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万見
- EMDB-22804: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22804
タイトルCryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
マップデータSharpened Map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
    • 複合体: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSF349247 米国
Other privateAgouron Institute (F00316) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH S10 OD019994-01 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Sequence-Signature Optimization Enables Improved Identification of Human HV6-1-Derived Class Antibodies That Neutralize Diverse Influenza A Viruses.
著者: Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Adrian Creanga / M Gordon Joyce / Kwanyee Leung / Reda Rawi / Lingshu Wang / Eun Sung Yang / Yongping Yang / ...著者: Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Adrian Creanga / M Gordon Joyce / Kwanyee Leung / Reda Rawi / Lingshu Wang / Eun Sung Yang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Yi Zhang / Masaru Kanekiyo / Tongqing Zhou / Brandon J DeKosky / Barney S Graham / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: Sequence signatures of multidonor broadly neutralizing influenza antibodies can be used to quantify the prevalence of B cells with virus-neutralizing potential to accelerate development of broadly ...Sequence signatures of multidonor broadly neutralizing influenza antibodies can be used to quantify the prevalence of B cells with virus-neutralizing potential to accelerate development of broadly protective vaccine strategies. Antibodies of the same class share similar recognition modes and developmental pathways, and several antibody classes have been identified that neutralize diverse group 1- and group 2-influenza A viruses and have been observed in multiple human donors. One such multidonor antibody class, the HV6-1-derived class, targets the stem region of hemagglutinin with extraordinary neutralization breadth. Here, we use an iterative process to combine informatics, biochemical, and structural analyses to delineate an improved sequence signature for HV6-1-class antibodies. Based on sequence and structure analyses of known HV6-1 class antibodies, we derived a more inclusive signature (version 1), which we used to search for matching B-cell transcripts from published next-generation sequencing datasets of influenza vaccination studies. We expressed selected antibodies, evaluated their function, and identified amino acid-level requirements from which to refine the sequence signature (version 2). The cryo-electron microscopy structure for one of the signature-identified antibodies in complex with hemagglutinin confirmed motif recognition to be similar to known HV6-1-class members, MEDI8852 and 56.a.09, despite differences in recognition-loop length. Threading indicated the refined signature to have increased accuracy, and signature-identified heavy chains, when paired with the light chain of MEDI8852, showed neutralization comparable to the most potent members of the class. Incorporating sequences of additional class members thus enables an improved sequence signature for HV6-1-class antibodies, which can identify class members with increased accuracy.
履歴
登録2020年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kc1
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kc1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22804.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07325 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.9034209 - 2.763516
平均 (標準偏差)0.008714546 (±0.07081852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 377.78403 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.073251.073251.07325
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z377.784377.784377.784
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.9032.7640.009

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22804_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened Map

ファイルemd_22804_additional_1.map
注釈Unsharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_22804_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_22804_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex w...

全体名称: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
    • 複合体: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex w...

超分子名称: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex w...

超分子名称: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 38.515629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSHI LCLVFAQKLP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTITNDQI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFNNE SFNWTGVTQN GTSSACIRRS N NSFFSRLN ...文字列:
MKTIIALSHI LCLVFAQKLP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTITNDQI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFNNE SFNWTGVTQN GTSSACIRRS N NSFFSRLN WLTQLNFKYP ALNVTMPNNE QFDKLYIWGV HHPVTDKDQI FLYAQSSGRI TVSTKRSQQA VIPNIGYRPR IR NIPSRIS IYWTIVKPGD ILLINSTGNL IAPRGYFKIR SGKSSIMRSD APIGKCNSEC ITPNGSIPND KPFQNVNRIT YGA CPRYVK QSTLKLATGM RNVPEKQTR

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分子 #2: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein

分子名称: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 25.259078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GIFGAIAGFI ENGWEGMVDG WYGFRHQNSE GRGQAADLKS TQAAIDQING KLNRLIGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRIQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTKKQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI GSIRNGTYDH D VYRDEALN ...文字列:
GIFGAIAGFI ENGWEGMVDG WYGFRHQNSE GRGQAADLKS TQAAIDQING KLNRLIGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRIQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTKKQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI GSIRNGTYDH D VYRDEALN NRFQIKGVSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

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分子 #3: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.292277 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCSISGDTVT NNYAAWDWIR QSPTRGLEWL GRTFYRSKWY KEYALSVKSR LTISPDTSKN QISLQLSSV TPEDTAVYYC ARAGITIFGL ITGGLDYWGQ GSLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
QIQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCSISGDTVT NNYAAWDWIR QSPTRGLEWL GRTFYRSKWY KEYALSVKSR LTISPDTSKN QISLQLSSV TPEDTAVYYC ARAGITIFGL ITGGLDYWGQ GSLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEP

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分子 #4: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.450832 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTQSPSSLSA SVGDRVTITC RTSQSLSSYT HWYQQKPGKA PKLLIYAASS RGSGVPSRFS GSGSGTDFTL TISSLQPEDF ATYYCQQSR TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ D SKDSTYSL ...文字列:
MTQSPSSLSA SVGDRVTITC RTSQSLSSYT HWYQQKPGKA PKLLIYAASS RGSGVPSRFS GSGSGTDFTL TISSLQPEDF ATYYCQQSR TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ D SKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGE

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10024 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 71.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 29735
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4o5n

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7kc1:
Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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