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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22390 | |||||||||
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タイトル | Sheep Connexin-50 at 2.5 angstroms reoslution, Lipid Class 2 | |||||||||
マップデータ | Local resolution-filtered map. Used for model-building. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Connexin / Gap Junction / Lipid / Nanodisc / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gap junction hemi-channel activity / gap junction-mediated intercellular transport / connexin complex / cell communication / gap junction channel activity / visual perception / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Flores JA / Haddad BG | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Connexin-46/50 in a dynamic lipid environment resolved by CryoEM at 1.9 Å. 著者: Jonathan A Flores / Bassam G Haddad / Kimberly A Dolan / Janette B Myers / Craig C Yoshioka / Jeremy Copperman / Daniel M Zuckerman / Steve L Reichow / 要旨: Gap junctions establish direct pathways for cells to transfer metabolic and electrical messages. The local lipid environment is known to affect the structure, stability and intercellular channel ...Gap junctions establish direct pathways for cells to transfer metabolic and electrical messages. The local lipid environment is known to affect the structure, stability and intercellular channel activity of gap junctions; however, the molecular basis for these effects remains unknown. Here, we incorporate native connexin-46/50 (Cx46/50) intercellular channels into a dual lipid nanodisc system, mimicking a native cell-to-cell junction. Structural characterization by CryoEM reveals a lipid-induced stabilization to the channel, resulting in a 3D reconstruction at 1.9 Å resolution. Together with all-atom molecular dynamics simulations, it is shown that Cx46/50 in turn imparts long-range stabilization to the dynamic local lipid environment that is specific to the extracellular lipid leaflet. In addition, ~400 water molecules are resolved in the CryoEM map, localized throughout the intercellular permeation pathway and contributing to the channel architecture. These results illustrate how the aqueous-lipid environment is integrated with the architectural stability, structure and function of gap junction communication channels. #1: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2020 タイトル: Connexin-46/50 in a dynamic lipid environment resolved by CryoEM at 1.9 angstroms 著者: Flores JA / Haddad BG / Dolan KA / Myers JA / Yoshioka CC / Copperman J / Zuckerman DM / Reichow SL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22390.map.gz | 154 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22390-v30.xml emd-22390.xml | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22390_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22390.png | 162.3 KB | ||
マスクデータ | emd_22390_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-22390.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_22390_additional_1.map.gz emd_22390_additional_2.map.gz emd_22390_additional_3.map.gz emd_22390_additional_4.map.gz emd_22390_half_map_1.map.gz emd_22390_half_map_2.map.gz | 228.7 MB 20 MB 226.2 MB 191.8 MB 192.1 MB 192.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22390 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22390_validation.pdf.gz | 940.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22390_full_validation.pdf.gz | 939.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22390_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22390_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22390 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7jm9MC 7jn0MC 7jjpC 7jkcC 7jlwC 7jmcC 7jmdC 7jn1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10480 (タイトル: Connexin-46/50 in a dynamic lipid environment resolved by CryoEM at 1.9 Å Data size: 4.1 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of sheep lens Connexin-46/50 gap junctions embedded in MSP1E1 lipid nanodiscs [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22390.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution-filtered map. Used for model-building. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.649 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22390_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map, unmasked.
ファイル | emd_22390_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map, unmasked. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map, masked.
ファイル | emd_22390_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map, masked. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map, lowpass-filtered to 3.5 angstroms. Used to...
ファイル | emd_22390_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map, lowpass-filtered to 3.5 angstroms. Used to aid lipid modeling. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Pre-postprocessed map.
ファイル | emd_22390_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Pre-postprocessed map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map (even) used for calculation of pre-postprocessed, postprocessed,...
ファイル | emd_22390_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map (even) used for calculation of pre-postprocessed, postprocessed, and local resolution-filtered maps. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map (odd) used for calculation of pre-postprocessed, postprocessed,...
ファイル | emd_22390_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map (odd) used for calculation of pre-postprocessed, postprocessed, and local resolution-filtered maps. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dodecameric Connexin-50 Gap Junction Channel Complex
全体 | 名称: Dodecameric Connexin-50 Gap Junction Channel Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Dodecameric Connexin-50 Gap Junction Channel Complex
超分子 | 名称: Dodecameric Connexin-50 Gap Junction Channel Complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Eye / 組織: Lens |
分子量 | 理論値: 450 KDa |
-分子 #1: Gap junction alpha-8 protein
分子 | 名称: Gap junction alpha-8 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Eye / 組織: Lens |
分子量 | 理論値: 49.216809 KDa |
配列 | 文字列: MGDWSFLGNI LEEVNEHSTV IGRVWLTVLF IFRILILGTA AEFVWGDEQS DFVCNTQQPG CENVCYDEAF PISHIRLWVL QIIFVSTPS LVYVGHAVHH VRMEEKRKER EAEELSQQSP GNGGERAPLA ADQGSVKKSS SSSKGTKKFR LEGTLLRTYV C HIIFKTLF ...文字列: MGDWSFLGNI LEEVNEHSTV IGRVWLTVLF IFRILILGTA AEFVWGDEQS DFVCNTQQPG CENVCYDEAF PISHIRLWVL QIIFVSTPS LVYVGHAVHH VRMEEKRKER EAEELSQQSP GNGGERAPLA ADQGSVKKSS SSSKGTKKFR LEGTLLRTYV C HIIFKTLF EVGFIVGHYF LYGFRILPLY RCSRWPCPNV VDCFVSRPTE KTIFILFMLS VASVSLFLNI LEMSHLGLKK IR SAFKRPV EQPLGEIPEK SLHSIAVSSI QKAKGYQLLE EEKIVSHYFP LTEVGMVEAS PLSAKPFSQF EEKVGPGPLG DLS RAYQET LPSYAQVGAQ EGVEEEQPIE AAAEPEVGDK SQEAERVSTE GEETLAVLEE EKVEPPEVEK EAEKEETPPE KVSK QELTP EKAPSLCAEL PGEDTRPLSR LSKASSRARS DDLTV UniProtKB: Gap junction alpha-8 protein |
-分子 #2: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 168 / 式: MC3 |
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分子量 | 理論値: 677.933 Da |
Chemical component information | ChemComp-MC3: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 156 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2088 / 平均露光時間: 30.0 sec. / 平均電子線量: 52.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |