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- EMDB-23751: Outward facing conformation of the MetNI methionine ABC transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23751
タイトルOutward facing conformation of the MetNI methionine ABC transporter in complex with lipo-MetQ
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ATP-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, permease protein
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-methionine transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site ...: / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein / ABC transporter, ATP-binding protein / ABC transporter, permease protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) / Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Sharaf NG / Rees DC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Characterization of the ABC methionine transporter from reveals that lipidated MetQ is required for interaction.
著者: Naima G Sharaf / Mona Shahgholi / Esther Kim / Jeffrey Y Lai / David G VanderVelde / Allen T Lee / Douglas C Rees /
要旨: NmMetQ is a substrate-binding protein (SBP) from that has been identified as a surface-exposed candidate antigen for meningococcal vaccines. However, this location for NmMetQ challenges the ...NmMetQ is a substrate-binding protein (SBP) from that has been identified as a surface-exposed candidate antigen for meningococcal vaccines. However, this location for NmMetQ challenges the prevailing view that SBPs in Gram-negative bacteria are localized to the periplasmic space to promote interaction with their cognate ABC transporter embedded in the bacterial inner membrane. To elucidate the roles of NmMetQ, we characterized NmMetQ with and without its cognate ABC transporter (NmMetNI). Here, we show that NmMetQ is a lipoprotein (lipo-NmMetQ) that binds multiple methionine analogs and stimulates the ATPase activity of NmMetNI. Using single-particle electron cryo-microscopy, we determined the structures of NmMetNI in the presence and absence of lipo-NmMetQ. Based on our data, we propose that NmMetQ tethers to membranes via a lipid anchor and has dual function and localization, playing a role in NmMetNI-mediated transport at the inner membrane and moonlighting on the bacterial surface.
履歴
登録2021年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mbz
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23751.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23751.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.09729297 - 0.27828625
平均 (標準偏差)0.0007962472 (±0.009660193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 342.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8560.8560.856
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.400342.400342.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0970.2780.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ...

全体名称: ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ATP-binding protein
要素
  • 複合体: ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ATP-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, permease protein
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein

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超分子 #1: ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ...

超分子名称: ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ATP-binding protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
株: strain MC58

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分子 #1: ABC transporter, permease protein

分子名称: ABC transporter, permease protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58
分子量理論値: 24.363064 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADLTFQQAV STIVGMKDEI FRALGETFVM VGLSTTFAVI FGTLLGVLLF VTSSRQLHYN KLVNFLLDNL VNLMRAFPFV ILMIAMIPA TRAIVGSTIG PVAASLVLSV SGLFYFARLV EQNLREVPKG VIEAAAAMGA PPIAIVCKVL LNEARAGMVS S ITVLAIGL ...文字列:
MADLTFQQAV STIVGMKDEI FRALGETFVM VGLSTTFAVI FGTLLGVLLF VTSSRQLHYN KLVNFLLDNL VNLMRAFPFV ILMIAMIPA TRAIVGSTIG PVAASLVLSV SGLFYFARLV EQNLREVPKG VIEAAAAMGA PPIAIVCKVL LNEARAGMVS S ITVLAIGL LSYSAAAGMI GGGGLGDLAI RYGYYRYQTE VIIFIVALLV LLVILIQSTG NALARKLDKR

UniProtKB: ABC transporter, permease protein

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分子 #2: Lipoprotein

分子名称: Lipoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58
分子量理論値: 33.010246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT VGDFGDMVKE QIQAELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALA EGELDINVFQ HKPYLDDFKK EHNLDITEVF QVPTAPLGLY PGKLKSLEEV KDGSTVSAPN DPSNFARVLV M LDELGWIK ...文字列:
MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT VGDFGDMVKE QIQAELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALA EGELDINVFQ HKPYLDDFKK EHNLDITEVF QVPTAPLGLY PGKLKSLEEV KDGSTVSAPN DPSNFARVLV M LDELGWIK LKDGINPLTA SKADIAENLK NIKIVELEAA QLPRSRADVD FAVVNGNYAI SSGMKLTEAL FQEPSFAYVN WS AVKTADK DSQWLKDVTE AYNSDAFKAY AHKRFEGYKS PAAWNEGAAK KLEHHHHHHH HHH

UniProtKB: Lipoprotein

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分子 #3: ABC transporter, ATP-binding protein

分子名称: ABC transporter, ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58
分子量理論値: 29.866152 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHMIILDKV SKHYQTRDKT RFAAVEPTSL EIRDGEIFGL MGYSGAGKST LLRLINLLER PDSGKVNVC GQELTALDAA ALRQARQNIG MVFQQFNLLS NRTVADNVAF PLEIAGWPSE KIKARVKECL EIVGLTERAG H YPAQLSGG ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHMIILDKV SKHYQTRDKT RFAAVEPTSL EIRDGEIFGL MGYSGAGKST LLRLINLLER PDSGKVNVC GQELTALDAA ALRQARQNIG MVFQQFNLLS NRTVADNVAF PLEIAGWPSE KIKARVKECL EIVGLTERAG H YPAQLSGG QKQRVGIARA LAPKPQVILA DEPTSALDPA TTRSVLECLE DINKRFNVTI VIVTHEMSVI RRLCDRAALL DK GKVVEIV EVRGNQIHAQ SDIGRELIRE D

UniProtKB: ABC transporter, ATP-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 使用した粒子像数: 58434
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7mbz:
Outward facing conformation of the MetNI methionine ABC transporter in complex with lipo-MetQ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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