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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22582 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CRISPR-Cas surveillance complex with AcrIF4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas phage sp. (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Li Z | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structural basis for inhibition of the type I-F CRISPR-Cas surveillance complex by AcrIF4, AcrIF7 and AcrIF14. 著者: Clinton Gabel / Zhuang Li / Heng Zhang / Leifu Chang / 要旨: CRISPR-Cas systems are adaptive immune systems in bacteria and archaea to defend against mobile genetic elements (MGEs) and have been repurposed as genome editing tools. Anti-CRISPR (Acr) proteins ...CRISPR-Cas systems are adaptive immune systems in bacteria and archaea to defend against mobile genetic elements (MGEs) and have been repurposed as genome editing tools. Anti-CRISPR (Acr) proteins are produced by MGEs to counteract CRISPR-Cas systems and can be used to regulate genome editing by CRISPR techniques. Here, we report the cryo-EM structures of three type I-F Acr proteins, AcrIF4, AcrIF7 and AcrIF14, bound to the type I-F CRISPR-Cas surveillance complex (the Csy complex) from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF4 binds to an unprecedented site on the C-terminal helical bundle of Cas8f subunit, precluding conformational changes required for activation of the Csy complex. AcrIF7 mimics the PAM duplex of target DNA and is bound to the N-terminal DNA vise of Cas8f. Two copies of AcrIF14 bind to the thumb domains of Cas7.4f and Cas7.6f, preventing hybridization between target DNA and the crRNA. Our results reveal structural detail of three AcrIF proteins, each binding to a different site on the Csy complex for inhibiting degradation of MGEs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22582.map.gz | 3.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22582-v30.xml emd-22582.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22582.png | 129.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22582.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22582 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22582_validation.pdf.gz | 400.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22582_full_validation.pdf.gz | 399.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22582_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22582_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22582 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 65.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CRISPR-Cas complex
全体 | 名称: CRISPR-Cas complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CRISPR-Cas complex
超分子 | 名称: CRISPR-Cas complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-分子 #1: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy1
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 49.136133 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF AHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD UniProtKB: UNIPROTKB: A0A643HYU6 |
-分子 #2: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 21.427504 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARAL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQVTA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 |
-分子 #3: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 36.446352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAMSVTDPEA LLLLPRLSIQ NANAISSPLT WGFPSPGAFT GFVHALQRRV GISLDIELDG VGIVCHRFEA QISQPAGKRT KVFNLTRNP LNRDGSTAAI VEEGRAHLEV SLLLGVHGDG LDDHPAQEIA RQVQEQAGAM RLAGGSILPW CNERFPAPNA E LLMLGGSD ...文字列: MAMSVTDPEA LLLLPRLSIQ NANAISSPLT WGFPSPGAFT GFVHALQRRV GISLDIELDG VGIVCHRFEA QISQPAGKRT KVFNLTRNP LNRDGSTAAI VEEGRAHLEV SLLLGVHGDG LDDHPAQEIA RQVQEQAGAM RLAGGSILPW CNERFPAPNA E LLMLGGSD EQRRKNQRRL TRRLLPGFAL VSREALLQQH LETLRTTLPE ATTLDALLDL CRINFEPPAT SSEEEASPPD AA WQVRDKP GWLVPIPAGY NALSPLYLPG EVRNARDRET PLRFVENLFG LGEWLSPHRV AALSDLLWYH HAEPDKGLYR WST PRFVEH AIA UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #4: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 37.781547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAMSKPILST ASVLAFERKL DPSDALMSAG AWAQRDASQE WPAVTVREKS VRGTISNRLK TKDRDPAKLD ASIQSPNLQT VDVANLPSD ADTLKVRFTL RVLGGAGTPS ACNDAAYRDK LLQTVATYVN DQGFAELARR YAHNLANARF LWRNRVGAEA V EVRINHIR ...文字列: MAMSKPILST ASVLAFERKL DPSDALMSAG AWAQRDASQE WPAVTVREKS VRGTISNRLK TKDRDPAKLD ASIQSPNLQT VDVANLPSD ADTLKVRFTL RVLGGAGTPS ACNDAAYRDK LLQTVATYVN DQGFAELARR YAHNLANARF LWRNRVGAEA V EVRINHIR QGEVARAWRF DALAIGLRDF KADAELDALA ELIASGLSGS GHVLLEVVAF ARIGDGQEVF PSQELILDKG DK KGQKSKT LYSVRDAAAI HSQKIGNALR TIDTWYPDED GLGPIAVEPY GSVTSQGKAY RQPKQKLDFY TLLDNWVLRD EAP AVEQQH YVIANLIRGG VFGEAEEK UniProtKB: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 |
-分子 #5: Type I-F anti-CRISPR protein
分子 | 名称: Type I-F anti-CRISPR protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage sp. (ファージ) |
分子量 | 理論値: 11.087513 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMTISKTDID CYLQTYVVID PVSNGWQWGI DENGVGGALH HGRVEMVEGE NGYFGLRGAT HPTEKEAMAA ALGYLWKCRQ DLVAIARND AIEAEKYRAK A UniProtKB: Type I-F anti-CRISPR protein |
-分子 #6: CRISPR repeat sequence
分子 | 名称: CRISPR repeat sequence / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 19.538586 KDa |
配列 | 文字列: CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG AUUCACUGCC GUAUAGGCAG C GENBANK: GENBANK: HQ326201.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 766782 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |