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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a non-rotated E.coli 70S ribosome in complex with RF3-GTP, RF1 and P-tRNA (state I) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Zhang J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a non-rotated E.coli 70S ribosome in complex with RF3-GTP, RF1 and P-tRNA (state I) 著者: Zhang J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 26.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 71.7 KB 71.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 417.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7m5dMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.037 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of a non-rotated E.coli 70S ribosome in complex...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of a non-rotated E.coli 70S ribosome in complex...
+超分子 #2: E.coli 70S ribosome in complex with RF3-GTP, RF1 and P-tRNA (state I)
+超分子 #3: mRNA
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 16S ribosomal RNA
+分子 #3: 5S ribosomal RNA
+分子 #4: mRNA
+分子 #5: P-tRNA
+分子 #6: 50S ribosomal protein L2
+分子 #7: 50S ribosomal protein L3
+分子 #8: 50S ribosomal protein L4
+分子 #9: 50S ribosomal protein L5
+分子 #10: 50S ribosomal protein L6
+分子 #11: 50S ribosomal protein L9
+分子 #12: 50S ribosomal protein L13
+分子 #13: 50S ribosomal protein L14
+分子 #14: 50S ribosomal protein L15
+分子 #15: 50S ribosomal protein L16
+分子 #16: 50S ribosomal protein L17
+分子 #17: 50S ribosomal protein L18
+分子 #18: 50S ribosomal protein L19
+分子 #19: 50S ribosomal protein L20
+分子 #20: 50S ribosomal protein L21
+分子 #21: 50S ribosomal protein L22
+分子 #22: 50S ribosomal protein L23
+分子 #23: 50S ribosomal protein L24
+分子 #24: 50S ribosomal protein L25
+分子 #25: 50S ribosomal protein L27
+分子 #26: 50S ribosomal protein L28
+分子 #27: 50S ribosomal protein L29
+分子 #28: 50S ribosomal protein L30
+分子 #29: 50S ribosomal protein L31
+分子 #30: 50S ribosomal protein L32
+分子 #31: 50S ribosomal protein L33
+分子 #32: 50S ribosomal protein L34
+分子 #33: 50S ribosomal protein L35
+分子 #34: 50S ribosomal protein L36
+分子 #35: 30S ribosomal protein S2
+分子 #36: 30S ribosomal protein S3
+分子 #37: 30S ribosomal protein S4
+分子 #38: 30S ribosomal protein S5
+分子 #39: 30S ribosomal protein S6
+分子 #40: 30S ribosomal protein S7
+分子 #41: 30S ribosomal protein S8
+分子 #42: 30S ribosomal protein S9
+分子 #43: 30S ribosomal protein S10
+分子 #44: 30S ribosomal protein S11
+分子 #45: 30S ribosomal protein S12
+分子 #46: 30S ribosomal protein S13
+分子 #47: 30S ribosomal protein S14
+分子 #48: 30S ribosomal protein S15
+分子 #49: 30S ribosomal protein S16
+分子 #50: 30S ribosomal protein S17
+分子 #51: 30S ribosomal protein S18
+分子 #52: 30S ribosomal protein S19
+分子 #53: 30S ribosomal protein S20
+分子 #54: 30S ribosomal protein S21
+分子 #55: Peptide chain release factor 3
+分子 #56: 50S ribosomal protein L11
+分子 #57: 50S ribosomal protein L10
+分子 #58: Peptide chain release factor 1
+分子 #59: FME-PHE-PHE
+分子 #60: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86478 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |