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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22309 | |||||||||
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タイトル | Dimeric Immunoglobin A (dIgA) | |||||||||
マップデータ | Main map, sharpened - 3.3A | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Scavenging of heme from plasma / dimeric IgA immunoglobulin complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / Cell surface interactions at the vascular wall / peptidoglycan binding ...Scavenging of heme from plasma / dimeric IgA immunoglobulin complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / Cell surface interactions at the vascular wall / peptidoglycan binding / phosphatidylcholine binding / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / regulation of immune response / immunoglobulin receptor binding / antigen binding / protein-macromolecule adaptor activity / single-stranded DNA binding / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / innate immune response / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar Bharathkar S / Parker BP / Malyutin AG / Stadtmueller BM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: The structures of secretory and dimeric immunoglobulin A. 著者: Sonya Kumar Bharathkar / Benjamin W Parker / Andrey G Malyutin / Nandan Haloi / Kathryn E Huey-Tubman / Emad Tajkhorshid / Beth M Stadtmueller / 要旨: Secretory (S) Immunoglobulin (Ig) A is the predominant mucosal antibody, which binds pathogens and commensal microbes. SIgA is a polymeric antibody, typically containing two copies of IgA that ...Secretory (S) Immunoglobulin (Ig) A is the predominant mucosal antibody, which binds pathogens and commensal microbes. SIgA is a polymeric antibody, typically containing two copies of IgA that assemble with one joining-chain (JC) to form dimeric (d) IgA that is bound by the polymeric Ig-receptor ectodomain, called secretory component (SC). Here, we report the cryo-electron microscopy structures of murine SIgA and dIgA. Structures reveal two IgAs conjoined through four heavy-chain tailpieces and the JC that together form a β-sandwich-like fold. The two IgAs are bent and tilted with respect to each other, forming distinct concave and convex surfaces. In SIgA, SC is bound to one face, asymmetrically contacting both IgAs and JC. The bent and tilted arrangement of complex components limits the possible positions of both sets of antigen-binding fragments (Fabs) and preserves steric accessibility to receptor-binding sites, likely influencing antigen binding and effector functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22309.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22309-v30.xml emd-22309.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22309_fsc.xml emd_22309_fsc_2.xml | 12.8 KB 16.6 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22309.png | 37.6 KB | ||
マスクデータ | emd_22309_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_22309_additional_1.map.gz emd_22309_half_map_1.map.gz emd_22309_half_map_2.map.gz | 88.9 MB 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22309 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22309_validation.pdf.gz | 984.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22309_full_validation.pdf.gz | 983.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22309_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22309_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22309 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map, sharpened - 3.3A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.836 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22309_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Main map, unsharpened.
ファイル | emd_22309_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Main map, unsharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: dIgA half-map 1 from Non-Uniform Refinement job in CS2
ファイル | emd_22309_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | dIgA half-map 1 from Non-Uniform Refinement job in CS2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: dIgA half-map 1 from Non-Uniform Refinement job in CS2
ファイル | emd_22309_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | dIgA half-map 1 from Non-Uniform Refinement job in CS2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Secretory Immunoglobin A
全体 | 名称: Secretory Immunoglobin A |
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要素 |
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-超分子 #1: Secretory Immunoglobin A
超分子 | 名称: Secretory Immunoglobin A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Igh protein
分子 | 名称: Igh protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Genes encoding the mus musculus IgA HC constant region and the lambda LC constant region were fused with HC and LC variable region sequences to create complete HC and LC sequences. The HC and ...詳細: Genes encoding the mus musculus IgA HC constant region and the lambda LC constant region were fused with HC and LC variable region sequences to create complete HC and LC sequences. The HC and LC variable region is not modeled in this structure. Since authors have chosen not to provide complete sample sequence of the HC and LC variable region, the UNKs were not included in the sequence. コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.976891 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: WGQGTLVTVS AESARNPTIY PLTLPPALSS DPVIIGCLIH DYFPSGTMNV TWGKSGKDIT TVNFPPALAS GGRYTMSSQL TLPAVECPE GESVKCSVQH DSNPVQELDV NCSGPTPPPP ITIPSCQPSL SLQRPALEDL LLGSDASITC TLNGLRNPEG A VFTWEPST ...文字列: WGQGTLVTVS AESARNPTIY PLTLPPALSS DPVIIGCLIH DYFPSGTMNV TWGKSGKDIT TVNFPPALAS GGRYTMSSQL TLPAVECPE GESVKCSVQH DSNPVQELDV NCSGPTPPPP ITIPSCQPSL SLQRPALEDL LLGSDASITC TLNGLRNPEG A VFTWEPST GKDAVQKKAV QNSCGCYSVS SVLPGCAERW NSGASFKCTV THPESGTLTG TIAKVTVNTF PPQVHLLPPP SE ELALNEL LSLTCLVRAF NPKEVLVRWL HGNEELSPES YLVFEPLKEP GEGATTYLVT SVLRVSAETW KQGDQYSCMV GHE ALPMNF TQKTIDRLSG KPTNVSVSVI MSEGDGICY |
-分子 #2: Immunoglobulin J chain
分子 | 名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 15.637499 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DDEATILADN KCMCTRVTSR IIPSTEDPNE DIVERNIRIV VPLNNRENIS DPTSPLRRNF VYHLSDVCKK CDPVEVELED QVVTATQSN ICNEDDGVPE TCYMYDRNKC YTTMVPLRYH GETKMVQAAL TPDSCYPD |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Wait time - 0s Drain time - 0s Blot time - 6s Blot Force - 5. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 59808 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |