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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22339 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM map of Aureococcus anophagefferens Virus (AaV) | |||||||||
マップデータ | Map of the capsid of Aureococcus anophagefferens Virus | |||||||||
試料 |
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生物種 | Aureococcus anophagefferens virus (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Gann ER / Xian Y / Abraham PE / Hettich RL / Reynolds TB / Xiao C / Wilhelm SW | |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural and Proteomic Studies of the Virus Demonstrate a Global Distribution of Virus-Encoded Carbohydrate Processing. 著者: Eric R Gann / Yuejiao Xian / Paul E Abraham / Robert L Hettich / Todd B Reynolds / Chuan Xiao / Steven W Wilhelm / 要旨: Viruses modulate the function(s) of environmentally relevant microbial populations, yet considerations of the metabolic capabilities of individual virus particles themselves are rare. We used shotgun ...Viruses modulate the function(s) of environmentally relevant microbial populations, yet considerations of the metabolic capabilities of individual virus particles themselves are rare. We used shotgun proteomics to quantitatively identify 43 virus-encoded proteins packaged within purified Virus (AaV) particles, normalizing data to the per-virion level using a 9.5-Å-resolution molecular reconstruction of the 1900-Å (AaV) particle that we generated with cryogenic electron microscopy. This packaged proteome was used to determine similarities and differences between members of different giant virus families. We noted that proteins involved in sugar degradation and binding (e.g., carbohydrate lyases) were unique to AaV among characterized giant viruses. To determine the extent to which this virally encoded metabolic capability was ecologically relevant, we examined the TARA Oceans dataset and identified genes and transcripts of viral origin. Our analyses demonstrated that putative giant virus carbohydrate lyases represented up to 17% of the marine pool for this function. In total, our observations suggest that the AaV particle has potential prepackaged metabolic capabilities and that these may be found in other giant viruses that are widespread and abundant in global oceans. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22339.map.gz | 139.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22339-v30.xml emd-22339.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22339_fsc.xml | 36.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22339.png | 219 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22339 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22339_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22339_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22339_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22339 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of the capsid of Aureococcus anophagefferens Virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Aureococcus anophagefferens virus
全体 | 名称: Aureococcus anophagefferens virus (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Aureococcus anophagefferens virus
超分子 | 名称: Aureococcus anophagefferens virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1474867 / 生物種: Aureococcus anophagefferens virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Aureococcus anophagefferens (真核生物) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1900.0 Å / T番号(三角分割数): 169 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris base, 250 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 6.842 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.493 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |