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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2232 | |||||||||
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タイトル | Full-length structure of the bacterial pKM101 type IV secretion system core complex | |||||||||
![]() | Reconstruction of the pKM101 type IV secretion system core complex | |||||||||
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![]() | bacterial secretion / type IV secretion / vir / tra | |||||||||
機能・相同性 | Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / TraO protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.4 Å | |||||||||
![]() | Rivera-Calzada A / Fronzes R / Savva CG / Chandran V / Lian PW / Laeremans T / Pardon E / Steyaert J / Remaut H / Waksman G / Orlova EV | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a type IV secretion system core complex. 著者: Rémi Fronzes / Eva Schäfer / Luchun Wang / Helen R Saibil / Elena V Orlova / Gabriel Waksman / ![]() 要旨: Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance ...Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance genes. We report the 15 angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of the core complex of a T4SS. The core complex is composed of three proteins, each present in 14 copies and forming a approximately 1.1-megadalton two-chambered, double membrane-spanning channel. The structure is double-walled, with each component apparently spanning a large part of the channel. The complex is open on the cytoplasmic side and constricted on the extracellular side. Overall, the T4SS core complex structure is different in both architecture and composition from the other known double membrane-spanning secretion system that has been structurally characterized. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 314 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 222.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 221.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the pKM101 type IV secretion system core complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : traN/traO/traF complex encoded by pKM101
全体 | 名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 |
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要素 |
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-超分子 #1000: traN/traO/traF complex encoded by pKM101
超分子 | 名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 14 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 1.1 MDa / 理論値: 1.05 MDa / 手法: gel filtration |
-分子 #1: traF
分子 | 名称: traF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: traF-virB10 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | InterPro: Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI |
-分子 #2: traO
分子 | 名称: traO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: traO-virB9 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 30 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | InterPro: Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX |
-分子 #3: traN
分子 | 名称: traN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: traN-virB7 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCL, 200 mM NaCl, 10 mM LDAO |
グリッド | 詳細: lacey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 92 K / 装置: OTHER / 手法: blot 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 95 K |
詳細 | 4000x4000 CCD |
日付 | 2008年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 420 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 68100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 66000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Particles picked with BOXER (EMAN) |
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CTF補正 | 詳細: phase flipping, each CCD image |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C14 (14回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic / 詳細: final map were calculated from 3805 particles / 使用した粒子像数: 3805 |
最終 2次元分類 | クラス数: 800 |