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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23714 | |||||||||
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タイトル | 6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2 (TE-free) | |||||||||
![]() | (3)M1(2) | |||||||||
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![]() | polyketide synthase / antibody fragment / BIOSYNTHETIC PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Cogan DP / Zhang K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mapping the catalytic conformations of an assembly-line polyketide synthase module. 著者: Dillon P Cogan / Kaiming Zhang / Xiuyuan Li / Shanshan Li / Grigore D Pintilie / Soung-Hun Roh / Charles S Craik / Wah Chiu / Chaitan Khosla / ![]() ![]() ![]() 要旨: Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By ...Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By channeling protein-tethered substrates across multiple active sites in a defined linear sequence, these enzymes facilitate programmed small-molecule syntheses that could theoretically be harnessed to access countless polyketide product structures. Using cryogenic electron microscopy to study DEBS module 1, we present a structural model describing this substrate-channeling phenomenon. Our 3.2- to 4.3-angstrom-resolution structures of the intact module reveal key domain-domain interfaces and highlight an unexpected module asymmetry. We also present the structure of a product-bound module that shines light on a recently described “turnstile” mechanism for transient gating of active sites along the assembly line. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 136.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 153.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 508.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 508.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | (3)M1(2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Complex between DEBS (3)M1(2) and antibody fragment 1B2
全体 | 名称: Complex between DEBS (3)M1(2) and antibody fragment 1B2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between DEBS (3)M1(2) and antibody fragment 1B2
超分子 | 名称: Complex between DEBS (3)M1(2) and antibody fragment 1B2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-分子 #1: EryAI
分子 | 名称: EryAI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 167.78275 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL EGEPVAVVAM ACRLPGGVST PEEFWELLSE GRDAVAGLPT DRGWDLDSLF HPDPTRSGT AHQRGGGFLT EATAFDPAFF GMSPREALAV DPQQRLMLEL SWEVLERAGI PPTSLQASPT GVFVGLIPQE Y GPRLAEGG ...文字列: MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL EGEPVAVVAM ACRLPGGVST PEEFWELLSE GRDAVAGLPT DRGWDLDSLF HPDPTRSGT AHQRGGGFLT EATAFDPAFF GMSPREALAV DPQQRLMLEL SWEVLERAGI PPTSLQASPT GVFVGLIPQE Y GPRLAEGG EGVEGYLMTG TTTSVASGRI AYTLGLEGPA ISVDTACSSS LVAVHLACQS LRRGESSLAM AGGVTVMPTP GM LVDFSRM NSLAPDGRCK AFSAGANGFG MAEGAGMLLL ERLSDARRNG HPVLAVLRGT AVNSDGASNG LSAPNGRAQV RVI QQALAE SGLGPADIDA VEAHGTGTRL GDPIEARALF EAYGRDREQP LHLGSVKSNL GHTQAAAGVA GVIKMVLAMR AGTL PRTLH ASERSKEIDW SSGAISLLDE PEPWPAGARP RRAGVSSFGI SGTNAHAIIE EAPQVVEGER VEAGDVVAPW VLSAS SAEG LRAQAARLAA HLREHPGQDP RDIAYSLATG RAALPHRAAF APVDESAALR VLDGLATGNA DGAAVGTSRA QQRAVF VFP GQGWQWAGMA VDLLDTSPVF AAALRECADA LEPHLDFEVI PFLRAEAARR EQDAALSTER VDVVQPVMFA VMVSLAS MW RAHGVEPAAV IGHSQGEIAA ACVAGALSLD DAARVVALRS RVIATMPGNK GMASIAAPAG EVRARIGDRV EIAAVNGP R SVVVAGDSDE LDRLVASCTT ECIRAKRLAV DYASHSSHVE TIRDALHAEL GEDFHPLPGF VPFFSTVTGR WTQPDELDA GYWYRNLRRT VRFADAVRAL AEQGYRTFLE VSAHPILTAA IEEIGDGSGA DLSAIHSLRR GDGSLADFGE ALSRAFAAGV AVDWESVHL GTGARRVPLP TYPFQRERVW LEPKPVARRS TEVDEVSALR YRIEWRPTGA GEPARLDGTW LVAKYAGTAD E TSTAAREA LESAGARVRE LVVDARCGRD ELAERLRSVG EVAGVLSLLA VDEAEPEEAP LALASLADTL SLVQAMVSAE LG CPLWTVT ESAVATGPFE RVRNAAHGAL WGVGRVIALE NPAVWGGLVD VPAGSVAELA RHLAAVVSGG AGEDQLALRA DGV YGRRWV RAAAPATDDE WKPTGTVLVT GGTGGVGGQI ARWLARRGAP HLLLVSRSGP DADGAGELVA ELEALGARTT VAAC DVTDR ESVRELLGGI GDDVPLSAVF HAAATLDDGT VDTLTGERIE RASRAKVLGA RNLHELTREL DLTAFVLFSS FASAF GAPG LGGYAPGNAY LDGLAQQRRS DGLPATAVAW GTWAGSGMAE GPVADRFRRH GVIEMPPETA CRALQNALDR AEVCPI VID VRWDRFLLAY TAQRPTRLFD EIDDARRAAP QAAAEPRVGA LASLPAPERE KALFELVRSH AAAVLGHASA ERVPADQ AF AELGVDSLSA LELRNRLGAA TGVRLPTTTV FDHPDVRTLA AHLTSELGTE VRGEAPSALA GLDALEAALP EVPATERE E LVQRLERMLA ALRPVAQAAD ASGTGANPSG DDLGEAGVDE LLEALGRELD GDPNSSSVDK LAAALEHHHH HH UniProtKB: EryAI, EryAI |
-分子 #2: 1B2 (light chain)
分子 | 名称: 1B2 (light chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.447611 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCAALVP RGSAHHHHHH AA DYKDDDD KA |
-分子 #3: 1B2 (heavy chain)
分子 | 名称: 1B2 (heavy chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.715832 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV ...文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #4: N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-...
分子 | 名称: N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PN7 |
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分子量 | 理論値: 358.348 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PN7: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 8104 / 平均露光時間: 8.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |