[日本語] English
万見
- EMDB-22335: cardiac actomyosin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22335
タイトルcardiac actomyosin complex
マップデータcardiac actomyosin complex
試料
  • 複合体: porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardiac myosin-S1
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha cardiac muscle 1
    • タンパク質・ペプチド: Myosin-7
    • タンパク質・ペプチド: tropomyosin
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードactomyosin / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin-myosin filament sliding / muscle filament sliding / myosin filament / adult heart development / myosin II complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myosin binding / myofibril / heart contraction ...actin-myosin filament sliding / muscle filament sliding / myosin filament / adult heart development / myosin II complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myosin binding / myofibril / heart contraction / mesenchyme migration / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament organization / filopodium / actin filament / actin filament binding / lamellipodium / cell body / calmodulin binding / positive regulation of gene expression / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin, alpha cardiac muscle 1 / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Galkin VE / Schroeder GF
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL140925 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116790 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116788 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: High-Resolution Cryo-EM Structure of the Cardiac Actomyosin Complex.
著者: Cristina Risi / Luisa U Schäfer / Betty Belknap / Ian Pepper / Howard D White / Gunnar F Schröder / Vitold E Galkin /
要旨: Heart contraction depends on a complicated array of interactions between sarcomeric proteins required to convert chemical energy into mechanical force. Cyclic interactions between actin and myosin ...Heart contraction depends on a complicated array of interactions between sarcomeric proteins required to convert chemical energy into mechanical force. Cyclic interactions between actin and myosin molecules, controlled by troponin and tropomyosin, generate the sliding force between the actin-based thin and myosin-based thick filaments. Alterations in this sophisticated system due to missense mutations can lead to cardiovascular diseases. Numerous structural studies proposed pathological mechanisms of missense mutations at the myosin-myosin, actin-tropomyosin, and tropomyosin-troponin interfaces. However, despite the central role of actomyosin interactions a detailed structural description of the cardiac actomyosin interface remained unknown. Here, we report a cryo-EM structure of a cardiac actomyosin complex at 3.8 Å resolution. The structure reveals the molecular basis of cardiac diseases caused by missense mutations in myosin and actin proteins.
履歴
登録2020年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jh7
  • 表面レベル: 1.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22335.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cardiac actomyosin complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 223 pix.
= 235.488 Å		1.06 Å/pix.
x 155 pix.
= 163.68 Å		1.06 Å/pix.
x 133 pix.
= 140.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4 / ムービー #1: 1.4
最小 - 最大-7.829712 - 18.425277999999999
平均 (標準偏差)0.000000000012704 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ155133223
Spacing133155223
セルA: 140.448 Å / B: 163.68 Å / C: 235.48799 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0561.0561.056
M x/y/z133155223
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z140.448163.680235.488
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS133155223
D min/max/mean-7.83018.4250.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardi...

全体名称: porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardiac myosin-S1
要素
  • 複合体: porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardiac myosin-S1
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha cardiac muscle 1
    • タンパク質・ペプチド: Myosin-7
    • タンパク質・ペプチド: tropomyosin
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardi...

超分子名称: porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardiac myosin-S1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: heart / 組織: ventricular
分子量理論値: 492 kDa/nm

-
分子 #1: Actin, alpha cardiac muscle 1

分子名称: Actin, alpha cardiac muscle 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: heart / 組織: ventricle
分子量理論値: 42.064891 KDa
配列文字列: MCDDEETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY ...文字列:
MCDDEETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVLSGGTTM YPGIADRMQK EIT ALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWISKQEYDE AGPSIVHRKC F

UniProtKB: Actin, alpha cardiac muscle 1

-
分子 #2: Myosin-7

分子名称: Myosin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: heart / 組織: ventricle
分子量理論値: 223.649094 KDa
配列文字列: MVDAEMAAFG EAAPYLRKSE KERLEAQTRP FDLKKDVYVP DDKEEFVKAK ILSREGGKVT AETEHGKTVT VKEDQVLQQN PPKFDKIED MAMLTFLHEP AVLYNLKERY ASWMIYTYSG LFCVTINPYK WLPVYNAEVV AAYRGKKRSE APPHIFSISD N AYQYMLTD ...文字列:
MVDAEMAAFG EAAPYLRKSE KERLEAQTRP FDLKKDVYVP DDKEEFVKAK ILSREGGKVT AETEHGKTVT VKEDQVLQQN PPKFDKIED MAMLTFLHEP AVLYNLKERY ASWMIYTYSG LFCVTINPYK WLPVYNAEVV AAYRGKKRSE APPHIFSISD N AYQYMLTD RENQSILITG ESGAGKTVNT KRVIQYFAVI AAIGDRSKKE QTPGKGTLED QIIQANPALE AFGNAKTVRN DN SSRFGKF IRIHFGATGK LASADIETYL LEKSRVIFQL KAERDYHIFY QILSNKKPEL LDMLLITNNP YDYAFISQGE TTV ASIDDA EELMATDNAF DVLGFTSEEK NSMYKLTGAI MHFGNMKFKL KQREEQAEPD GTEEADKSAY LMGLNSADLL KGLC HPRVK VGNEYVTKGQ NVQQVMYATG ALAKAVYEKM FNWMVTRINT TLETKQPRQY FIGVLDIAGF EIFDFNSFEQ LCINF TNEK LQQFFNHHMF VLEQEEYKKE GIEWEFIDFG MDLQACIDLI EKPMGIMSIL EEECMFPKAT DMTFKAKLYD NHLGKS NNF QKPRNIKGRP EAHFALIHYA GTVDYNIIGW LQKNKDPLNE TVVDLYKKSS LKLLSNLFAN YAGADTPVEK GKGKAKK GS SFQTVSALHR ENLNKLMTNL RSTHPHFVRC IIPNETKSPG VIDNPLVMHQ LRCNGVLEGI RICRKGFPNR ILYGDFRQ R YRILNPAAIP EGQFIDSRKG AEKLLGSLDI DHNQYKFGHT KVFFKAGLLG LLEEMRDERL SRIITRIQAQ SRGVLSRME FKKLLERRDS LLIIQWNIRA FMSVKNWPWM KLYFKIKPLL KSAETEKEMA TMKEEFGRLK EALEKSEARR KELEEKMVSL LQEKNDLQL QVQAEQDNLA DAEERCDQLI KNKIQLEAKV KEMTERLEDE EEMNAELTAK KRKLEDECSE LKRDIDDLEL T LAKVEKEK HATENKVKNL TEEMAGLDEI IAKLTKEKKA LQEAHQQALD DLQAEEDKVN TLTKAKVKLE QHVDDLEGSL EQ EKKVRMD LERAKRKLEG DLKLTQESIM DLENDKQQLD ERLKKKDFEL NALNARIEDE QALGSQLQKK LKELQARIEE LEE ELEAER TARAKVEKLR SDLSRELEEI SERLEEAGGA TSVQIEMNKK REAEFQKMRR DLEEATLQHE ATAAALRKKH ADSV AELGE QIDNLQRVKQ KLEKEKSEFK LELDDVTSNM EQIIKAKANL EKMCRTLEDQ MNEHRSKAEE TQRSVNDLTS QRAKL QTEN GELSRQLDEK EALISQLTRG KLTYTQQLED LKRQLEEEVK AKNALAHALQ SARHDCDLLR EQYEEETEAK AELQRV LSK ANSEVAQWRT KYETDAIQRT EELEEAKKKL AQRLQDAEEA VEAVNAKCSS LEKTKHRLQN EIEDLMVDVE RSNAAAA AL DKKQRNFDKI LAEWKQKYEE SQSELESSQK EARSLSTELF KLKNAYEESL EHLETFKREN KNLQEEISDL TEQLGSSG K TIHELEKVRK QLEAEKLELQ SALEEAEASL EHEEGKILRA QLEFNQIKAE MERKLAEKDE EMEQAKRNHL RVVDSLQTS LDAETRSRNE ALRVKKKMEG DLNEMEIQLS HANRMAAEAQ KQVKSLQSLL KDTQIQLDDA VRANDDLKEN IAIVERRNNL LQAELEELR AVVEQTERSR KLAEQELIET SERVQLLHSQ NTSLINQKKK MEADLSQLQT EVEEAVQECR NAEEKAKKAI T DAAMMAEE LKKEQDTSAH LERMKKNMEQ TIKDLQHRLD EAEQIALKGG KKQLQKLEAR VRELENELEA EQKRNAESVK GM RKSERRI KELTYQTEED RKNLLRLQDL VDKLQLKVKA YKRQAEEAEE QANTNLSKFR KVQHELDEAE ERADIAESQV NKL RAKSRD IGTKGLNEE

UniProtKB: Myosin-7

-
分子 #3: tropomyosin

分子名称: tropomyosin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: heart / 組織: ventricle
分子量理論値: 11.507176 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

-
分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

-
試料調製

濃度0.09 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細3 uL of 2 uM TFs were applied to glow-discharged lacey carbon grid for 1 min, gently blotted with Whatman #1 filter paper, and incubated with 2 uL of myosin-S1 [1.2 uM] for 2 min

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2373 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166.7 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 115746
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: model of thin filament low pass-filtered to 25 A
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細SWISS-MODEL web service used to create initial homology models of cardiac actin and myosin
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7jh7:
cardiac actomyosin complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る