV FQN LSELHTLKLI ATTMNKNIDY LSPKVRWKVN VPWEIIKEIS ESVHFNISDY FSDIHE

+
分子 #6: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKM NEKHMPDLCY YIDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK N KRSPVKNG GRFTSSDPKE LRNQLFGTPT KVRKSQNNDS FVIPELPPMQ ...文字列:
MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKM NEKHMPDLCY YIDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK N KRSPVKNG GRFTSSDPKE LRNQLFGTPT KVRKSQNNDS FVIPELPPMQ TNESPSITRR KL AFEEDED EDEEEPGNDG LSLKSHSNKS ITGTRNVDSD EYENHESDPT SEEEPLGVQE SRS GRTKQN KAVGKPQSEL KTAKALRKRG RIPNSLLVKK YCKMTTEEII RLCNDFELPR EVAY KIVDE YNINASRLVC PWQLVCGLVL NCTFIVFNER RRKDPRIDHF IVSKMCSLML TSKVD DVIE CVKLVKELII GEKWFRDLQI RYDDFDGIRY DEIIFRKLGS MLQTTNILVT DDQYNI WKK RIEMDLALTE PL

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分子 #7: Cell division control protein 6

分子名称: Cell division control protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSAIPITPTK RIRRNLFDDA PATPPRPLKR KKLQFTDVTP ESSPEKLQFG SQSIFLRTKA LLQKSSELV NLNSSDGALP ARTAEYEQVM NFLAKAISEH RSDSLYITGP PGTGKTAQLD M IIRQKFQS LPLSLSTPRS KDVLRHTNPN LQNLSWFELP DGRLESVAVT ...文字列:
MSAIPITPTK RIRRNLFDDA PATPPRPLKR KKLQFTDVTP ESSPEKLQFG SQSIFLRTKA LLQKSSELV NLNSSDGALP ARTAEYEQVM NFLAKAISEH RSDSLYITGP PGTGKTAQLD M IIRQKFQS LPLSLSTPRS KDVLRHTNPN LQNLSWFELP DGRLESVAVT SINCISLGEP SS IFQKIFD SFQDLNGPTL QIKNMQHLQK FLEPYHKKTT FVVVLDEMDR LLHANTSETQ SVR TILELF LLAKLPTVSF VLIGMANSLD MKDRFLSRLN LDRGLLPQTI VFQPYTAEQM YEIV IQKMS SLPTIIFQPM AIKFAAKKCA GNTGDLRKLF DVLRGSIEIY ELEKRFLLSP TRGSL NSAQ VPLTPTTSPV KKSYPEPQGK IGLNYIAKVF SKFVNNNSTR TRIAKLNIQQ KLILCT IIQ SLKLNSDATI DESFDHYIKA ITKTDTLAPL QRNEFLEICT ILETCGLVSI KKTKCKG KT KRFVDKIDVD LDMREFYDEM TKISILKPFL H

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分子 #8: ARS1 DNA(85-mer)

分子名称: ARS1 DNA(85-mer) / タイプ: dna / ID: 8 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: (DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)

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分子 #9: ARS1 DNA(85-mer)

分子名称: ARS1 DNA(85-mer) / タイプ: dna / ID: 9 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DA)(DT) (DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES
100.0 mMCH3CO2Kpotassium acetate
5.0 mMC4H6MgO4magnesium acetate
5.0 mMATP-gamma-S
2.0 mMDTT
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 76.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 177397
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.10)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryosparc ab initio reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 264117
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5v8f

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 118.5 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7mca:
Structure of the S. cerevisiae origin recognition complex bound to the replication initiator Cdc6 and the ARS1 origin DNA.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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