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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22471 | |||||||||
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タイトル | Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 bound in the A site (+9-V) | |||||||||
マップデータ | Refinement map for fit 9-V with B factor softened 25 angstroms squared. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Carbone CE / Korostelev AA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: ArfB can displace mRNA to rescue stalled ribosomes. 著者: Christine E Carbone / Gabriel Demo / Rohini Madireddy / Egor Svidritskiy / Andrei A Korostelev / 要旨: Ribosomes stalled during translation must be rescued to replenish the pool of translation-competent ribosomal subunits. Bacterial alternative rescue factor B (ArfB) releases nascent peptides from ...Ribosomes stalled during translation must be rescued to replenish the pool of translation-competent ribosomal subunits. Bacterial alternative rescue factor B (ArfB) releases nascent peptides from ribosomes stalled on mRNAs truncated at the A site, allowing ribosome recycling. Prior structural work revealed that ArfB recognizes such ribosomes by inserting its C-terminal α-helix into the vacant mRNA tunnel. In this work, we report that ArfB can efficiently recognize a wider range of mRNA substrates, including longer mRNAs that extend beyond the A-site codon. Single-particle cryo-EM unveils that ArfB employs two modes of function depending on the mRNA length. ArfB acts as a monomer to accommodate a shorter mRNA in the ribosomal A site. By contrast, longer mRNAs are displaced from the mRNA tunnel by more than 20 Å and are stabilized in the intersubunit space by dimeric ArfB. Uncovering distinct modes of ArfB function resolves conflicting biochemical and structural studies, and may lead to re-examination of other ribosome rescue pathways, whose functions depend on mRNA lengths. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22471.map.gz | 164 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22471-v30.xml emd-22471.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22471.png | 96.2 KB | ||
その他 | emd_22471_additional_1.map.gz emd_22471_half_map_1.map.gz emd_22471_half_map_2.map.gz | 164.7 MB 83.6 MB 83.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22471 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22471_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22471_full_validation.pdf.gz | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22471_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22471 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Refinement map for fit 9-V with B factor softened 25 angstroms squared. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.042 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Original 3.3 angstrom map with no B factor applied.
ファイル | emd_22471_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Original 3.3 angstrom map with no B factor applied. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_22471_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_22471_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 bound in th...
全体 | 名称: Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 bound in the A site (+9-V) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 bound in th...
超分子 | 名称: Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 bound in the A site (+9-V) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 49.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12969 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |