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万見
- EMDB-2364: CryoEM reconstruction of the bacteriophage phi6 procapsid to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2364
タイトルCryoEM reconstruction of the bacteriophage phi6 procapsid to the near-atomic resolution
マップデータReconstruction of the wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6
試料
  • 試料: Wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6
  • ウイルス: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
キーワードBacteriophage phi6 / Cystoviridae / capsid structure / capsid expansion / segmented genome / conformational change / RNA packaging
機能・相同性: / Major inner capsid protein P1 / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / RNA binding / identical protein binding / Major inner protein P1
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Nemecek D / Boura E / Wu W / Cheng N / Plevka P / Qiao J / Mindich L / Heymann JB / Hurley JH / Steven AC
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Subunit folds and maturation pathway of a dsRNA virus capsid.
著者: Daniel Nemecek / Evzen Boura / Weimin Wu / Naiqian Cheng / Pavel Plevka / Jian Qiao / Leonard Mindich / J Bernard Heymann / James H Hurley / Alasdair C Steven /
要旨: The cystovirus ϕ6 shares several distinct features with other double-stranded RNA (dsRNA) viruses, including the human pathogen, rotavirus: segmented genomes, nonequivalent packing of 120 subunits ...The cystovirus ϕ6 shares several distinct features with other double-stranded RNA (dsRNA) viruses, including the human pathogen, rotavirus: segmented genomes, nonequivalent packing of 120 subunits in its icosahedral capsid, and capsids as compartments for transcription and replication. ϕ6 assembles as a dodecahedral procapsid that undergoes major conformational changes as it matures into the spherical capsid. We determined the crystal structure of the capsid protein, P1, revealing a flattened trapezoid subunit with an α-helical fold. We also solved the procapsid with cryo-electron microscopy to comparable resolution. Fitting the crystal structure into the procapsid disclosed substantial conformational differences between the two P1 conformers. Maturation via two intermediate states involves remodeling on a similar scale, besides huge rigid-body rotations. The capsid structure and its stepwise maturation that is coupled to sequential packaging of three RNA segments sets the cystoviruses apart from other dsRNA viruses as a dynamic molecular machine.
履歴
登録2013年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月24日-
マップ公開2013年8月14日-
更新2013年8月21日-
現状2013年8月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4btg
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4btg
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2364.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 420 pix.
= 586.74 Å		1.4 Å/pix.
x 420 pix.
= 586.74 Å		1.4 Å/pix.
x 420 pix.
= 586.74 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.397 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-8.04054451 - 21.12542534
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 586.74 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3971.3971.397
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z586.740586.740586.740
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-8.04121.125-0.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: This mask represents the P1B subunit

注釈This mask represents the P1B subunit
ファイルemd_2364_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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セグメンテーションマップ: This mask represents the P1A subunit

注釈This mask represents the P1A subunit
ファイルemd_2364_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6

全体名称: Wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6
要素
  • 試料: Wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6
  • ウイルス: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)

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超分子 #1000: Wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6

超分子名称: Wildtype P1247 procapsid of bacteriophage phi6 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral shell with accessory proteins / Number unique components: 4
分子量理論値: 12.6 MDa

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超分子 #1: Pseudomonas phage phi6

超分子名称: Pseudomonas phage phi6 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage phi-6 / NCBI-ID: 10879 / 生物種: Pseudomonas phage phi6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: bacteriophage phi-6
宿主生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: JM109 / 組換プラスミド: pLM687
分子量理論値: 12.6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: P1247 / 直径: 450 Å / T番号(三角分割数): 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM potassium phosphate, 5 mM MgCl2
グリッド詳細: 400 mesh C-flat holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 2 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2011年11月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 220 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 44739 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using e2boxer (EMAN) and manually pruned in bshow (BSOFT). The initial model was taken from our previous reconstruction at 7A resolution (EMD-2341). The final structure was reconstructed in EMAN.
CTF補正詳細: Particles from each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, BSOFT / 使用した粒子像数: 18326
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4k7h


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, MDFF, Coot
詳細the P1 crystal structure was rigid body-fitted into the procapsid map using Chimera. Regions where the crystal structure deviated significantly from the EM density were roughly adjusted in Coot and then the P1A and P1B structures were flexibly fitted using the MDFF package. Finally, both structures were visually inspected and refined in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-4btg:
Coordinates of the bacteriophage phi6 capsid subunits (P1A and P1B) fitted into the cryoEM reconstruction of the procapsid at 4.4 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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