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万見
- EMDB-22829: Human Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22829
タイトルHuman Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b
マップデータ
試料
  • 複合体: Orf9b-Tom70 complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM70
    • タンパク質・ペプチド: ORF9b protein
キーワードOrf9b / Tom70 / mitochondria / virus infection / SARS CoV2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / negative regulation of defense response to virus / protein import into mitochondrial matrix / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / protein insertion into mitochondrial inner membrane / positive regulation of autophagosome assembly ...Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / negative regulation of defense response to virus / protein import into mitochondrial matrix / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / protein insertion into mitochondrial inner membrane / positive regulation of autophagosome assembly / response to thyroxine / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / protein transmembrane transporter activity / positive regulation of defense response to virus by host / protein sequestering activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / activation of innate immune response / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / positive regulation of interferon-beta production / mitochondrial membrane / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / cellular response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / Ub-specific processing proteases / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM70 / ORF9b protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者QCRG Structural Biology Consortium
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
DARPAHR0011-19-2-0020 米国
FastGrantsCOVID19 grant 米国
Laboratory for Genomics ResearchExcellence in Research Award COVID19 米国
Quantitative Biosciences Institute 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Comparative host-coronavirus protein interaction networks reveal pan-viral disease mechanisms.
著者: David E Gordon / Joseph Hiatt / Mehdi Bouhaddou / Veronica V Rezelj / Svenja Ulferts / Hannes Braberg / Alexander S Jureka / Kirsten Obernier / Jeffrey Z Guo / Jyoti Batra / Robyn M Kaake / ...著者: David E Gordon / Joseph Hiatt / Mehdi Bouhaddou / Veronica V Rezelj / Svenja Ulferts / Hannes Braberg / Alexander S Jureka / Kirsten Obernier / Jeffrey Z Guo / Jyoti Batra / Robyn M Kaake / Andrew R Weckstein / Tristan W Owens / Meghna Gupta / Sergei Pourmal / Erron W Titus / Merve Cakir / Margaret Soucheray / Michael McGregor / Zeynep Cakir / Gwendolyn Jang / Matthew J O'Meara / Tia A Tummino / Ziyang Zhang / Helene Foussard / Ajda Rojc / Yuan Zhou / Dmitry Kuchenov / Ruth Hüttenhain / Jiewei Xu / Manon Eckhardt / Danielle L Swaney / Jacqueline M Fabius / Manisha Ummadi / Beril Tutuncuoglu / Ujjwal Rathore / Maya Modak / Paige Haas / Kelsey M Haas / Zun Zar Chi Naing / Ernst H Pulido / Ying Shi / Inigo Barrio-Hernandez / Danish Memon / Eirini Petsalaki / Alistair Dunham / Miguel Correa Marrero / David Burke / Cassandra Koh / Thomas Vallet / Jesus A Silvas / Caleigh M Azumaya / Christian Billesbølle / Axel F Brilot / Melody G Campbell / Amy Diallo / Miles Sasha Dickinson / Devan Diwanji / Nadia Herrera / Nick Hoppe / Huong T Kratochvil / Yanxin Liu / Gregory E Merz / Michelle Moritz / Henry C Nguyen / Carlos Nowotny / Cristina Puchades / Alexandrea N Rizo / Ursula Schulze-Gahmen / Amber M Smith / Ming Sun / Iris D Young / Jianhua Zhao / Daniel Asarnow / Justin Biel / Alisa Bowen / Julian R Braxton / Jen Chen / Cynthia M Chio / Un Seng Chio / Ishan Deshpande / Loan Doan / Bryan Faust / Sebastian Flores / Mingliang Jin / Kate Kim / Victor L Lam / Fei Li / Junrui Li / Yen-Li Li / Yang Li / Xi Liu / Megan Lo / Kyle E Lopez / Arthur A Melo / Frank R Moss / Phuong Nguyen / Joana Paulino / Komal Ishwar Pawar / Jessica K Peters / Thomas H Pospiech / Maliheh Safari / Smriti Sangwan / Kaitlin Schaefer / Paul V Thomas / Aye C Thwin / Raphael Trenker / Eric Tse / Tsz Kin Martin Tsui / Feng Wang / Natalie Whitis / Zanlin Yu / Kaihua Zhang / Yang Zhang / Fengbo Zhou / Daniel Saltzberg / / Anthony J Hodder / Amber S Shun-Shion / Daniel M Williams / Kris M White / Romel Rosales / Thomas Kehrer / Lisa Miorin / Elena Moreno / Arvind H Patel / Suzannah Rihn / Mir M Khalid / Albert Vallejo-Gracia / Parinaz Fozouni / Camille R Simoneau / Theodore L Roth / David Wu / Mohd Anisul Karim / Maya Ghoussaini / Ian Dunham / Francesco Berardi / Sebastian Weigang / Maxime Chazal / Jisoo Park / James Logue / Marisa McGrath / Stuart Weston / Robert Haupt / C James Hastie / Matthew Elliott / Fiona Brown / Kerry A Burness / Elaine Reid / Mark Dorward / Clare Johnson / Stuart G Wilkinson / Anna Geyer / Daniel M Giesel / Carla Baillie / Samantha Raggett / Hannah Leech / Rachel Toth / Nicola Goodman / Kathleen C Keough / Abigail L Lind / / Reyna J Klesh / Kafi R Hemphill / Jared Carlson-Stevermer / Jennifer Oki / Kevin Holden / Travis Maures / Katherine S Pollard / Andrej Sali / David A Agard / Yifan Cheng / James S Fraser / Adam Frost / Natalia Jura / Tanja Kortemme / Aashish Manglik / Daniel R Southworth / Robert M Stroud / Dario R Alessi / Paul Davies / Matthew B Frieman / Trey Ideker / Carmen Abate / Nolwenn Jouvenet / Georg Kochs / Brian Shoichet / Melanie Ott / Massimo Palmarini / Kevan M Shokat / Adolfo García-Sastre / Jeremy A Rassen / Robert Grosse / Oren S Rosenberg / Kliment A Verba / Christopher F Basler / Marco Vignuzzi / Andrew A Peden / Pedro Beltrao / Nevan J Krogan /
要旨: The COVID-19 pandemic, caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is a grave threat to public health and the global economy. SARS-CoV-2 is closely related to the more ...The COVID-19 pandemic, caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is a grave threat to public health and the global economy. SARS-CoV-2 is closely related to the more lethal but less transmissible coronaviruses SARS-CoV-1 and Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). Here, we have carried out comparative viral-human protein-protein interaction and viral protein localization analyses for all three viruses. Subsequent functional genetic screening identified host factors that functionally impinge on coronavirus proliferation, including Tom70, a mitochondrial chaperone protein that interacts with both SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 ORF9b, an interaction we structurally characterized using cryo-electron microscopy. Combining genetically validated host factors with both COVID-19 patient genetic data and medical billing records identified molecular mechanisms and potential drug treatments that merit further molecular and clinical study.
履歴
登録2020年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kdt
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22829.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22829.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-2.7296653 - 4.001267
平均 (標準偏差)-0.0003437746 (±0.105128154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8340.8340.834
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.504213.504213.504
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.7304.001-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22829_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22829_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Orf9b-Tom70 complex

全体名称: Orf9b-Tom70 complex
要素
  • 複合体: Orf9b-Tom70 complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM70
    • タンパク質・ペプチド: ORF9b protein

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超分子 #1: Orf9b-Tom70 complex

超分子名称: Orf9b-Tom70 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM70

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.875727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NSLDRAQAAK NKGNKYFKAG KYEQAIQCYT EAISLCPTEK NVDLSTFYQN RAAAFEQLQK WKEVAQDCTK AVELNPKYVK ALFRRAKAH EKLDNKKECL EDVTAVCILE GFQNQQSMLL ADKVLKLLGK EKAKEKYKNR EPLMPSPQFI KSYFSSFTDD I ISQPMLKG ...文字列:
NSLDRAQAAK NKGNKYFKAG KYEQAIQCYT EAISLCPTEK NVDLSTFYQN RAAAFEQLQK WKEVAQDCTK AVELNPKYVK ALFRRAKAH EKLDNKKECL EDVTAVCILE GFQNQQSMLL ADKVLKLLGK EKAKEKYKNR EPLMPSPQFI KSYFSSFTDD I ISQPMLKG EKSDEDKDKE GEALEVKENS GYLKAKQYME EENYDKIISE CSKEIDAEGK YMAEALLLRA TFYLLIGNAN AA KPDLDKV ISLKEANVKL RANALIKRGS MYMQQQQPLL STQDFNMAAD IDPQNADVYH HRGQLKILLD QVEEAVADFD ECI RLRPES ALAQAQKCFA LYRQAYTGNN SSQIQAAMKG FEEVIKKFPR CAEGYALYAQ ALTDQQQFGK ADEMYDKCID LEPD NATTY VHKGLLQLQW KQDLDRGLEL ISKAIEIDNK CDFAYETMGT IEVQRGNMEK AIDMFNKAIN LAKSEMEMAH LYSLC DAAH AQTEVAKKYG LKPPTL

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM70

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分子 #2: ORF9b protein

分子名称: ORF9b protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 10.808636 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDPKISEMHP ALRLVDPQIQ LAVTRMENAV GRDQNNVGPK VYPIILRLGS PLSLNMARKT LNSLEDKAFQ LTPIAVQMTK LATTEELPD EFVVVTVK

UniProtKB: ORF9b protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度12.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
150.0 mMKCl
20.0 mMHEPES-NaOH
0.5 mMTHP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 5 seconds before plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1534 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2805121
詳細: Template picked based on previous low resolution reconstruction (which was picked with a blob picker)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.0) / 使用した粒子像数: 178373
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3fp3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7kdt:
Human Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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