+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22587 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex | |||||||||
マップデータ | Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / DNA 5'-3' helicase ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / DNA 5'-3' helicase / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / DNA duplex unwinding / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / 3'-5' DNA helicase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ATPase activator activity / Dual incision in TC-NER / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / isomerase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ubiquitin protein ligase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | van Eeuwen T / Min JH / Murakami K | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 in damaged DNA opening in nucleotide excision repair. 著者: Trevor van Eeuwen / Yoonjung Shim / Hee Jong Kim / Tingting Zhao / Shrabani Basu / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Jung-Hyun Min / Kenji Murakami / 要旨: The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor ...The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor complex, TFIIH, for subsequent lesion verification. Here, we present a cryo-EM structure of an NER initiation complex containing Rad4-Rad23-Rad33 (yeast homologue of XPC-RAD23B-CETN2) and 7-subunit coreTFIIH assembled on a carcinogen-DNA adduct lesion at 3.9-9.2 Å resolution. A ~30-bp DNA duplex could be mapped as it straddles between Rad4 and the Ssl2 (XPB) subunit of TFIIH on the 3' and 5' side of the lesion, respectively. The simultaneous binding with Rad4 and TFIIH was permitted by an unwinding of DNA at the lesion. Translocation coupled with torque generation by Ssl2 and Rad4 would extend the DNA unwinding at the lesion and deliver the damaged strand to Rad3 (XPD) in an open form suitable for subsequent lesion scanning and verification. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22587.map.gz | 164.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-22587-v30.xml emd-22587.xml | 29.5 KB 29.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22587_fsc.xml | 13.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22587.png | 165.8 KB | ||
その他 | emd_22587_additional_1.map.gz emd_22587_half_map_1.map.gz emd_22587_half_map_2.map.gz | 14.7 MB 179.6 MB 179.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22587 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22587_validation.pdf.gz | 778.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_22587_full_validation.pdf.gz | 778.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22587_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22587_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22587 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: Additional map
ファイル | emd_22587_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 1
ファイル | emd_22587_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half-volume 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 2
ファイル | emd_22587_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half-volume 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA
+超分子 #1: Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA
+分子 #1: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
+分子 #2: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
+分子 #3: DNA repair helicase RAD25
+分子 #4: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
+分子 #5: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
+分子 #6: DNA repair helicase RAD3
+分子 #7: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: IRON/SULFUR CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
詳細: Sample dialyzed for 30 minutes into above buffer prior to grid making | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Pelco easyGLOW glow discharge apparatus | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC 詳細: Grids were manually blotted for 2-3 seconds prior to plunge freezing. | ||||||||
詳細 | Sample was prepared by Grafix. Sample was monodispersed and well behaved by visual inspection |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
詳細 | Images collected with image shift |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6223 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |