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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22445 | |||||||||
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タイトル | Plant Mitochondrial complex III2 from Vigna radiata | |||||||||
![]() | Vascular plant mitochondrial complex III from Vigna radiata. Full map. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion ...protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Maldonado M / Letts JA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structures of respiratory complex III, complex IV, and supercomplex III-IV from vascular plants. 著者: Maria Maldonado / Fei Guo / James A Letts / ![]() 要旨: Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes ...Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes remain unknown. We present atomic models of CIII, CIV, and SC III+IV from determined by single-particle cryoEM. The structures reveal plant-specific differences in the MPP domain of CIII and define the subunit composition of CIV. Conformational heterogeneity analysis of CIII revealed long-range, coordinated movements across the complex, as well as the motion of CIII's iron-sulfur head domain. The CIV structure suggests that, in plants, proton translocation does not occur via the H channel. The supercomplex interface differs significantly from that in yeast and bacteria in its interacting subunits, angle of approach and limited interactions in the mitochondrial matrix. These structures challenge long-standing assumptions about the plant complexes and generate new mechanistic hypotheses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 483.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.8 KB 28.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 474.7 MB 474.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7jrgMC ![]() 7jroC ![]() 7jrpC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 6.7 TB Data #1: Raw movies of mixed sample used for determination of mung bean respiratory CI*, CIII2, CIV and SC III2+IV [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Vascular plant mitochondrial complex III from Vigna radiata. Full map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Vascular plant mitochondrial complex III from Vigna radiata....
ファイル | emd_22445_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Vascular plant mitochondrial complex III from Vigna radiata. half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Vascular plant mitochondrial complex III from Vigna radiata....
ファイル | emd_22445_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Vascular plant mitochondrial complex III from Vigna radiata. Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Mitochondrial Respiratory Complex III2
+超分子 #1: Mitochondrial Respiratory Complex III2
+分子 #1: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial is...
+分子 #2: Alpha-MPP
+分子 #3: COB
+分子 #4: cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial
+分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
+分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
+分子 #7: cytochrome b-c1 complex subunit 8
+分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
+分子 #9: cytochrome b-c1 complex subunit 9
+分子 #10: QCR10
+分子 #11: ZINC ION
+分子 #12: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #13: CARDIOLIPIN
+分子 #14: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #15: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
+分子 #16: HEME C
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse on size exclusion chromatography but was a mixture of different mitochondrial respiratory complexes |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 60010 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |