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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22269 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Lactococcus lactis Csm NTR CRISPR-Cas Complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Rai J / Sridhara S / Li H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural and biochemical characterization of in vivo assembled Lactococcus lactis CRISPR-Csm complex. 著者: Sagar Sridhara / Jay Rai / Charlisa Whyms / Hemant Goswami / Huan He / Walter Woodside / Michael P Terns / Hong Li / 要旨: The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies ...The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies this principle and is in addition regulated by cellular metabolites such as divalent metals and ATP. Recognition of the foreign or cognate target RNA (CTR) triggers its single-stranded deoxyribonuclease (DNase) and cyclic oligoadenylate (cOA) synthesis activities. The same activities remain dormant in the presence of the self or non-cognate target RNA (NTR) that differs from CTR only in its 3'-protospacer flanking sequence (3'-PFS). Here we employ electron cryomicroscopy (cryoEM), functional assays, and comparative cross-linking to study in vivo assembled mesophilic Lactococcus lactis Csm (LlCsm) at the three functional states: apo, the CTR- and the NTR-bound. Unlike previously studied Csm complexes, we observed binding of 3'-PFS to Csm in absence of bound ATP and analyzed the structures of the four RNA cleavage sites. Interestingly, comparative crosslinking results indicate a tightening of the Csm3-Csm4 interface as a result of CTR but not NTR binding, reflecting a possible role of protein dynamics change during activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22269.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22269-v30.xml emd-22269.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22269.png | 122.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22269 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22269 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22269_validation.pdf.gz | 522 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22269_full_validation.pdf.gz | 521.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22269_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22269_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22269 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22269 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas NTR Complex
全体 | 名称: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas NTR Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas NTR Complex
超分子 | 名称: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas NTR Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: CRISPR-associated protein Cas10
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cas10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 87.132586 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDKINLVCGS LLHNIGKIIY RGTSERAKHS KLGGDFIKSF EQFRNTELTD CIRYHHAQEI TSVKSNKEKN SLFYITYIAD NISSGMDRR KDLEEGAEGF NWDKKVALGS VFNVLNEKEK GRQNYSYPFV ARTRIKEEPL NFPTATQNQY TTSYYDGLIT D MKTILQRL ...文字列: MDKINLVCGS LLHNIGKIIY RGTSERAKHS KLGGDFIKSF EQFRNTELTD CIRYHHAQEI TSVKSNKEKN SLFYITYIAD NISSGMDRR KDLEEGAEGF NWDKKVALGS VFNVLNEKEK GRQNYSYPFV ARTRIKEEPL NFPTATQNQY TTSYYDGLIT D MKTILQRL KPDKEHINSL LQMMESLWSY VPSSTDKNQL VDISLYDHSR TTAAIASAIY DYFQAENITD YQKELFDYNA TE FYDKNAF LMMNFDMSGV QNFIYNISGS KALKSLRARS FYLDMLLEYI SDNLLEKLEL SRANILYVGG GHAYLLLANT NKT KAILSD FEHDLKTWFL DKFKIDLYVA MAYTEVSAND LMNHNGHYRD IYRRLSQKTS AKKANRYTAE EILNLNHQGT ENAR ECREC KRSDLLIEED DICEICDSLQ KVSRDLTREN IFVIANEGVL DMPFGKKMSA LSYSQADKLK KSNAEVQIYA KNISE IGQN LMTRIDMGDY TYRSDFHEML EEVEVGINRL GVLRADVDNL GQAFINGIPD DYLSISRTAT FSRAMSRFFK NYLNQL LAE KSYKINVIYA GGDDLFMIGA WQDILDFSIV LKQKFADFTQ NKLSISAGIG MFREKYPVAR MASLTGDLED AAKDYKP DE RAVQATKNAV TLFDATNVFS WDTLENDIFV KLDAITKNFE KLDETGKAFI YRLIDLLRGV NENQQINIAR LAYTLSRM E EKIGKTFAQE LYNWANADRK TLIMALEIYI LKTRE |
-分子 #2: CRISPR-associated protein Csm4
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 33.943277 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKIIKLYFES PVHFGEKRLS ESKITFSADT LFSALMIEAV GLGKEDEFYQ LASNNLVKFS DAFPFIDQYY YIPKPMFNLK LEKEDENPS KAFKKLLYVP IDSLEDYLSG GLDAYFERES FNLGKLALSE KVQQHDFKDS EPYNVGTFTF KENTGLYVLI E QTHPLLEE ...文字列: MKIIKLYFES PVHFGEKRLS ESKITFSADT LFSALMIEAV GLGKEDEFYQ LASNNLVKFS DAFPFIDQYY YIPKPMFNLK LEKEDENPS KAFKKLLYVP IDSLEDYLSG GLDAYFERES FNLGKLALSE KVQQHDFKDS EPYNVGTFTF KENTGLYVLI E QTHPLLEE LLENLQYSGI GGKRNSGYGK FKFEILEDSD IEDLFSAKGN RKILLSGALP KDAELEQALK NASYLLERRG GF VQSDTYA TNLVKKQDLY VFKSGSTFEN SFDGDIYQVG KKGNHPVYKY AKSFFLEVSV |
-分子 #3: CRISPR-associated protein Csm3
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 23.82516 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKLVIEGTIV LKTGMHIGGS SDFSAIGAVA SPVVRDTLTR LPLIPGSSLK GKMRYLLAKE LNNGILLNEP NNDQDEILRL FGSSEKDKI RRARLKFNDI KLSNLAELET FNVSSTEVKF ENTINRKTAV ANPRQIERVI AGSKFDFEIF YNLDDIKEVE K DFENIKQG ...文字列: MKLVIEGTIV LKTGMHIGGS SDFSAIGAVA SPVVRDTLTR LPLIPGSSLK GKMRYLLAKE LNNGILLNEP NNDQDEILRL FGSSEKDKI RRARLKFNDI KLSNLAELET FNVSSTEVKF ENTINRKTAV ANPRQIERVI AGSKFDFEIF YNLDDIKEVE K DFENIKQG FDLLEFDYLG GHGTRGSGRI AFENLSVITA VGNFEKINTL NEILGA |
-分子 #4: CRISPR-associated protein Csm5
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 40.492617 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKTYRVTLT ALGPIFIGGG EKLKKYEYIF DKQKKVAHMI DHTKFTKYLL EKNLLDDFTS RVNSHFDLYD YLVNKKGIVF MPLVKYSVP VAQFRTEVKN RFGKPISSPP MNDLNTFVKD AFGRPYIPGS SLKGALRTAI LNDLKEDTKE NEVFAHLQVS D SETIDLEN ...文字列: MKKTYRVTLT ALGPIFIGGG EKLKKYEYIF DKQKKVAHMI DHTKFTKYLL EKNLLDDFTS RVNSHFDLYD YLVNKKGIVF MPLVKYSVP VAQFRTEVKN RFGKPISSPP MNDLNTFVKD AFGRPYIPGS SLKGALRTAI LNDLKEDTKE NEVFAHLQVS D SETIDLEN LKVYQKVDYS KTAKPLPLYR ECLKPNTEIT FTVSFDDEYL TLKKIQNALH KTYQHYYIKW LKGGKVGETL IK GVYDSHA DELKKNTFAL DQPSQNQGEI IYIGGGAGFV SKTLHYKSKN RDQARNDSFD ILKQLFRTTY SKMRSVPDNV PVA LKLAVE TKTFNGRVTG KHYLEMGKAR IKLEEL |
-分子 #6: CRISPR-associated protein Csm2
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 15.796016 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TELKIGNEKV NSTNFGDFAE KAIRGINHKP FVNSKGGEQK ITTSKIRGIL ELVNKVYNRV INTNDVELSE NILADIAYIK VKIAYESGR EPVVKDFIQR TAFTAAITDV MNQRTRESFL LFARYVESLI AYFKFYGGKD |
-分子 #5: Crispr RNA
分子 | 名称: Crispr RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 11.744033 KDa |
配列 | 文字列: ACGAGAACAU ACGUUCUUUG AACCAAGCUU CAACUCC |
-分子 #7: Target RNA
分子 | 名称: Target RNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 11.938096 KDa |
配列 | 文字列: AGGAGUUGAA GCUUGGUUCA AAGAACGUAU GUUCUCG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.14 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39220 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |