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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22701 | |||||||||
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タイトル | Structure of the EPEC type III secretion injectisome EspA filament | |||||||||
マップデータ | EPEC type III secretion injectisome EspA filament | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transport / filament / secretion system / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | EspA-like secreted protein / EspA-like secreted protein / EspA/CesA-like / Translocon EspA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Lyons BJE / Atkinson CE | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the EspA filament from enteropathogenic Escherichia coli: Revealing the mechanism of effector translocation in the T3SS. 著者: Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Wanyin Deng / Antonio Serapio-Palacios / B Brett Finlay / Natalie C J Strynadka / 要旨: The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it ...The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it interacts with the host cell to deliver virulence factors. Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is unique in adopting a needle extension to the T3SS-a filament formed by EspA-which is absolutely required for efficient colonization of the gut. Here, we describe the cryoelectron microscopy structure of native EspA filaments from EPEC at 3.6-Å resolution. Within the filament, positively charged residues adjacent to a hydrophobic groove line the lumen of the filament in a spiral manner, suggesting a mechanism of substrate translocation mediated via electrostatics. Using structure-guided mutagenesis, in vivo studies corroborate the role of these residues in secretion and translocation function. The high-resolution structure of the EspA filament could aid in structure-guided drug design of antivirulence therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22701.map.gz | 5.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22701-v30.xml emd-22701.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22701_fsc.xml | 8.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22701.png | 46.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22701.cif.gz | 4.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22701 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22701_validation.pdf.gz | 422.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22701_full_validation.pdf.gz | 422 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22701_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22701_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EPEC type III secretion injectisome EspA filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.75 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EspA filament
全体 | 名称: EspA filament |
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要素 |
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-超分子 #1: EspA filament
超分子 | 名称: EspA filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) |
-分子 #1: Translocon EspA
分子 | 名称: Translocon EspA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 28 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) 株: E2348/69 / EPEC |
分子量 | 理論値: 20.482811 KDa |
配列 | 文字列: MDTSTTASVA SANASTSTSM AYDLGSMSKD DVIDLFNKLG VFQAAILMFA YMYQAQSDLS IAKFADMNEA SKESTTAQKM ANLVDAKIA DVQSSSDKNA KAQLPDEVIS YINDPRNDIT ISGIDNINAQ LGAGDLQTVK AAISAKANNL TTTVNNSQLE I QQMSNTLN ...文字列: MDTSTTASVA SANASTSTSM AYDLGSMSKD DVIDLFNKLG VFQAAILMFA YMYQAQSDLS IAKFADMNEA SKESTTAQKM ANLVDAKIA DVQSSSDKNA KAQLPDEVIS YINDPRNDIT ISGIDNINAQ LGAGDLQTVK AAISAKANNL TTTVNNSQLE I QQMSNTLN LLTSARSDMQ SLQYRTISGI SLGK UniProtKB: Translocon EspA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 0.475 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |