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万見
- EMDB-22384: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22384
タイトルFull-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer
マップデータ
試料
  • 複合体: M1-V97K oligomer
    • タンパク質・ペプチド: Matrix protein 1
キーワードinfluenza A / virus / matrix layer / M1 protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / Matrix protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Su Z / Pintilie G
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)P30 CA124435 米国
引用
ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020
タイトル: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer.
著者: Lisa Selzer / Zhaoming Su / Grigore D Pintilie / Wah Chiu / Karla Kirkegaard /
要旨: Matrix proteins are encoded by many enveloped viruses, including influenza viruses, herpes viruses, and coronaviruses. Underneath the viral envelope of influenza virus, matrix protein 1 (M1) forms an ...Matrix proteins are encoded by many enveloped viruses, including influenza viruses, herpes viruses, and coronaviruses. Underneath the viral envelope of influenza virus, matrix protein 1 (M1) forms an oligomeric layer critical for particle stability and pH-dependent RNA genome release. However, high-resolution structures of full-length monomeric M1 and the matrix layer have not been available, impeding antiviral targeting and understanding of the pH-dependent transitions involved in cell entry. Here, purification and extensive mutagenesis revealed protein-protein interfaces required for the formation of multilayered helical M1 oligomers similar to those observed in virions exposed to the low pH of cell entry. However, single-layered helical oligomers with biochemical and ultrastructural similarity to those found in infectious virions before cell entry were observed upon mutation of a single amino acid. The highly ordered structure of the single-layered oligomers and their likeness to the matrix layer of intact virions prompted structural analysis by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The resulting 3.4-Å-resolution structure revealed the molecular details of M1 folding and its organization within the single-shelled matrix. The solution of the full-length M1 structure, the identification of critical assembly interfaces, and the development of M1 assembly assays with purified proteins are crucial advances for antiviral targeting of influenza viruses.
#1: ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020
タイトル: Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer
著者: Selzer L / Su Z / Pintilie G / Chiu W / Kirkegaard K
履歴
登録2020年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jm3
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7jm3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22384.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 393.6 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 393.6 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.024308806 - 0.049378447
平均 (標準偏差)0.00031036927 (±0.002329324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 393.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0240.0490.000

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添付データ

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追加マップ: Segmented M1 protein

ファイルemd_22384_additional.map
注釈Segmented M1 protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Segmented M1 protein

ファイルemd_22384_additional_1.map
注釈Segmented M1 protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : M1-V97K oligomer

全体名称: M1-V97K oligomer
要素
  • 複合体: M1-V97K oligomer
    • タンパク質・ペプチド: Matrix protein 1

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超分子 #1: M1-V97K oligomer

超分子名称: M1-V97K oligomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 143 kDa/nm

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分子 #1: Matrix protein 1

分子名称: Matrix protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1
分子量理論値: 27.827152 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SLLTEVETYV LSIIPSGPLK AEIAQRLEDV FAGKNTDLEV LMEWLKTRPI LSPLTKGILG FVFTLTVPSE RGLQRRRFVQ NALNGNGDP NNMDKAKKLY RKLKREITFH GAKEISLSYS AGALASCMGL IYNRMGAVTT EVAFGLVCAT CEQIADSQHR S HRQMVTTT ...文字列:
SLLTEVETYV LSIIPSGPLK AEIAQRLEDV FAGKNTDLEV LMEWLKTRPI LSPLTKGILG FVFTLTVPSE RGLQRRRFVQ NALNGNGDP NNMDKAKKLY RKLKREITFH GAKEISLSYS AGALASCMGL IYNRMGAVTT EVAFGLVCAT CEQIADSQHR S HRQMVTTT NPLIRHENRM VLASTTAKAM EQMAGSSEQA AEAMEVASQA RQMVQAMRTI GTHPSSSAGL KNDLLENLQA YQ KRMGVQM QRFK

UniProtKB: Matrix protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称式
50.0 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
2.0 Msodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 3 seconds once before plunging..
詳細Influenza A virus matrix protein with V97K mutation assembled in vitro

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K / 最高: 78.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 440 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.3 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 200
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.96 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 17.1 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 56602
Segment selection選択した数: 2268 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.23)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: EMAN2.23
詳細: Created a cylindrical density map in EMAN2 and used it as an initial model.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ea3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7jm3:
Full-length three-dimensional structure of the influenza A virus M1 protein and its organization into a matrix layer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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