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- EMDB-23154: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike protein (trimer) with F... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23154
タイトルNegative stain EM map of SARS-CoV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489 (NTD)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489
    • 複合体: SARS-COV-2 spike protein (trimer)
    • 複合体: Fab COV2-2489
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)HR0011-18-2-0001 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00074 米国
引用
ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021
タイトル: Neutralizing and protective human monoclonal antibodies recognizing the N-terminal domain of the SARS-CoV-2 spike protein.
著者: Naveenchandra Suryadevara / Swathi Shrihari / Pavlo Gilchuk / Laura A VanBlargan / Elad Binshtein / Seth J Zost / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Emma S Winkler / Elaine C Chen / Mallorie ...著者: Naveenchandra Suryadevara / Swathi Shrihari / Pavlo Gilchuk / Laura A VanBlargan / Elad Binshtein / Seth J Zost / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Emma S Winkler / Elaine C Chen / Mallorie E Fouch / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Robert H Carnahan / Larissa B Thackray / Michael S Diamond / James E Crowe
要旨: Most human monoclonal antibodies (mAbs) neutralizing SARS-CoV-2 recognize the spike (S) protein receptor-binding domain and block virus interactions with the cellular receptor angiotensin-converting ...Most human monoclonal antibodies (mAbs) neutralizing SARS-CoV-2 recognize the spike (S) protein receptor-binding domain and block virus interactions with the cellular receptor angiotensin-converting enzyme 2. We describe a panel of human mAbs binding to diverse epitopes on the N-terminal domain (NTD) of S protein from SARS-CoV-2 convalescent donors and found a minority of these possessed neutralizing activity. Two mAbs (COV2-2676 and COV2-2489) inhibited infection of authentic SARS-CoV-2 and recombinant VSV/SARS-CoV-2 viruses. We mapped their binding epitopes by alanine-scanning mutagenesis and selection of functional SARS-CoV-2 S neutralization escape variants. Mechanistic studies showed that these antibodies neutralize in part by inhibiting a post-attachment step in the infection cycle. COV2-2676 and COV2-2489 offered protection either as prophylaxis or therapy, and Fc effector functions were required for optimal protection. Thus, natural infection induces a subset of potent NTD-specific mAbs that leverage neutralizing and Fc-mediated activities to protect against SARS-CoV-2 infection using multiple functional attributes.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2021
タイトル: Neutralizing and protective human monoclonal antibodies recognizing the N-terminal domain of the SARS-CoV-2 spike protein.
著者: Suryadevara N / Shrihari S / Gilchuk P / VanBlargan LA / Binshtein E / Zost SJ / Nargi RS / Sutton RE / Winkler ES / Chen EC / Fouch ME / Davidson E / Doranz BJ / Chen RE / Shi PY / Carnahan ...著者: Suryadevara N / Shrihari S / Gilchuk P / VanBlargan LA / Binshtein E / Zost SJ / Nargi RS / Sutton RE / Winkler ES / Chen EC / Fouch ME / Davidson E / Doranz BJ / Chen RE / Shi PY / Carnahan RH / Thackray LB / Diamond MS / Crowe Jr JE
履歴
登録2020年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2021年3月31日-
現状2021年3月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23154.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 558.08 Å		4.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 558.08 Å		4.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 558.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.15 / ムービー #1: 1.15
最小 - 最大-4.913438 - 8.05165
平均 (標準偏差)-0.07349262 (±0.3788994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 558.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.364.364.36
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z558.080558.080558.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.9138.052-0.073

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489

全体名称: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489
要素
  • 複合体: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489
    • 複合体: SARS-COV-2 spike protein (trimer)
    • 複合体: Fab COV2-2489

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超分子 #1: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489

超分子名称: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2489
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: SARS-COV-2 spike protein (trimer)

超分子名称: SARS-COV-2 spike protein (trimer) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab COV2-2489

超分子名称: Fab COV2-2489 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
200.0 mMsodium chlorideNaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: UF
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 221 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 39108
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 2591
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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