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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23698 | ||||||||||||
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タイトル | Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle Cryo-EM | ||||||||||||
マップデータ | Human septin hexameric complex SEPT2G-SEPT6-SEPT7. | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 septin collar / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of exocytosis / non-motile cilium ...septin collar / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / cell division site / axoneme / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / cilium assembly / stress fiber / axon terminus / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / protein localization / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / midbody / spermatogenesis / cell differentiation / molecular adaptor activity / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mendonca DC / Pereira HM / van Heel M / Portugal RV / Garratt RC | ||||||||||||
資金援助 | ブラジル, 3件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021 タイトル: An atomic model for the human septin hexamer by cryo-EM. 著者: Deborah C Mendonça / Samuel L Guimarães / Humberto D'Muniz Pereira / Andressa A Pinto / Marcelo A de Farias / Andre S de Godoy / Ana P U Araujo / Marin van Heel / Rodrigo V Portugal / Richard C Garratt / 要旨: In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the ...In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the subsequent filaments are incompletely understood. Although crystallographic approaches have been successful in studying the separate components of the system, there has been difficulty in obtaining high resolution structures of the full particle. Here we report a first cryo-EM structure for a hexameric rod composed of human septins 2, 6 and 7 with a global resolution of ~3.6 Å and a local resolution of between ~3.0 Å and ~5.0 Å. By fitting the previously determined high-resolution crystal structures of the component subunits into the cryo-EM map, we are able to provide an essentially complete model for the particle. This exposes SEPT2 NC-interfaces at the termini of the hexamer and leaves internal cavities between the SEPT6-SEPT7 pairs. The floor of the cavity is formed by the two α helices including their polybasic regions. These are locked into place between the two subunits by interactions made with the α and α helices of the neighbouring monomer together with its polyacidic region. The cavity may serve to provide space allowing the subunits to move with respect to one another. The elongated particle shows a tendency to bend at its centre where two copies of SEPT7 form a homodimeric G-interface. Such bending is almost certainly related to the ability of septin filaments to recognize and even induce membrane curvature. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23698.map.gz | 450.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23698-v30.xml emd-23698.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23698_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23698.png | 393.9 KB | ||
その他 | emd_23698_half_map_1.map.gz emd_23698_half_map_2.map.gz | 442.8 MB 442.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23698 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human septin hexameric complex SEPT2G-SEPT6-SEPT7. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle...
ファイル | emd_23698_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle Cryo-EM | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle...
ファイル | emd_23698_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle Cryo-EM | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7
全体 | 名称: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7
超分子 | 名称: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Septin-2
分子 | 名称: Septin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 31.748352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGFEFTLMVV GESGLGKSTL INSLFLTDLY PERVIPGAAE KIERTVQIEA STVEIEERGV KLRLTVVDTP GYGDAINCRD CFKTIISYI DEQFERYLHD ESGLNRRHII DNRVHCCFYF ISPFGHGLKP LDVAFMKAIH NKVNIVPVIA KADTLTLKER E RLKKRILD ...文字列: MGFEFTLMVV GESGLGKSTL INSLFLTDLY PERVIPGAAE KIERTVQIEA STVEIEERGV KLRLTVVDTP GYGDAINCRD CFKTIISYI DEQFERYLHD ESGLNRRHII DNRVHCCFYF ISPFGHGLKP LDVAFMKAIH NKVNIVPVIA KADTLTLKER E RLKKRILD EIEEHNIKIY HLPDAESDED EDFKEQTRLL KASIPFSVVG SNQLIEAKGK KVRGRLYPWG VVEVENPEHN DF LKLRTML ITHMQDLQEV TQDLHYENFR SERLKRGG |
-分子 #2: Septin-6
分子 | 名称: Septin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.948723 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAATDIARQV GEGCRTVPLA GHVGFDSLPD QLVNKSVSQG FCFNILCVGE TGLGKSTLMD TLFNTKFEGE PATHTQPGVQ LQSNTYDLQ ESNVRLKLTI VSTVGFGDQI NKEDSYKPIV EFIDAQFEAY LQEELKIRRV LHTYHDSRIH VCLYFIAPTG H SLKSLDLV ...文字列: MAATDIARQV GEGCRTVPLA GHVGFDSLPD QLVNKSVSQG FCFNILCVGE TGLGKSTLMD TLFNTKFEGE PATHTQPGVQ LQSNTYDLQ ESNVRLKLTI VSTVGFGDQI NKEDSYKPIV EFIDAQFEAY LQEELKIRRV LHTYHDSRIH VCLYFIAPTG H SLKSLDLV TMKKLDSKVN IIPIIAKADA ISKSELTKFK IKITSELVSN GVQIYQFPTD DESVAEINGT MNAHLPFAVI GS TEELKIG NKMMRARQYP WGTVQVENEA HCDFVKLREM LIRVNMEDLR EQTHTRHYEL YRRCKLEEMG FKDTDPDSKP FSL QETYEA KRNEFLGELQ KKEEEMRQMF VQRVKEKEAE LKEAEKELHE KFDRLKKLHQ DEKKKLEDKK KSLDDEVNAF KQRK TAAEL LQSQGSQAGG SQTLKRDKEK KN |
-分子 #3: Septin-7
分子 | 名称: Septin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.456645 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SQDPMVAQQK NLEGYVGFAN LPNQVYRKSV KRGFEFTLMV VGESGLGKST LINSLFLTDL YSPEYPGPSH RIKKTVQVE QSKVLIKEGG VQLLLTIVDT PGFGDAVDNS NCWQPVIDYI DSKFEDYLNA ESRVNRRQMP DNRVQCCLYF I APSGHGLK ...文字列: MGSSHHHHHH SQDPMVAQQK NLEGYVGFAN LPNQVYRKSV KRGFEFTLMV VGESGLGKST LINSLFLTDL YSPEYPGPSH RIKKTVQVE QSKVLIKEGG VQLLLTIVDT PGFGDAVDNS NCWQPVIDYI DSKFEDYLNA ESRVNRRQMP DNRVQCCLYF I APSGHGLK PLDIEFMKRL HEKVNIIPLI AKADTLTPEE CQQFKKQIMK EIQEHKIKIY EFPETDDEEE NKLVKKIKDR LP LAVVGSN TIIEVNGKRV RGRQYPWGVA EVENGEHCDF TILRNMLIRT HMQDLKDVTN NVHYENYRSR KLAAVTYNGV DNN KNKGQL TKSPLAQMEE ERREHVAKMK KMEMEMEQVF EMKVKEKVQK LKDSEAELQR RHEQMKKNLE AQHKELEEKR RQFE DEKAN WEAQQRILEQ QNSSRTLEKN KKKGKIF |
-分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |